PDB-7pd7: Crocagin methyl transferase CgnL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pd7

タイトル

Crocagin methyl transferase CgnL

要素

Methyltransferase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / RiPP / crocagin / CgnL / methyl transferase

機能・相同性

Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Chondromyces crocatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Zheng, D. / Koehnke, J.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Unusual peptide-binding proteins guide pyrroloindoline alkaloid formation in crocagin biosynthesis.
著者: Adam, S. / Zheng, D. / Klein, A. / Volz, C. / Mullen, W. / Shirran, S.L. / Smith, B.O. / Kalinina, O.V. / Muller, R. / Koehnke, J.

履歴

登録	2021年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2025年10月1日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pd7.cif.gz	686.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pd7.ent.gz	478.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pd7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zsuC 6zsvC 8a2nC 3e23S 7aox PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase

B: Methyltransferase

C: Methyltransferase

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Methyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	40.947, 128.117, 94.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.393, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Methyltransferase / Crocagin methyl transferase CgnL 分子量: 27756.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chondromyces crocatus (バクテリア) 遺伝子: CMC5_025500 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K1EC20
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Monosaccharides (D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose, N-Acetyl-D-Glucosamine) 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole, MES monohydrate) pH 6.5 37.5 % v/v Precipitant Mix 4 ...詳細: 0.12 M Monosaccharides (D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose, N-Acetyl-D-Glucosamine) 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole, MES monohydrate) pH 6.5 37.5 % v/v Precipitant Mix 4 (12.5% each of MPD (v/v), PEG 1000 (w/v), PEG 3350 (w/v))

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Monosaccharides (D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose, N-Acetyl-D-Glucosamine) 0.1 M Buffer System 1 (Imidazole, MES monohydrate) pH 6.5 37.5 % v/v Precipitant Mix 4 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→47.15 Å / Num. obs: 69598 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.96→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4446 / CC_1/2: 0.519

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 開始モデル: 3.0E+23 / 解像度: 1.96→47.15 Å / SU ML: 0.243 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.2316
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	3542	5.09 %
R_work	0.1853	66010	-
obs	0.1872	69552	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→47.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7619	0	146	402	8167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	7946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.264	10782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0521	1176
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	1420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5858	1160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.99	0.3523	120	0.2934	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.99-2.02	0.3147	143	0.2793	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.02-2.05	0.2608	125	0.2657	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.05-2.08	0.3013	128	0.2596	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.08-2.11	0.314	155	0.256	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.15	0.3005	190	0.2441	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2936	161	0.2292	2570	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.19-2.23	0.2713	125	0.2328	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2598	160	0.2152	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.32	0.2653	134	0.2148	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2607	137	0.2092	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.38-2.44	0.264	130	0.2044	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.5	0.2582	158	0.2049	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.58	0.2715	141	0.1951	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.58-2.66	0.2386	156	0.1897	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.76	0.1878	175	0.1862	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.87	0.2358	144	0.1761	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.87-3	0.2282	128	0.1812	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.15	0.19	112	0.1654	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.15-3.35	0.2238	128	0.1665	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.61	0.1769	140	0.1595	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.97	0.1745	135	0.1447	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.97-4.55	0.1679	131	0.1428	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-5.73	0.1823	141	0.1613	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.73-47.15	0.2399	145	0.2091	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.84095568654	0.532013446287	-0.237549149743	1.98142203594	0.154272350757	3.33101714822	-0.0687248971122	0.403307969482	-0.348539309388	0.634986987949	0.356057339974	0.516823099717	0.427396813991	-0.0160105362043	-0.0205097276857	0.405891707438	0.0307457362358	-0.040720001543	0.412068855471	-0.0352763661321	0.376703116316	13.8634573612	34.9711068924	53.7943485851
2	4.06786605033	-0.764804673996	-0.526585868831	3.34628214034	1.35661129886	5.62842717256	0.0919107756903	0.0264085055041	-0.315418381279	-0.297030032559	0.0708185132757	-0.25178677917	0.194937837444	0.737701570739	-0.00958162665886	0.397177105531	0.0639628839674	0.0732313620925	0.261925649806	0.0322852110528	0.479691687584	23.551931468	31.6069284607	72.6655030993
3	1.91223416874	-0.14168194115	0.798150354067	0.955415876881	-0.527074421189	3.77398355451	-0.0520365522731	-0.329488397212	-0.356520590711	0.318451149309	0.135453552821	0.316354162694	0.184129884692	0.017989093318	-0.0456418237398	0.341974612192	0.0331836807994	0.102911274406	0.232415267893	0.081829943035	0.376219810677	12.6752621982	33.0208122465	73.7724401808
4	2.66322959405	-0.019967410081	0.86853488811	1.31796108309	-0.201549550081	3.72268759032	-0.0500134593858	-0.0302551471507	-0.184563090848	0.0933452737349	0.0634628200554	0.245401895982	-0.018703440114	-0.410213075862	-0.0370502412027	0.24225092309	0.0251660636098	0.0472292645	0.257449151544	0.0313165778927	0.320296249788	6.51587900571	38.8383674751	68.6722352154
5	0.681052947997	-0.495088046296	-0.197152001237	0.469314261312	0.341420411227	1.63459732633	0.0135030939901	-0.0726913507301	0.0831968618779	-0.00722861998247	0.12997286791	0.0814275181682	-0.103123286585	0.127746693626	-0.0437695754746	0.278484300339	0.0152579027868	0.00157393337472	0.244523647811	0.0159782709917	0.2871549317	21.0120812878	44.9897332245	65.0085409743
6	1.15510628131	1.30534205498	0.094472980586	1.94290246331	1.3124870063	2.30055573426	0.0183449490753	0.126376705902	-0.200672482364	0.290892238819	0.470299910641	-0.449230202071	-0.191881873869	0.198005750733	-0.0113911826139	0.319086143056	-0.00480774887936	-0.0197170993357	0.296863873749	0.0310939036226	0.264876196152	22.722179273	37.2466621625	48.2432238016
7	0.352147570777	0.404820261375	0.893923615376	2.12765954541	1.88614536385	2.32464060484	-0.0414150187064	0.0312658480396	0.107901249325	-0.000671933181416	-0.0432404598152	0.41283693742	-0.00842598652175	-0.00714673083471	-0.00575947213417	0.2915791939	-0.00402857938667	-0.0165430745591	0.305886807544	0.0151222554647	0.314011381939	17.9193546581	39.4184139848	46.6434830813
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30	5.23020247799	-1.50367443525	-2.40302008993	2.88022157574	0.566143411129	6.39392014555	0.111439523397	-0.175078306971	-0.0113551003534	0.240428392305	0.191284856299	-0.580510236316	-0.0393446542142	1.59489208572	-0.247635356058	0.223835339826	-0.0891998629442	-0.047660835011	0.536407183567	0.035419761961	0.39197463628	32.226652901	46.4171065765	112.427249188
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34	2.36598604074	-0.769784937514	1.98200516537	1.11093603	-1.09261465801	3.53095619262	0.232803628758	0.0429863456907	-0.367164347779	-0.00825587672733	0.114038899127	0.133947420401	0.063816703413	-0.161322228261	-0.107197591419	0.346896156448	-0.0351978276926	0.0216928605803	0.245531805848	0.019621693679	0.270209284872	19.8088666781	36.2749058764	127.561279478
35	2.16372784708	-0.809441610149	2.48184323965	0.311596942827	-0.873631347978	2.90641033073	-0.232708710165	-0.00411881616506	0.275071166517	0.0481551417494	0.0652932282548	-0.00575138783654	-0.161876292822	-0.012412001843	0.0236293612025	0.281557449861	-0.0221075732333	-0.00546206110993	0.233989281695	0.0017928866222	0.253616793892	20.1784977394	41.3418911912	129.317007163
36	2.52207861061	-1.26008317454	1.65453413427	2.13005081795	-1.21710431651	3.56314314743	0.232760516755	0.228792699539	-0.0133530606234	-0.121918239905	-0.126422261462	0.194178848531	0.182184943947	-0.627360842356	-0.129991332091	0.24971052822	-0.0443326984536	-0.0338459529745	0.367512668847	0.0458278207477	0.28509160897	3.96978470281	39.1161072896	105.149069218
37	2.09635942445	-1.18027140101	2.12537098271	0.660894570637	-1.00627709341	3.16448704185	-0.121854727094	0.396631134309	-0.271811633979	-0.355675147788	-0.331166476852	-0.513984755244	0.986932689437	-0.206274517266	-0.176897975633	0.46042062026	-0.0338058393226	0.0184056887656	0.352314360346	-0.0120567518429	0.280349451107	10.2810781964	32.2297140103	103.169655095

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 17 )	A	A	-1 - 17	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 18 through 35 )	A	A	18 - 35	20 - 37
3	3	chain 'A' and (resid 36 through 58 )	A	A	36 - 58	38 - 60
4	4	chain 'A' and (resid 59 through 99 )	A	A	59 - 99	61 - 101
5	5	chain 'A' and (resid 100 through 153 )	A	A	100 - 153	102 - 155
6	6	chain 'A' and (resid 154 through 177 )	A	A	154 - 177	156 - 179
7	7	chain 'A' and (resid 178 through 201 )	A	A	178 - 201	180 - 203
8	8	chain 'A' and (resid 202 through 223 )	A	A	202 - 223	204 - 225
9	9	chain 'A' and (resid 224 through 245 )	A	A	224 - 245	226 - 247
10	10	chain 'B' and (resid -2 through 17 )	B	E	-2 - 17	1 - 20
11	11	chain 'B' and (resid 18 through 35 )	B	E	18 - 35	21 - 38
12	12	chain 'B' and (resid 36 through 99 )	B	E	36 - 99	39 - 102
13	13	chain 'B' and (resid 100 through 137 )	B	E	100 - 137	103 - 140
14	14	chain 'B' and (resid 138 through 153 )	B	E	138 - 153	141 - 156
15	15	chain 'B' and (resid 154 through 201 )	B	E	154 - 201	157 - 204
16	16	chain 'B' and (resid 202 through 223 )	B	E	202 - 223	205 - 226
17	17	chain 'B' and (resid 224 through 237 )	B	E	224 - 237	227 - 240
18	18	chain 'B' and (resid 238 through 247 )	B	E	238 - 247	241 - 250
19	19	chain 'C' and (resid -2 through 17 )	C	G	-2 - 17	1 - 20
20	20	chain 'C' and (resid 18 through 35 )	C	G	18 - 35	21 - 38
21	21	chain 'C' and (resid 36 through 58 )	C	G	36 - 58	39 - 61
22	22	chain 'C' and (resid 59 through 137 )	C	G	59 - 137	62 - 140
23	23	chain 'C' and (resid 138 through 153 )	C	G	138 - 153	141 - 156
24	24	chain 'C' and (resid 154 through 201 )	C	G	154 - 201	157 - 204
25	25	chain 'C' and (resid 202 through 223 )	C	G	202 - 223	205 - 226
26	26	chain 'C' and (resid 224 through 245 )	C	G	224 - 245	227 - 248
27	27	chain 'D' and (resid -2 through 17 )	D	J	-2 - 17	1 - 20
28	28	chain 'D' and (resid 18 through 35 )	D	J	18 - 35	21 - 38
29	29	chain 'D' and (resid 36 through 68 )	D	J	36 - 68	39 - 71
30	30	chain 'D' and (resid 69 through 79 )	D	J	69 - 79	72 - 82
31	31	chain 'D' and (resid 80 through 99 )	D	J	80 - 99	83 - 102
32	32	chain 'D' and (resid 100 through 137 )	D	J	100 - 137	103 - 140
33	33	chain 'D' and (resid 138 through 153 )	D	J	138 - 153	141 - 156
34	34	chain 'D' and (resid 154 through 177 )	D	J	154 - 177	157 - 180
35	35	chain 'D' and (resid 178 through 201 )	D	J	178 - 201	181 - 204
36	36	chain 'D' and (resid 202 through 223 )	D	J	202 - 223	205 - 226
37	37	chain 'D' and (resid 224 through 246 )	D	J	224 - 246	227 - 249

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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