PDB-7pgn: HHP-C in complex with glycosaminoglycan mimic SOS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pgn

タイトル

HHP-C in complex with glycosaminoglycan mimic SOS

要素

Hedgehog-interacting protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / HHIP / Hedgehog / morphogen / signalling / glycosaminoglycan / cholesterol / palmitate / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinuskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. ...

資金援助

英国,

米国, 7件

組織	認可番号	国
Cancer Research UK	C20724/A14414	英国
Cancer Research UK	C20724/A26752	英国
European Research Council (ERC)	647278	英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	HL067773	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	GM118082	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	GM106078	米国
Wellcome Trust	099675/Z/12/Z	英国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Hedgehog-Interacting Protein is a multimodal antagonist of Hedgehog signalling.
著者: Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinauskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. / Rohatgi, R. / Siebold, C.

履歴

登録	2021年8月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pgn.cif.gz	371.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pgn.ent.gz	304.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7pgn_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pgn_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7pgn_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7pgn_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pgn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pgkC 7pglC 7pgmC 2wftS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wft-1 3ho4-1 3ho5-1 7pgn-2 2wft-2 2xkb-4 5yz5-d 3ho4-2 3t2e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (4) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (2) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (4)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (2)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hedgehog-interacting protein

B: Hedgehog-interacting protein

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hedgehog-interacting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, HHIP-C forms large clusters in the presence of GAG chains (mimicked by SOS in this instance)
54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hedgehog-interacting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.560, 100.560, 311.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質

Hedgehog-interacting protein / HHIP / HIP

分子量: 52504.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HHIP-C, the C-terminal domain of HHIP, recombinantly expressed in and purified from HEK293T cells using the pHLsec vector for mammalian secretion
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HHIP, HIP, UNQ5825/PRO19644 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QV1

#2: 多糖

1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 982.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose octasulfate

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_1OSO/3=O/3=O_3OSO/3=O/3=O_4OSO/3=O/3=O_6OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2OSO/3=O/3=O_3OSO/3=O/3=O_4OSO/3=O/3=O_6OSO/3=O/3=O]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf1SO33SO34SO36SO3]{[(2+1)][a-D-Glcp2SO33SO34SO36SO3]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.03 M magnesium chloride, 0.03 M calcium chloride, 10% w/v PEG 20 000 and 20% v/v PEG MME 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→76 Å / Num. obs: 72635 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 20 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3547 / CC_1/2: 0.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WFT

2wft

解像度: 2.4→58.09 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	3664	5.05 %
R_work	0.1904	-	-
obs	0.1922	72499	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→58.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6832	0	228	37	7097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	9855
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.237	4396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1076
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1243

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4001-2.4316	0.3769	131	0.3601	2520	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4316-2.465	0.37	127	0.3496	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5002-2.5375	0.3419	139	0.3148	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5375-2.5771	0.3558	140	0.2981	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5771-2.6194	0.3367	134	0.2852	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6194-2.6646	0.3027	146	0.2741	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6646-2.713	0.2791	147	0.2682	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7652-2.8216	0.34	147	0.2747	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8216-2.883	0.2705	132	0.2641	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.883-2.95	0.2761	167	0.2378	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.0238	0.2875	143	0.2365	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0238-3.1056	0.2576	147	0.2171	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1056-3.1969	0.2794	159	0.2123	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1969-3.3001	0.2466	157	0.2061	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3001-3.4181	0.2411	151	0.2049	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4181-3.5549	0.2597	110	0.1936	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5549-3.7167	0.1796	153	0.1782	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7167-3.9126	0.2066	142	0.1696	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9126-4.1576	0.2055	164	0.1592	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1576-4.4786	0.1746	133	0.1465	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4786-4.929	0.1657	146	0.1355	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.929-5.6418	0.2008	110	0.1576	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6418-7.106	0.2405	117	0.1907	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
7.106-58.09	0.2273	160	0.1977	2889	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0811	1.0456	-0.2875	3.2601	1.175	4.6621	-0.2882	0.386	-0.4652	-0.6554	0.2352	-0.1312	0.5684	-0.0347	0.0685	0.8852	-0.0933	-0.0169	0.4318	0.0003	0.6006	17.3364	-34.5372	-49.6097
2	8.5204	1.3354	3.0438	2.91	0.3815	5.1405	-0.3079	1.9001	-0.3843	-1.4835	0.4249	-0.3143	0.4425	0.3192	-0.1081	1.7339	-0.4312	0.0737	1.1287	-0.1177	0.7322	19.6532	-30.0494	-70.3505
3	6.2529	-0.0547	2.0643	8.3713	4.4755	2.8878	-0.5736	1.0979	0.6026	-1.7601	0.5684	-0.4762	-0.6191	0.5825	0.0388	1.231	-0.1689	0.0828	0.7488	0.078	0.628	25.7912	-17.324	-61.1184
4	3.4133	-1.5559	0.7559	1.7057	-1.4946	5.8919	0.0944	0.1962	0.2274	-0.4721	-0.0591	0.057	-0.4423	0.1618	-0.0469	0.6356	-0.0295	0.0014	0.2904	0.0137	0.5164	23.0224	-13.6838	-44.4382
5	5.6194	0.5329	0.5768	4.0332	0.7484	5.044	0.0575	-0.1874	-0.1983	-0.1156	0.0652	0.2759	0.4021	-0.7489	-0.0671	0.6228	-0.1244	-0.0597	0.3653	0.1253	0.4442	12.7561	-22.9253	-37.713
6	6.9332	6.4479	6.3399	5.4889	5.4748	5.165	-0.7209	0.1107	0.2132	-0.7409	0.4549	-0.1672	-1.5305	0.5838	0.2827	1.5545	-0.4504	-0.1719	1.0522	-0.0401	0.7748	-4.7734	-48.3817	-66.9316
7	8.4013	0.7558	-1.0116	9.3533	0.8903	8.7614	-0.033	0.2273	-0.0085	0.2599	0.4451	-0.7252	-0.7926	2.306	-0.4205	0.6638	-0.126	-0.051	0.8799	-0.0821	0.6	-9.3119	-67.7171	-71.3512
8	3.3439	0.0206	0.2196	2.5959	-0.2327	6.3323	0.1417	-0.6501	-0.1618	0.4435	-0.0652	-0.0217	0.4211	-0.1197	-0.0636	0.4635	-0.0196	-0.035	0.5084	-0.0039	0.4257	25.8908	-22.9247	-2.5296
9	4.983	0.7348	0.2524	4.5208	-0.053	6.5504	0.3083	-1.6326	0.7669	1.5569	-0.257	0.5614	-0.4392	-0.2717	-0.0989	1.2084	-0.1014	0.0525	1.4646	-0.1871	0.6548	22.1912	-14.1601	15.8641
10	5.3506	-1.9807	2.4166	3.0996	-0.3372	9.2122	-0.1196	-1.6163	-0.0667	0.8637	-0.1998	0.713	-0.0309	-1.3232	0.1378	0.79	-0.0212	0.1422	1.2774	-0.0986	0.7114	8.7086	-15.9885	5.1995
11	4.6697	-2.6174	1.0828	3.5163	-0.0606	8.3008	0.0399	-0.8317	-0.2491	0.1117	0.2048	0.8006	-0.1596	-1.6622	-0.0203	0.6158	0.0676	0.0444	1.0544	-0.0139	0.798	5.0901	-15.9551	-10.5487
12	3.3437	-0.6817	-0.2425	2.0483	1.6135	5.0708	0.0173	-0.622	0.3619	0.6137	-0.1193	1.1087	-0.5627	-1.7473	0.0259	0.633	0.1982	0.1655	1.2483	-0.0178	0.8801	1.6345	-14.1868	-9.2863
13	2.9916	0.8772	0.9354	1.9142	-0.2827	4.6189	-0.0754	-0.2109	0.1605	-0.1282	-0.0206	0.0563	-0.0731	-0.3053	-0.0073	0.5003	0.0534	0.0107	0.5346	-0.0317	0.5688	18.5625	-18.8521	-19.136
14	4.9427	-0.6459	4.3166	3.249	-1.6689	7.4871	0.2443	0.1525	0.1563	0.3525	-0.7053	-0.125	-0.6204	0.5737	0.451	0.9121	-0.2162	-0.1537	1.0924	-0.0506	0.7764	46.7696	-9.7016	10.8544
15	3.8991	3.8158	-1.0731	3.7964	-0.5676	9.1935	0.3135	-0.1014	-0.8503	0.1695	-0.0549	-0.0411	1.3879	-0.3529	-0.2839	0.9606	-0.115	-0.1569	0.5038	0.0263	0.684	66.0157	-14.4485	23.0635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 213 through 359 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 360 through 420 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 421 through 496 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 497 through 567 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 568 through 606 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 607 through 646 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 647 through 670 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 214 through 381 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 382 through 420 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 421 through 478 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 479 through 508 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 509 through 535 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 536 through 606 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 607 through 640 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 641 through 670 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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