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- PDB-7pgk: HHIP-N, the N-terminal domain of the Hedgehog-Interacting Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgk
タイトルHHIP-N, the N-terminal domain of the Hedgehog-Interacting Protein (HHIP), in complex with glycosaminoglycan mimic SOS
要素Hedgehog-interacting protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / HHIP / Hedgehog / morphogen / signalling / glycosaminoglycan / cholesterol / palmitate / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway ...regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose octasulfate / Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinuskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. ...Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinuskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
資金援助 英国, 米国, 7件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)HL067773 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM118082 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM106078 米国
Wellcome Trust099675/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Hedgehog-Interacting Protein is a multimodal antagonist of Hedgehog signalling.
著者: Griffiths, S.C. / Schwab, R.A. / El Omari, K. / Bishop, B. / Iverson, E.J. / Malinauskas, T. / Dubey, R. / Qian, M. / Covey, D.F. / Gilbert, R.J.C. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
履歴
登録2021年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hedgehog-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0682
ポリマ－21,0851
非ポリマー9831
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Peaks corresponding to HHIP-N monomers (major) and dimers (minor) were observed via SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area310 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.240, 60.240, 108.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Hedgehog-interacting protein / HHIP / HIP


分子量: 21085.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HHIP-N, the N-terminal domain of HHIP, recombinantly expressed in and purified from HEK293T cells using the pHLsec vector for mammalian secretion
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HHIP, HIP, UNQ5825/PRO19644 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QV1
#2: 多糖 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 982.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose octasulfate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_1*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf1SO33SO34SO36SO3]{[(2+1)][a-D-Glcp2SO33SO34SO36SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 0.1 M carboxylic acids (0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate, 0.02 M sodium oxamate and 0.02 M potassium sodium tartrate), 10% w/v ...詳細: 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 0.1 M carboxylic acids (0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate, 0.02 M sodium oxamate and 0.02 M potassium sodium tartrate), 10% w/v PEG 20000 and 20% v/v PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→54.2 Å / Num. obs: 5609 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 107.32 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 534 / CC1/2: 0.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.592 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.698 / SU Rfree Blow DPI: 0.343 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.331
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 288 5.13 %RANDOM
Rwork0.267 ---
obs0.268 5609 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 102.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9205 Å20 Å20 Å2
2---3.9205 Å20 Å2
3---7.8409 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数964 0 55 0 1019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0071049HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.91425HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d492SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes20HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes143HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1049HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion125SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1074SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→3.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 -5.15 %
Rwork0.284 1456 -
all0.283 1535 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.6739 Å / Origin y: -12.329 Å / Origin z: -22.0729 Å
111213212223313233
T-0.2355 Å20.0946 Å20.0364 Å2-0.1204 Å20.0731 Å2---0.0777 Å2
L4.5765 °23.2835 °24.0403 °2-3.3743 °23.833 °2--6.2208 °2
S-0.0007 Å °-0.1305 Å °-0.0218 Å °0.1292 Å °0.0486 Å °-0.0314 Å °0.0449 Å °-0.0587 Å °-0.0479 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|36 - A|184 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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