PDB-7pd6: Crystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pd6

タイトル

Crystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding protein (Ls-AChBP) Q55R/M114V double mutant complexed with Sulfoxaflor

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / acetylcholine / protein / mutant / SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / postsynapse / neuron projection / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Montgomery, M.G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural Biology-Guided Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Novel Insect Nicotinic Acetylcholine Receptor Orthosteric Modulators.
著者: Montgomery, M. / Rendine, S. / Zimmer, C.T. / Elias, J. / Schaetzer, J. / Pitterna, T. / Benfatti, F. / Skaljac, M. / Bigot, A.

履歴

登録	2021年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pd6.cif.gz	751.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pd6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pdbC 7pdrC 7pe5C 7pe6C 1uv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zr6-d 3u8m-1 4zru-2 7pd6-2 5bp0-2 3u8m-3 7n0y-d 3wip-2 3u8n-3 5bp0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

AaA: Acetylcholine-binding protein

BaB: Acetylcholine-binding protein

CaC: Acetylcholine-binding protein

DaD: Acetylcholine-binding protein

EaE: Acetylcholine-binding protein

FaF: Acetylcholine-binding protein

GaG: Acetylcholine-binding protein

HaH: Acetylcholine-binding protein

IaI: Acetylcholine-binding protein

JJJ: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

241 kDa, 10 ポリマー
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1

AaA: Acetylcholine-binding protein

BaB: Acetylcholine-binding protein

CaC: Acetylcholine-binding protein

DaD: Acetylcholine-binding protein

EaE: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
120 kDa, 5 ポリマー
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2

FaF: Acetylcholine-binding protein

GaG: Acetylcholine-binding protein

HaH: Acetylcholine-binding protein

IaI: Acetylcholine-binding protein

JJJ: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	115.886, 74.367, 130.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.645, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

#1: タンパク質	Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP 分子量: 23818.428 Da / 分子数: 10 / 変異: Q55R, D66N, M114V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物	ChemComp-7II / Sulfoxaflor / [methyl-oxidanylidene-[1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]ethyl]-$l^{6}-sulfanylidene]cyanamide 分子量: 277.266 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀F₃N₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経毒*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 14-18% PEG3350, 0.1-0.25M diammonium hydrogen citrate, 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96864 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.796→127.381 Å / Num. obs: 117528 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.796→2.034 Å / R_merge(I) obs: 1.097 / Num. unique obs: 5876 / CC_1/2: 0.613

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
STARANISO	2.3.20	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UV6

1uv6

解像度: 2→127.381 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.225 / WR_factor R_work: 0.202 / SU B: 12.457 / SU ML: 0.157 / Average fsc free: 0.8975 / Average fsc work: 0.9054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	5524	4.866 %
R_work	0.2063	107992	-
all	0.208	-	-
obs	-	113516	77.418 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.199 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.233 Å²	-0 Å²	0.254 Å²
2-	-	0.054 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.991 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→127.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15947	0	162	350	16459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	16604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.869	1.644	22714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.364	1.575	34711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.756	5	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.961	21.525	938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.726	15	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.476	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	18408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	13920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	8060
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	8405
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.098	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.385	1.891	7992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.385	1.891	7991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.284	2.825	9962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.283	2.825	9963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.019	2.163	8612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.019	2.163	8613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.341	3.153	12731
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.341	3.153	12732
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.532	21.539	17368
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.529	21.503	17343
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	6014
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.101	0.05	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.089	0.05	6000
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.083	0.05	6063
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.071	0.05	6258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.099	0.05	5969
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.094	0.05	5988
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.086	0.05	6045
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.085	0.05	6012
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.093	0.05	6236
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.102	0.05	6043
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.1	0.05	6116
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.106	0.05	6107
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.069	0.05	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.093	0.05	6095
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.097	0.05	6091
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.099	0.05	6078
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.093	0.05	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.092	0.05	6206
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.111	0.05	6043
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.088	0.05	6259
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.066	0.05	6307
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.092	0.05	6113
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.085	0.05	6139
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.081	0.05	6119
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.102	0.05	5970
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.091	0.05	6102
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.084	0.05	6112
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.05	0.05	6365
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.079	0.05	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.098	0.05	6121
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.083	0.05	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.08	0.05	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.087	0.05	6154
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.065	0.05	6258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.106	0.05	6007
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.105	0.05	6029
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.101	0.05	6029
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.096	0.05	6064
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.082	0.05	6167
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.094	0.05	6112
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.087	0.05	6085
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.092	0.05	6171
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.08	0.05	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.085	0.05	6197

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.3	158	0.292	2919	0.293	10762	0.789	0.779	28.5913	0.283
2.052-2.108	0.27	200	0.283	4246	0.283	10499	0.832	0.816	42.3469	0.273
2.108-2.169	0.325	270	0.279	4955	0.282	10225	0.798	0.825	51.1002	0.264
2.169-2.236	0.291	257	0.264	5389	0.265	9928	0.84	0.854	56.8695	0.244
2.236-2.309	0.283	287	0.256	5773	0.257	9600	0.865	0.872	63.125	0.233
2.309-2.39	0.271	314	0.251	6277	0.252	9342	0.88	0.884	70.5523	0.225
2.39-2.481	0.28	337	0.251	6746	0.252	9006	0.859	0.884	78.6476	0.221
2.481-2.582	0.26	361	0.249	7105	0.25	8678	0.885	0.889	86.0336	0.223
2.582-2.697	0.286	378	0.241	7444	0.243	8317	0.878	0.894	94.0483	0.216
2.697-2.828	0.247	388	0.233	7481	0.234	7950	0.903	0.906	98.9811	0.208
2.828-2.981	0.254	345	0.218	7231	0.22	7578	0.91	0.923	99.9736	0.198
2.981-3.162	0.246	349	0.216	6773	0.217	7125	0.914	0.925	99.9579	0.201
3.162-3.38	0.227	300	0.206	6462	0.207	6770	0.928	0.94	99.8818	0.197
3.38-3.65	0.213	336	0.198	5948	0.199	6287	0.938	0.942	99.9523	0.197
3.65-3.999	0.225	289	0.181	5492	0.183	5784	0.941	0.955	99.9481	0.183
3.999-4.47	0.158	286	0.152	4971	0.152	5258	0.97	0.972	99.981	0.165
4.47-5.16	0.186	243	0.155	4422	0.156	4670	0.964	0.972	99.8929	0.173
5.16-6.318	0.225	202	0.177	3735	0.179	3947	0.957	0.966	99.7466	0.199
6.318-8.923	0.19	141	0.18	2932	0.18	3084	0.961	0.965	99.6433	0.209
8.923-127.381	0.3	83	0.247	1675	0.249	1768	0.962	0.961	99.4344	0.304

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5467	-1.041	0.3207	2.4771	-0.0787	1.4626	0.0236	0.2586	0.0867	-0.4412	-0.1554	-0.43	0.0774	0.2864	0.1318	0.2872	0.0311	0.1192	0.123	0.071	0.1114	30.076	17.2057	22.3648
2	1.7849	-0.8769	-0.4628	3.0522	-0.0988	1.4206	0.0465	-0.0819	0.1783	0.266	-0.059	-0.3757	-0.105	0.1727	0.0126	0.1304	-0.0349	-0.0127	0.1232	0.0139	0.0591	32.0884	11.0476	48.438
3	3.4603	-0.6175	0.5065	2.0713	-0.0367	0.8462	0.0292	-0.1484	-0.0539	0.1621	-0.0038	0.1085	0.1003	-0.0587	-0.0253	0.1347	-0.0204	-0.0017	0.0852	0.0262	0.0143	18.1787	-11.689	52.6133
4	1.6168	-1.1756	-0.1591	2.2207	-0.3108	0.7071	0.0809	0.0989	-0.136	-0.3959	-0.0384	0.2236	0.1357	-0.0775	-0.0425	0.2987	-0.021	-0.1045	0.092	0.0049	0.1018	7.6567	-19.0016	29.3198
5	1.926	-0.4773	-0.2473	2.9955	-0.1014	1.2214	0.0516	0.3074	0.086	-0.8093	-0.065	0.1016	0.24	0.1103	0.0134	0.5828	0.0323	-0.054	0.174	0.0234	0.0306	15.5687	-1.4721	10.9318
6	2.5293	0.9451	-0.1634	2.2142	-0.7079	1.4425	-0.0853	-0.013	0.1705	0.0281	0.0536	0.297	-0.148	-0.2152	0.0317	0.1787	0.0428	-0.0245	0.0655	-0.0387	0.0732	-45.3287	54.6651	42.1959
7	2.0736	0.5847	-0.1538	2.7314	0.7255	1.7385	-0.0699	0.2235	0.2323	-0.4062	-0.0187	0.2149	-0.2271	-0.1957	0.0885	0.3127	0.0163	-0.1145	0.186	0.0337	0.0658	-45.6876	48.5198	16.1681
8	3.1082	0.4539	0.9743	1.6822	-0.1005	1.2965	0.0152	0.272	-0.2062	-0.2369	-0.0459	-0.1677	0.0515	0.1496	0.0307	0.2408	0.003	-0.0019	0.1992	-0.0133	0.034	-31.9813	25.7647	12.7012
9	2.1316	1.0572	-0.0698	1.5414	0.1807	1.0333	-0.0043	-0.0199	-0.0943	0.0584	0.0211	-0.1182	0.1648	0.1537	-0.0168	0.1961	0.0352	-0.0249	0.0814	-0.0112	0.105	-22.4037	18.3319	36.2929
10	2.0974	0.335	-0.1013	2.2259	-0.2424	0.6785	-0.0807	-0.1874	0.014	0.2015	-0.0054	-0.125	-0.0134	0.0048	0.0861	0.1975	0.0207	-0.0375	0.0657	-0.0051	0.0193	-31.0783	36.1233	54.2715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	0 - 204
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	0 - 204
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	0 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	0 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	EEE	0 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	FFF	0 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	GGG	0 - 204
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HHH	0 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	III	0 - 207
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	JJJ	2 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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