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- PDB-7p8i: Receptor-binding domain (RBD) of the spike protein of the bat cor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p8i
タイトルReceptor-binding domain (RBD) of the spike protein of the bat coronavirus RaTG13 virus in complex with the extracellular domain of human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) - Crystal form 1
要素
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike glycoproteinスパイクタンパク質
キーワードCELL INVASION / COVID-19 Bat coronavirus Spillover Zoonotic viral infection Evolution / IMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / endocytosis involved in viral entry into host cell / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 繊毛 / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / 小胞体 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / アンジオテンシン変換酵素2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bat coronavirus RaTG13 (RaTG13)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Scietti, L. / Castelli, M. / Faravelli, S. / Clementi, N. / Mancini, N. / Forneris, F.
資金援助 米国, イタリア, 日本, ベルギー, スイス, 7件
組織認可番号国
The Giovanni Armenise-Harvard FoundationCDA2013 米国
Italian Association for Cancer ResearchMFAG 20075 イタリア
Mizutani Foundation for Glycoscience200039 日本
NATO Science for Peace and Security ProgramSPS.MYP G5701 ベルギー
Velux Stiftung1375 スイス
Italian Ministry of EducationPRIN 2017 2017RPHBCW_001 イタリア
Italian Ministry of EducationDepartment of Excellence 2018-2022 イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evidence of SARS-CoV-2 Direct Evolution in R. affinis Bats Driven by Affinity and Dynamics Optimization of the Spike Protein
著者: Castelli, M. / Scietti, L. / Faravelli, S. / Clementi, N. / Forneris, F. / Mancini, N.
履歴
登録2021年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: Spike glycoprotein
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
D: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,26115
ポリマ－191,5534
非ポリマー4,70711
水0
1
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
B: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3857
ポリマ－95,7772
非ポリマー2,6085
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
D: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8768
ポリマ－95,7772
非ポリマー2,0996
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.557, 131.214, 115.725
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 20 through 1091 or resid 1432 through 1434))
21(chain C and (resid 20 through 514 or (resid 515...
12(chain B and (resid 334 through 526 or resid 1343 through 1344))
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 20 through 1091 or resid 1432 through 1434))A20 - 1091
121(chain A and (resid 20 through 1091 or resid 1432 through 1434))A1432 - 1434
211(chain C and (resid 20 through 514 or (resid 515...C20 - 514
221(chain C and (resid 20 through 514 or (resid 515...C515
231(chain C and (resid 20 through 514 or (resid 515...C20 - 1548
241(chain C and (resid 20 through 514 or (resid 515...C20 - 1548
251(chain C and (resid 20 through 514 or (resid 515...C20 - 1548
261(chain C and (resid 20 through 514 or (resid 515...C20 - 1548
112(chain B and (resid 334 through 526 or resid 1343 through 1344))B334 - 526
122(chain B and (resid 334 through 526 or resid 1343 through 1344))B1343 - 1344
212chain DD334 - 1481

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 69511.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Initial GS and final AAA sequences were introduced by molecular cloning
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / プラスミド: pUPE.06.45 / 詳細 (発現宿主): N-term His-Strep-TEV / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / スパイクタンパク質 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 26265.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: cloning artifacts: GS sequence at the N-terminus and AA sequence at the C-terminus, + 6xHis-tag at the C-terminus
由来: (組換発現) Bat coronavirus RaTG13 (RaTG13) / プラスミド: pCAGGS / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A6B9WHD3
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG 6000, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.49→69.75 Å / Num. obs: 14753 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.278 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 4.49→5.02 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.178 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4138 / CC1/2: 0.378 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VW1

6vw1


解像度: 4.5→61.956 Å / SU ML: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2944 706 4.83 %
Rwork0.2777 13897 -
obs0.2785 14603 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 301.09 Å2 / Biso mean: 191.0775 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.5→61.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12791 0 310 0 13101
Biso mean--229.7 --
残基数----1579
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5581X-RAY DIFFRACTION8.907TORSIONAL
12C5581X-RAY DIFFRACTION8.907TORSIONAL
21B0X-RAY DIFFRACTION8.907TORSIONAL
22D0X-RAY DIFFRACTION8.907TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
4.5001-4.84740.41521240.34662775
4.8474-5.3350.35541390.33722761
5.335-6.10640.36291480.33312763
6.1064-7.69110.31511450.29932793
7.6911-61.9560.21911500.21482805
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.354-0.38420.31621.92510.3671.54840.1304-0.2088-0.17690.0569-0.21050.1348-0.1329-0.26090.01511.37-0.12710.27411.4716-0.17651.58014.7347-9.7144-7.9496
21.82170.4036-0.51142.5182-0.12722.0950.1446-0.2416-0.50830.78710.00140.08720.21160.1878-0.18161.3291-0.11530.20271.4495-0.10631.626143.8928-1.277518.6181
32.70050.22360.06772.78291.99381.9086-0.03260.1219-0.2288-0.48050.3218-0.2239-0.06160.3381-0.31521.49890.058-0.04921.6258-0.1511.493542.5275-36.946-52.4275
41.3531-0.05970.62361.19160.47681.1856-0.19890.0067-0.0107-0.41880.37120.1113-0.4245-0.6379-0.19192.1402-0.00350.03882.0707-0.25071.82963.3911-53.6157-74.8523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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