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万見
- PDB-7pfi: 20 minute Fe2+ soaked structure of SynFtn Variant D65A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pfi
タイトル20 minute Fe2+ soaked structure of SynFtn Variant D65A
要素Ferritinフェリチン
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / iron binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial non-heme ferritin / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / フェリチン / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / フェリチン
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
Model detailsstructure determined from crystals of SynFtn D65A that have not been soaked in Fe2+
データ登録者Hemmings, A.M. / Bradley, J.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R002363/1 英国
引用ジャーナル: Microbiology (Reading, Engl.) / 年: 2021
タイトル: Key carboxylate residues for iron transit through the prokaryotic ferritin Syn Ftn.
著者: Bradley, J.M. / Fair, J. / Hemmings, A.M. / Le Brun, N.E.
履歴
登録2021年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4146
ポリマ－20,1881
非ポリマー2265
水4,125229
1
A: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,944144
ポリマ－484,52024
非ポリマー5,423120
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_545z,-y-1,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_545-z,-y-1,-x1
crystal symmetry operation29_545z,x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation30_544z,-x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation31_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation32_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation41_544x,z-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation42_545-x,z-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation43_544-x,-z-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation44_545x,-z-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation81_545y+1/2,z-1/2,x1
crystal symmetry operation82_445-y-1/2,z-1/2,-x1
crystal symmetry operation83_545y+1/2,-z-1/2,-x1
crystal symmetry operation84_445-y-1/2,-z-1/2,x1
crystal symmetry operation85_545y+1/2,x-1/2,-z1
crystal symmetry operation86_445-y-1/2,-x-1/2,-z1
crystal symmetry operation87_545y+1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation88_445-y-1/2,x-1/2,z1
Buried area103260 Å2
ΔGint-1307 kcal/mol
Surface area130070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.400, 176.400, 176.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

FE

21A-204-

NA

31A-446-

HOH

41A-524-

HOH

51A-525-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ferritin / フェリチン


分子量: 20188.346 Da / 分子数: 1 / 断片: ferritin / 変異: D65A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus sp. (strain CC9311) (バクテリア)
株: CC9311 / 遺伝子: sync_1539 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0I9X8, bacterial non-heme ferritin
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.57 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→53.19 Å / Num. obs: 29360 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 78.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.008 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 46.5 / Num. measured all: 2303633 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.64-1.6879.13.3816725721140.8130.3813.4022100
7.33-53.1962.50.0272579441310.0030.027181.899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OUW

5ouw


解像度: 1.7→40.469 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1937 1315 4.97 %
Rwork0.1729 25120 -
obs0.1739 26435 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 65.47 Å2 / Biso mean: 31.2947 Å2 / Biso min: 21.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→40.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1390 0 5 229 1624
Biso mean--31.92 41.66 -
残基数----178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051440
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7061962
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.07880
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.7002-1.76830.28861350.2472732
1.7683-1.84880.25921510.22632711
1.8488-1.94630.30361390.20642755
1.9463-2.06820.2251350.19962739
2.0682-2.22790.19931400.1842773
2.2279-2.45210.2241580.18032748
2.4521-2.80680.19721510.17732781
2.8068-3.5360.17831470.16382847
3.536-40.4690.17181590.15983034

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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