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- PDB-7phm: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7phm
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin
要素29 kDa antigen CFP29
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Encapsulin / icosahedral / oxidative stress response
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / extracellular region / plasma membrane / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Woodward, J.D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Global Challenges Research FundST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin
著者: Woodward, J.D.
履歴
登録2021年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: 29 kDa antigen CFP29
A: 29 kDa antigen CFP29
B: 29 kDa antigen CFP29
C: 29 kDa antigen CFP29
D: 29 kDa antigen CFP29
E: 29 kDa antigen CFP29
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3: 29 kDa antigen CFP29
4: 29 kDa antigen CFP29
5: 29 kDa antigen CFP29
6: 29 kDa antigen CFP29
7: 29 kDa antigen CFP29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,773,24460
ポリマ－1,773,24460
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
29 kDa antigen CFP29 / Encapsulin


分子量: 29554.072 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cfp29, Rv0798c / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: I6WZG6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Empty encapsulin nanocompartment / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.73 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET-28a(+)
緩衝液pH: 7.4
詳細: Eluted in: 50mM Tris-HCl, 350mM NaCl, 10mM Imidazol, 10% v/v glycerol at pH 7.4 and diluted 1:2 in distilled water.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1175 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMTRISC4H11NO31
3250 mMimidazolC3H4N21
45 % (v/v)glycerolC3H8O31
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: C-flat 2/2 holey carbon film supported by a standard copper TEM grid and coated with an ultrathin (2-3 nm) continuous carbon film.
試料支持詳細: Glow-discharged using an EMS100X in air: 25 mA at 20 Pa for 30 seconds.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14133
詳細: Data collected in super-resolution mode at 0.53 A/pixel and down-sampled during motion correction to 1.06 A/pixel.
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION3.1.1初期オイラー角割当
10RELION3.1.1最終オイラー角割当
11RELION3.1.1分類
12RELION3.1.1３次元再構成
19ISOLDE1.2モデル精密化
20PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2000000
詳細: 2D class averages were produced using Relion from 1000 manually-picked particles. These were then used as picking templates.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1000000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Model was generated ab initio using Buccaneer within the CCPEM package and manually corrected using Coot before being refined using Isolde within ChimeraX and Phenix Real Space Refinement ...詳細: Model was generated ab initio using Buccaneer within the CCPEM package and manually corrected using Coot before being refined using Isolde within ChimeraX and Phenix Real Space Refinement within the CCPEM package.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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