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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p82 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of apo form L147A/I351A variant of S-adenosylmethionine synthetase from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||
要素 | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.042 Å | ||||||
データ登録者 | Herrmann, E. / Peters, A. / Cornelissen, N.V. / Rentmeister, A. / Kuemmel, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022 タイトル: Visible-Light Removable Photocaging Groups Accepted by MjMAT Variant: Structural Basis and Compatibility with DNA and RNA Methyltransferases. 著者: Peters, A. / Herrmann, E. / Cornelissen, N.V. / Klocker, N. / Kummel, D. / Rentmeister, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p82.cif.gz | 314.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p82.ent.gz | 257.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p82_validation.pdf.gz | 442 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p82_full_validation.pdf.gz | 446.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p82_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p82_validation.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p82 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47401.336 Da / 分子数: 2 / 変異: L147A, I351A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: mat, MJ1208 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58605, methionine adenosyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 40% (v/v) PEG200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→47.96 Å / Num. obs: 59592 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 16.07 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 10.99 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.17 Å / 冗長度: 11.77 % / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 8708 / CC1/2: 0.882 / Rrim(I) all: 0.849 / % possible all: 90.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4L7I 解像度: 2.042→47.958 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.52 Å2 / Biso mean: 43.53 Å2 / Biso min: 19.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.042→47.958 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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