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万見
- PDB-7pa3: PARK7 with covalent inhibitor JYQ-88 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pa3
タイトルPARK7 with covalent inhibitor JYQ-88
要素Parkinson disease protein 7
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Deglycase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, methylglyoxal removal / : / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate ...tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / peptidyl-cysteine deglycation / peptidyl-arginine deglycation / peptidyl-lysine deglycation / protein deglycation, methylglyoxal removal / : / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of pyrroline-5-carboxylate reductase activity / positive regulation of tyrosine 3-monooxygenase activity / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / positive regulation of L-dopa decarboxylase activity / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of ubiquitin-specific protease activity / protein deglycation, glyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / positive regulation of NAD(P)H oxidase activity / glycolate biosynthetic process / detoxification of mercury ion / protein deglycase / methylglyoxal metabolic process / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mercury ion binding / protein deglycase activity / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / lactate biosynthetic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cellular detoxification of aldehyde / positive regulation of superoxide dismutase activity / small protein activating enzyme binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / peroxiredoxin activity / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / detoxification of copper ion / negative regulation of protein acetylation / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of androgen receptor activity / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein deglycosylation / membrane hyperpolarization / negative regulation of protein sumoylation / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of androgen receptor signaling pathway / cupric ion binding / oxygen sensor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / insulin secretion / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / nuclear androgen receptor binding / dopamine uptake involved in synaptic transmission / hydrogen peroxide metabolic process / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / cuprous ion binding / membrane depolarization / single fertilization / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of protein ubiquitination / activation of protein kinase B activity / mitochondrion organization / adult locomotory behavior / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of protein binding / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / adherens junction / Late endosomal microautophagy / negative regulation of protein kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / mitochondrial intermembrane space / PML body / autophagy / kinase binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6SI / Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Kim, R.Q. / Jia, Y. / Sapmaz, A. / Geurink, P.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Chemical Toolkit for PARK7: Potent, Selective, and High-Throughput.
著者: Jia, Y. / Kim, R.Q. / Kooij, R. / Ovaa, H. / Sapmaz, A. / Geurink, P.P.
履歴
登録2021年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Parkinson disease protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4962
ポリマ－20,1281
非ポリマー3671
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.743, 66.743, 176.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Parkinson disease protein 7 / Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / ...Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / Protein/nucleic acid deglycase DJ-1


分子量: 20128.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, protein deglycase
#2: 化合物 ChemComp-6SI / (3~{S})-~{N}-[5-[2-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]ethanoyl]-6,7-dihydro-4~{H}-[1,3]thiazolo[5,4-c]pyridin-2-yl]-1-(iminomethyl)pyrrolidine-3-carboxamide


分子量: 367.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N8O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Ammonium sulfate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97996 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97996 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→58.93 Å / Num. obs: 44987 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 32.5 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2131 / CC1/2: 0.335 / Rpim(I) all: 1.416 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M8Z

6m8z


解像度: 1.42→57.802 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.186 / WRfactor Rwork: 0.148 / SU B: 5.37 / SU ML: 0.081 / Average fsc free: 0.9396 / Average fsc work: 0.9583 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 2289 5.104 %
Rwork0.1741 42559 -
all0.176 --
obs-44848 99.842 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.024 Å21.512 Å20 Å2
2--3.024 Å2-0 Å2
3----9.811 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→57.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 0 25 104 1504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0171440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9851.6381927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5811.6033328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4055188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.48123.39356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24815255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg12.155151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.535157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.21344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2620.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.130.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.722.956750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7172.955751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4134.438935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4124.436936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7783.479676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7813.481675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1874.972991
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1874.972991
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.66937.2261518
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.67237.021503
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.45832866
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.42-1.4570.3631800.36330040.36332320.8340.86898.51480.376
1.457-1.4970.3491440.30830080.3131600.8470.91499.74680.314
1.497-1.540.2971880.26928920.27130800.9360.9361000.264
1.54-1.5870.2541700.24328430.24330140.9410.95499.96680.228
1.587-1.6390.2581460.20927510.21128990.9550.9799.9310.193
1.639-1.6970.2311340.18426800.18628190.9640.97799.82260.168
1.697-1.7610.2721340.17426050.17927420.9540.97799.89060.158
1.761-1.8330.2441200.15925010.16326230.9660.9899.92380.147
1.833-1.9140.211370.15923970.16225360.9740.9899.92110.147
1.914-2.0070.1891160.16523200.16624360.9660.9791000.152
2.007-2.1160.2231070.16822010.1723080.9570.9671000.156
2.116-2.2440.241970.16821010.17121980.9240.9631000.156
2.244-2.3990.1871090.15219670.15420760.9590.9751000.142
2.399-2.5910.1741070.1418410.14219480.9660.9781000.13
2.591-2.8370.1751140.14516860.14718000.9680.9721000.135
2.837-3.1710.204820.16215700.16416520.9560.9651000.15
3.171-3.660.243780.17713930.1814710.9420.9651000.163
3.66-4.4780.156560.15512160.15512720.9780.9761000.121
4.478-6.3140.222410.1749740.17610150.9760.9811000.137
6.314-57.8020.211290.1956090.1966380.9630.9721000.146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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