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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p8l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pyrococcus abyssi 8-oxoguanine DNA glycosylase (PabAGOG) in complex with dsDNA containing cytosine opposite to 8-oxoG | ||||||
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![]() | HYDROLASE / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Pyrococcus abyssi / protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coste, F. / Flament, D. / Castaing, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing. 著者: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27981.463 Da / 分子数: 1 / 変異: K142Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PYRAB10170, PAB1695 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UZY0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase | ||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2718.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#3: DNA鎖 | 分子量: 2765.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na acetate pH 4.5, KCl, MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→46.17 Å / Num. obs: 83399 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 13.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 28.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 4101 / CC1/2: 0.958 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7OY7 解像度: 1.25→46.17 Å / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.8376 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→46.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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