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- PDB-7p9z: Crystal structure of a trapped Pab-AGOG/double-standed DNA covale... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p9z
タイトルCrystal structure of a trapped Pab-AGOG/double-standed DNA covalent intermediate (DNA containing adenine opposite to lesion)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(PED)*TP*TP*TP*CP*T)-3')
  • N-glycosylase/DNA lyase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / 8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1) / Pyrococcus abyssi / trapped double-stranded DNA intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / 塩基除去修復
類似検索 - 分子機能
N-glycosylase/DNA lyase-like / N-glycosylase/DNA lyase / N-glycosylase/DNA lyase / DNAグリコシラーゼ
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Coste, F. / Goffinont, S. / Flament, D. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing.
著者: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C.
履歴
登録2021年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-glycosylase/DNA lyase
B: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(PED)*TP*TP*TP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4464
ポリマ－33,3283
非ポリマー1181
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.848, 68.775, 68.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

HOH

21A-598-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase / 8-oxoguanine DNA glycosylase / AGOG / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 27982.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PYRAB10170, PAB1695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UZY0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(PED)*TP*TP*TP*CP*T)-3')


分子量: 2555.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2789.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MgCl2, Na acetate pH 5.0, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→68.42 Å / Num. obs: 66075 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.33→1.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3311 / CC1/2: 0.924

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OY7

7oy7


解像度: 1.33→45.99 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 3294 4.99 %
Rwork0.174 62748 -
obs0.1746 66042 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.74 Å2 / Biso mean: 29.2071 Å2 / Biso min: 14.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→45.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1932 354 8 317 2611
Biso mean--21.55 37.36 -
残基数----260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.33-1.340.28421510.260525832734100
1.34-1.360.28631310.246626262757100
1.36-1.390.25481140.240326042718100
1.39-1.410.2691240.23226592783100
1.41-1.430.2531480.215726112759100
1.43-1.460.21091570.208225932750100
1.46-1.490.22021580.201226082766100
1.49-1.520.2731350.199326092744100
1.52-1.550.21481230.192126332756100
1.55-1.590.20441290.195726582787100
1.59-1.630.20511470.190225952742100
1.63-1.670.24921350.193726202755100
1.67-1.720.21021260.200126682794100
1.72-1.770.22831210.201226152736100
1.77-1.840.19631130.194526472760100
1.84-1.910.18471610.188926002761100
1.91-20.22351280.187126522780100
2-2.10.18631540.181726252779100
2.1-2.240.19691770.174925622739100
2.24-2.410.16531340.164926522786100
2.41-2.650.17411250.173126362761100
2.65-3.030.17021360.175126582794100
3.03-3.820.16271580.14612633279199
3.82-45.990.17141090.15542401251088
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1261-0.9573-0.80356.0248-3.13346.1046-0.2286-0.14530.28720.43740.2389-0.4813-0.11290.324-0.04440.26430.0289-0.03810.3671-0.04640.240616.195617.840932.8583
26.9471-3.1792-4.09018.51584.95495.17320.11240.15550.67340.2210.0495-0.30320.24490.3219-0.11410.29720.0743-0.02680.58360.05950.36420.816815.469635.4256
31.6478-0.4918-0.37935.90470.72591.49970.0955-0.11990.22790.0012-0.1094-0.0533-0.09020.06930.00750.1058-0.0131-0.0060.13710.00020.13998.025126.75146.0175
41.8374-0.2531-0.2091.14560.28442.50740.0069-0.3148-0.20120.1194-0.05-0.00290.26060.04790.03520.1625-0.02770.00970.17630.04430.14666.41411.990217.867
51.32440.95270.09831.48210.4153.05130.1627-0.25220.12820.0839-0.0903-0.0299-0.15780.2736-0.06880.1513-0.00710.0060.1627-0.04090.20489.68834.047113.0919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 9 )B1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'I' and (resid 1 through 9 )I1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -2 through 36 )A-2 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 37 through 159 )A37 - 159
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 160 through 239 )A160 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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