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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p9o | ||||||
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タイトル | Structure of E.coli RlmJ in complex with a SAM analogue (CA) | ||||||
要素 | Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA MTases / methyltransferase / SAM analogue / m6A / RNA binding / SAM conjugate / RlmJ / conjugate analogue / RNA recognition / bisubstrate analogue | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase / 23S rRNA (adenine(2030)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / carbon utilization / rRNA base methylation / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å | ||||||
データ登録者 | Meynier, V. / Catala, M. / Oerum, S. / Barraud, P. / Tisne, C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 タイトル: Synthesis of RNA-cofactor conjugates and structural exploration of RNA recognition by an m6A RNA methyltransferase. 著者: Meynier, V. / Iannazzo, L. / Catala, M. / Oerum, S. / Braud, E. / Atdjian, C. / Barraud, P. / Fonvielle, M. / Tisne, C. / Etheve-Quelquejeu, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p9o.cif.gz | 116.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p9o.ent.gz | 91.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p9o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p9o_validation.pdf.gz | 754.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p9o_full_validation.pdf.gz | 775.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p9o_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p9o_validation.cif.gz | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7p8qC 7p9iC 6qdxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31989.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rlmJ, yhiR, b3499, JW3466 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P37634, 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-0Y0 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 28% (w/v) PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.095→43.651 Å / Num. obs: 15974 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Num. unique obs: 1224 / CC1/2: 0.966 / Rpim(I) all: 0.184 / Rrim(I) all: 0.479 / % possible all: 92.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QDX 解像度: 2.095→43.651 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.86 Å2 / Biso mean: 22.7084 Å2 / Biso min: 2.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.095→43.651 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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