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- PDB-7p7f: Crystal structure of phosphorylated pT220 Casein Kinase I delta (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p7f
タイトルCrystal structure of phosphorylated pT220 Casein Kinase I delta (CK1d), conformation 1
要素Casein kinase I isoform delta
キーワードTRANSFERASE / casein kinase / CK1d / CSNK1D / conformation plasticity / alpha G / activation segment / phosphorylation. / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / tau-protein kinase / microtubule nucleation / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / tau-protein kinase / microtubule nucleation / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spindle assembly / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / spindle microtubule / circadian regulation of gene expression / cellular response to nerve growth factor stimulus / regulation of circadian rhythm / spindle / Wnt signaling pathway / endocytosis / : / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / actin cytoskeleton / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / ciliary basal body / cilium / protein phosphorylation / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Casein kinase I isoform delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Zhubi, R. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Kinase domain autophosphorylation rewires the activity and substrate specificity of CK1 enzymes.
著者: Cullati, S.N. / Chaikuad, A. / Chen, J.S. / Gebel, J. / Tesmer, L. / Zhubi, R. / Navarrete-Perea, J. / Guillen, R.X. / Gygi, S.P. / Hummer, G. / Dotsch, V. / Knapp, S. / Gould, K.L.
履歴
登録2021年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Casein kinase I isoform delta
B: Casein kinase I isoform delta
C: Casein kinase I isoform delta
D: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,29835
ポリマ－138,0194
非ポリマー3,27931
水11,512639
1
A: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2026
ポリマ－34,5051
非ポリマー6975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,51311
ポリマ－34,5051
非ポリマー1,00810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2468
ポリマ－34,5051
非ポリマー7427
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,33710
ポリマ－34,5051
非ポリマー8329
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.061, 81.813, 89.088
Angle α, β, γ (deg.)90.270, 105.950, 93.600
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA3 - 2945 - 296
21LEULEUBB3 - 2945 - 296
12ARGARGAA4 - 2946 - 296
22ARGARGCC4 - 2946 - 296
13ARGARGAA4 - 2946 - 296
23ARGARGDD4 - 2946 - 296
14ARGARGBB4 - 2946 - 296
24ARGARGCC4 - 2946 - 296
15ARGARGBB4 - 2946 - 296
25ARGARGDD4 - 2946 - 296
16ARGARGCC4 - 2946 - 296
26ARGARGDD4 - 2946 - 296

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Casein kinase I isoform delta / CKI-delta / CKId / Tau-protein kinase CSNK1D


分子量: 34504.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 670分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M sodium sulfate, and 0.1 M citrate, pH 5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→47.09 Å / Num. obs: 88717 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.96-2.033.80.413285680.9290.3040.59791.7
7.59-47.093.90.03216330.9960.0190.03799.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RU7

6ru7


解像度: 1.96→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 8.702 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.1887 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 4541 5.1 %RANDOM
Rwork0.1879 ---
obs0.1896 84176 92.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.25 Å2 / Biso mean: 42.477 Å2 / Biso min: 21.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20.68 Å2-0.53 Å2
2--3.37 Å20.39 Å2
3----2.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9434 0 203 639 10276
Biso mean--53.27 43.82 -
残基数----1154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0139911
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.6513325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3111.58221402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8251171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.88920.688552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.262151796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6891585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0210890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022277
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A99450.05
12B99450.05
21A93100.1
22C93100.1
31A93300.09
32D93300.09
41B92890.1
42C92890.1
51B93510.09
52D93510.09
61C96870.07
62D96870.07
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 361 -
Rwork0.263 6088 -
all-6449 -
obs--92.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67380.2237-0.38060.3104-0.83394.62640.1776-0.16790.06880.0967-0.04720.081-0.56040.2414-0.13050.1884-0.10270.06210.1763-0.02530.051129.919328.7175-39.12
20.51540.2132-0.28870.16710.1662.04330.05710.03720.0331-0.03820.11050.0057-0.25980.0875-0.16760.0913-0.02540.02320.23120.04090.024415.240918.8209-20.6128
30.7471-0.35410.16350.8114-0.52815.20030.09370.1826-0.0647-0.01560.02940.09150.6740.132-0.12310.16650.066-0.05020.1622-0.01620.033429.9887-29.477339.4286
40.5999-0.20650.1690.1680.02371.51470.0306-0.0533-0.04860.02250.07170.02120.15420.1136-0.10230.07550.0243-0.02090.22110.03470.019315.1392-19.593420.9149
51.0776-0.05630.09720.0244-0.03590.96850.03910.0745-0.0661-0.00540.01190.0046-0.052-0.1798-0.0510.03510.0092-0.00740.2240.04130.0158-4.987-15.9503-21.3786
60.3781-0.15280.11130.1168-0.00061.25830.0566-0.037-0.04070.01750.07660.02790.08030.0746-0.13320.0640.004-0.01310.18330.03550.02729.1554-20.7113-7.9774
71.09210.1515-0.0120.1239-0.04440.87080.0674-0.06610.0636-0.0086-0.01210.0110.0438-0.1416-0.05530.033-0.007700.23620.04440.0147-4.869315.196321.6628
80.35150.23330.0670.20510.02261.33330.0377-0.010.0393-0.02480.04530.0374-0.08030.0552-0.0830.0792-0.00010.01050.19890.03160.01789.305419.97878.2865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2A86 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4B86 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5C4 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6C177 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7D4 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8D177 - 294

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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