PDB-7pbh: Structural characterization of Thorarchaeota profilin indicates a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pbh

タイトル

Structural characterization of Thorarchaeota profilin indicates a eukaryotic-like fold but with an extended N-terminus

要素

Profilin

キーワード

PROTEIN BINDING / Thor archaea Profilin

機能・相同性

: / Profilin / Profilin superfamily / actin binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Thorarchaeota (古細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Celestine, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Adv Biol (Weinh) / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of a Thorarchaeota Profilin Indicates Eukaryotic-Like Features but with an Extended N-Terminus.
著者: Inturi, R. / Lara, S. / Derweesh, M. / Chi, C.N.

履歴

登録	2021年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pbh.cif.gz	976.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pbh.ent.gz	846.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pbh_validation.pdf.gz	390 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pbh_full_validation.pdf.gz	508.2 KB	表示
XML形式データ	7pbh_validation.xml.gz	67.7 KB	表示
CIF形式データ	7pbh_validation.cif.gz	72.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 50691

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Profilin

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	target function

#1: タンパク質	Profilin 分子量: 15783.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candidatus Thorarchaeota (古細菌) / 遺伝子: EU537_07650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A524EIQ6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY
1	4	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH
1	6	1	isotropic	1	3D HN(COCA)CB
1	7	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 3 mM [U-13C; U-15N] 13C-15N-Thor-profilin, 90% H2O/10% D2O Label: 13C-15N-Thor-profilin / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 3 mM / 構成要素: 13C-15N-Thor-profilin / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	イオン強度: 50 mM / Label: 13C-15N-Thor-profilin / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert P.	structure calculation
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CcpNmr Analysis	CCPN	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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