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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pcn | ||||||
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タイトル | BurG (holo) in complex with gonyenediol (14), trigonic acid (6) and DMS: Biosynthesis of cyclopropanol rings in bacterial toxins | ||||||
要素 | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
キーワード | LYASE / Pathogens / Natural Products / Toxins / Biosynthesis / Catalysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia thailandensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022 タイトル: Pathogenic bacteria remodel central metabolic enzyme to build a cyclopropanol warhead. 著者: Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida-Ito, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pcn.cif.gz | 296.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pcn.ent.gz | 237.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pcn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pcn_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pcn_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pcn_validation.xml.gz | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pcn_validation.cif.gz | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pcn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pccSC 7pceC 7pcgC 7pciC 7pclC 7pcmC 7pcoC 7pctC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38716.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア) 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: ilvC-2, BTH_II2094 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q2T3G7, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) |
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-非ポリマー , 6種, 485分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Inidazole; 10% PEG 8K, 2 mM NAD+, 5 mM MgCl2, 2 mM gonydiol (5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 82909 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 13837 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7PCC 解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 3.526 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.12 Å2 / Biso mean: 17.986 Å2 / Biso min: 8.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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