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- EMDB-13420: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13420
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin
マップデータ
試料
  • 複合体: Empty encapsulin nanocompartment
    • タンパク質・ペプチド: 29 kDa antigen CFP29
キーワードEncapsulin / icosahedral / oxidative stress response / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / extracellular region / plasma membrane / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Woodward JD
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Global Challenges Research FundST/R002754/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin
著者: Woodward JD
履歴
登録2021年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月20日-
マップ公開2022年7月20日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13420.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 432 pix.
= 457.92 Å		1.06 Å/pix.
x 432 pix.
= 457.92 Å		1.06 Å/pix.
x 432 pix.
= 457.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038
最小 - 最大-0.107888415 - 0.18769059
平均 (標準偏差)0.000107754095 (±0.0072793486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 457.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Empty encapsulin nanocompartment

全体名称: Empty encapsulin nanocompartment
要素
  • 複合体: Empty encapsulin nanocompartment
    • タンパク質・ペプチド: 29 kDa antigen CFP29

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超分子 #1: Empty encapsulin nanocompartment

超分子名称: Empty encapsulin nanocompartment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 1.73 MDa

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分子 #1: 29 kDa antigen CFP29

分子名称: 29 kDa antigen CFP29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: ATCC 25618 / H37Rv
分子量理論値: 29.554072 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP ...文字列:
MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP YSVLLSADVY TKVSETSDHG YPIREHLNRL VDGDIIWAPA IDGAFVLTTR GGDFDLQLGT DVAIGYASHD TD TVRLYLQ ETLTFLCYTA EASVALSHHH HHH

UniProtKB: Type 1 encapsulin shell protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
175.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMC4H11NO3TRIS
250.0 mMC3H4N2imidazol
5.0 % (v/v)C3H8O3glycerol

詳細: Eluted in: 50mM Tris-HCl, 350mM NaCl, 10mM Imidazol, 10% v/v glycerol at pH 7.4 and diluted 1:2 in distilled water.
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa
詳細: Glow-discharged using an EMS100X in air: 25 mA at 20 Pa for 30 seconds.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細C-flat 2/2 holey carbon film supported by a standard copper TEM grid and coated with an ultrathin (2-3 nm) continuous carbon film.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14133 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
詳細: Data collected in super-resolution mode at 0.53 A/pixel and down-sampled during motion correction to 1.06 A/pixel.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2000000
詳細: 2D class averages were produced using Relion from 1000 manually-picked particles. These were then used as picking templates.
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model generated using Stochastic Gradient Descent.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 1000000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 50 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model was generated ab initio using Buccaneer within the CCPEM package and manually corrected using Coot before being refined using Isolde within ChimeraX and Phenix Real Space Refinement within the CCPEM package.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7phm:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis encapsulin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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