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- PDB-7pa5: Complex between the beta-lactamase CMY-2 with an inhibitory nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pa5
タイトルComplex between the beta-lactamase CMY-2 with an inhibitory nanobody
要素
  • Beta-lactamase
  • nanobody
キーワードHYDROLASE / Single Domain Camelid Antibody Cephalosporinase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Camelidae (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.184 Å
データ登録者Frederic Cawez, F.C. / Frederic Kerff, F.K. / Moreno Galleni, M.G. / Raphael Herman, R.H.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2023
タイトル: Development of Nanobodies as Theranostic Agents against CMY-2-Like Class C beta-Lactamases.
著者: Cawez, F. / Mercuri, P.S. / Morales-Yanez, F.J. / Maalouf, R. / Vandevenne, M. / Kerff, F. / Guerin, V. / Mainil, J. / Thiry, D. / Saulmont, M. / Vanderplasschen, A. / Lafaye, P. / Ayme, G. / ...著者: Cawez, F. / Mercuri, P.S. / Morales-Yanez, F.J. / Maalouf, R. / Vandevenne, M. / Kerff, F. / Guerin, V. / Mainil, J. / Thiry, D. / Saulmont, M. / Vanderplasschen, A. / Lafaye, P. / Ayme, G. / Bogaerts, P. / Dumoulin, M. / Galleni, M.
履歴
登録2021年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2914
ポリマ－54,1042
非ポリマー1872
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.120, 95.120, 242.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

PO4

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 39896.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: bla CMY-2, ampC, blaCMY-2, blacmy-2, blaCMY-2-1, CMY-2, cmy-2, A9819_28690, AM333_27370, AM464_28260, APX88_19125, BB545_24720, BHS81_30845, BIQ87_27420, BIU72_25045, BK248_14575, BK292_ ...遺伝子: bla CMY-2, ampC, blaCMY-2, blacmy-2, blaCMY-2-1, CMY-2, cmy-2, A9819_28690, AM333_27370, AM464_28260, APX88_19125, BB545_24720, BHS81_30845, BIQ87_27420, BIU72_25045, BK248_14575, BK292_11440, BK375_28010, BWI89_23710, CWM24_03220, D2184_22885, D2185_19815, D2188_23590, D9D43_21375, D9D43_30790, DS732_29990, E2129_13225, EAN77_15185, ED648_23630, ED648_28285, EJC75_03830, EJC75_22930, ELT58_15290, EO241_21750, FKC84_16435, HMQ05_23325, HMQ05_27045, HND23_22080, HND23_27950, HVX28_23930, HVZ20_24300, HVZ21_14455, KPCE_053, pAPEC1990_61_74, pAR060302_0084, pAR060302_81, peH4H_0073, pESCR_00001, WR15_23065
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53TY8, beta-lactamase
#2: 抗体 nanobody


分子量: 14207.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG400, glycerol, Ammonium tartarate, tris HCl,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→48.885 Å / Num. obs: 11589 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 37.789 % / Biso Wilson estimate: 76.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.709 / Rrim(I) all: 0.719 / Χ2: 0.599 / Net I/σ(I): 7.09 / Num. measured all: 437933
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.18-3.3734.7613.4261.2861109179617580.4293.47797.9
3.37-3.639.9372.1092.5168292171017100.9052.136100
3.6-3.8940.5131.6763.5764902160216020.9141.697100
3.89-4.2639.4241.0215.558623148714870.9791.034100
4.26-4.7636.850.6657.9350743137713770.9880.675100
4.76-5.4937.9340.5189.3945672120412040.9950.525100
5.49-6.739.0270.45410.3141134105410540.9950.46100
6.7-9.3835.2860.20417.05300288518510.9990.207100
9.38-48.88531.9230.12925.841743055154610.13199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.18 Å48.88 Å
Translation3.18 Å48.88 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZC2 (CMY-2), 6GKU (nanobody)

1zc2

6gku


解像度: 3.184→48.885 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 576 5 %
Rwork0.2067 10942 -
obs0.209 11518 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 187.84 Å2 / Biso mean: 78.8152 Å2 / Biso min: 38.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.184→48.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3743 0 19 8 3770
Biso mean--80.41 52.03 -
残基数----481
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.184-3.5040.35521370.2695260598
3.504-4.01080.26591410.21462679100
4.0108-5.05240.20861440.17532734100
5.0524-48.8850.23651540.20542924100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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