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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oli | ||||||
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Title | Crystal structure of Pab-AGOG in complex with 8-oxoguanosine | ||||||
![]() | N-glycosylase/DNA lyase | ||||||
![]() | HYDROLASE / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Archaea / Pyrococcus abyssi | ||||||
Function / homology | ![]() oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coste, F. / Goffinont, S. / Flament, D. / Castaing, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing. Authors: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 215.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 172.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7olbSC ![]() 7ou3C ![]() 7oueC ![]() 7oy7C ![]() 7p0wC ![]() 7p8lC ![]() 7p9zC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27982.514 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: PYRAB10170, PAB1695 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9UZY0, Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: LiCl, tri-Na citrate, PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 4, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→48.19 Å / Num. obs: 65858 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 9640 / CC1/2: 0.837 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7OLB Resolution: 1.65→44.83 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.11 Å2 / Biso mean: 31.9071 Å2 / Biso min: 12.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→44.83 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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