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万見
- PDB-7pgl: HHIP-N, the N-terminal domain of the Hedgehog-Interacting Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgl
タイトルHHIP-N, the N-terminal domain of the Hedgehog-Interacting Protein (HHIP), apo-form
要素Hedgehog-interacting protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / HHIP / Hedgehog / morphogen / signalling / glycosaminoglycan / cholesterol / palmitate / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway ...regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinuskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. ...Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinuskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
資金援助 英国, 米国, 7件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HL067773 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM118082 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM106078 米国
Wellcome Trust099675/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Hedgehog-Interacting Protein is a multimodal antagonist of Hedgehog signalling.
著者: Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinauskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
履歴
登録2021年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hedgehog-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0851
ポリマ－21,0851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Peaks corresponding to HHIP-N monomers (major) and dimers (minor) were observed via SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.050, 59.050, 98.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Hedgehog-interacting protein / HHIP / HIP


分子量: 21085.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HHIP-N, the N-terminal domain of HHIP, recombinantly expressed in and purified from HEK293T cells using the pHLsec vector for mammalian secretion
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HHIP, HIP, UNQ5825/PRO19644 / プラスミド: pHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QV1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M ammonium chloride, 0.02 M hexamine cobalt (III) chloride and 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→50.67 Å / Num. obs: 5640 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 420 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2140: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HHIP-N:SOS

解像度: 2.63→50.67 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 281 5.02 %
Rwork0.244 --
obs0.2452 5602 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→50.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数807 0 0 0 807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5381125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.047508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6302-3.31370.34871330.2932591X-RAY DIFFRACTION100
3.3137-50.670.25241480.23522730X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17881.3483-0.62519.21051.58541.0186-0.8013-0.76420.2230.83880.94590.6070.97260.1775-0.18412.01310.11840.23421.01120.08820.828212.1618-8.82316.1418
22.55091.54281.28061.10520.21322.39141.1819-0.66010.10751.17461.22470.5105-1.034-0.5892-0.11461.74040.19530.1950.72980.23531.056223.2448-6.21854.5673
32.48070.07891.01365.05770.10265.6412-0.3593-0.00990.02230.67910.13350.46030.0276-0.15230.23550.86110.02180.08910.5850.07030.877514.2893-15.0278-11.9137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 69 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 185 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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