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- PDB-7pdq: Crystal structure of a mutated form of RXRalpha ligand binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pdq
タイトルCrystal structure of a mutated form of RXRalpha ligand binding domain in complex with LG100268 and a coactivator fragment
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nuclear hormone receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway ...Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / visceral serous pericardium development / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / mesenchyme development / positive regulation of translational initiation by iron / Endogenous sterols / maternal placenta development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / retinoic acid-responsive element binding / Cytoprotection by HMOX1 / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / cardiac muscle cell differentiation / nuclear retinoic acid receptor binding / camera-type eye development / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / nuclear thyroid hormone receptor binding / cardiac muscle cell proliferation / regulation of myelination / nuclear steroid receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / heart morphogenesis / response to retinoic acid / response to glucocorticoid / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / embryo implantation / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / placenta development / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Circadian Clock / heart development / HATs acetylate histones / gene expression / in utero embryonic development / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / cell differentiation / nuclear body / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / axon / negative regulation of gene expression / chromatin binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LG2 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者le Maire, A. / Bourguet, W. / Guee, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Endocrinol. / 年: 2022
タイトル: Design and in vitro characterization of RXR variants as tools to investigate the biological role of endogenous rexinoids.
著者: le Maire, A. / Rey, M. / Vivat, V. / Guee, L. / Blanc, P. / Malosse, C. / Chamot-Rooke, J. / Germain, P. / Bourguet, W.
履歴
登録2021年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly ...citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2193
ポリマ－28,8552
非ポリマー3631
水5,999333
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4386
ポリマ－57,7114
非ポリマー7272
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)68.430, 68.430, 105.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-743-

HOH

21A-842-

HOH

31A-900-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 27275.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rxra, Nr2b1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28700
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-LG2 / 6-[1-(3,5,5,8,8-PENTAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)CYCLOPROPYL]PYRIDINE-3-CARBOXYLIC ACID / LG-100268


分子量: 363.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26% PEG3350, 0.2M NaF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.579→48.39 Å / Num. obs: 34564 / % possible obs: 98.25 % / 冗長度: 22 % / Biso Wilson estimate: 19.68 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 32.76
反射 シェル解像度: 1.579→1.635 Å / Num. unique obs: 2903 / CC1/2: 0.812

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.18.2_3874モデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6sti

6sti


解像度: 1.58→48.39 Å / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5424
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 1708 4.94 %
Rwork0.1723 32849 -
obs0.1734 34557 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1744 0 27 333 2104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01581828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62012482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0915281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0645690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.630.31391030.27112234X-RAY DIFFRACTION81.2
1.63-1.680.20851520.20232667X-RAY DIFFRACTION97.95
1.68-1.740.20451260.19382733X-RAY DIFFRACTION99.58
1.74-1.810.21011460.18212731X-RAY DIFFRACTION99.93
1.81-1.890.20981570.17322738X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.990.19311450.18112756X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.110.21281540.17642748X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.280.16891390.16752775X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.510.17941540.16752783X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.870.20581530.18072805X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.610.20341320.16632862X-RAY DIFFRACTION100
3.62-48.390.17911470.15943017X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.12249605438-2.01225495033-1.770669850371.677964303250.4812526897721.323356170970.1199466580580.1152102139380.187757163175-0.000620377153836-0.05095661035970.0598360032826-0.0735857671946-0.138650770941-0.08229250183860.141416388339-0.0126630063398-0.02161443788890.0948774067831-0.009231670400040.0953455922514-15.46657614991.03557641489-25.6594965591
27.265500572670.9799943272311.668964921252.712448737343.10372920014.17146726026-0.269002707007-0.6053623231480.3790342391680.5883247531490.05040575093740.046396899381-0.2299420551080.07453378599690.1292568352010.229178954384-0.04117900728030.01927345653250.2645235432950.005500368695480.212530693774-21.7803023469-8.42547408784-8.70622217188
33.053080876-0.8228512445630.3285971294542.53785925361-1.043594224771.732824679920.0904992959731-0.115065345757-0.4175656217830.01570308575520.01479571653790.1403320567510.316309563401-0.0669511198761-0.1282404340580.190824680368-0.03286798359150.001534375610810.08038986512190.01393365232440.136562143234-14.3233328145-13.7157191015-20.3972063443
41.32247430909-0.292591818911.094927578620.884373798644-0.5290468873152.641515190320.06694988208450.0719011639979-0.0924176416751-0.0931946543984-0.003986668659130.05646915279910.0845526495493-0.0290557917027-0.06087446615820.118781944511-0.0166236702201-0.005131531298570.08262875162260.002310663761290.135599840901-13.7848133115-5.74086484322-32.8700412316
53.31772150627-1.66983787686-1.95774932472.478970689111.710411712163.943030424380.00752568338928-0.186927379319-0.08455948708010.09884726268630.0905784511243-0.1408191495120.2619878452120.22949403239-0.1128849944880.1229920226570.0243822269329-0.02486214727470.08534829116330.03129786670630.1293591695620.548482560754-11.4164815011-21.0749110207
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 419 through 462 )AA419 - 462171 - 216
22chain 'B' and (resid 686 through 697 )BC686 - 6971 - 12
33chain 'A' and (resid 234 through 298 )AA234 - 2981 - 44
44chain 'A' and (resid 299 through 368 )AA299 - 36845 - 120
55chain 'A' and (resid 369 through 418 )AA369 - 418121 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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