PDB-7p75: Re-engineered 2-deoxy-D-ribose-5-phosphate aldolase catalysing as...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p75

タイトル

Re-engineered 2-deoxy-D-ribose-5-phosphate aldolase catalysing asymmetric Michael addition reactions in substrate-free state

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / Protein engineering / directed evolution / DERA / aldolase / carboligase / Michael addition / carbon-carbon lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Thunnissen, A.M.W.H. / Rozeboom, H.J. / Kunzendorf, A. / Poelarends, G.J.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Unlocking Asymmetric Michael Additions in an Archetypical Class I Aldolase by Directed Evolution.
著者: Kunzendorf, A. / Xu, G. / van der Velde, J.J.H. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.W.H. / Poelarends, G.J.

履歴

登録	2021年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p75.cif.gz	364.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p75.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/7p75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/7p75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p76C 1p1xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7p76-9 3npu-2 3nr0-2 3npv-1 3npv-2 6z9i-2 6y4z-2 1jcj-2 6z9h-1 7dwg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Deoxyribose-phosphate aldolase

BBB: Deoxyribose-phosphate aldolase

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Deoxyribose-phosphate aldolase

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Deoxyribose-phosphate aldolase

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.634, 67.497, 73.657
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.045, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 2 - 250 / Label seq-ID: 2 - 250

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase 分子量: 28683.738 Da / 分子数: 2 変異: T18S D22G D24Y C47S F52S T142S K172L T197S P202V A203T V206A S239G 由来タイプ: 組換発現詳細: Engineered Escherichia coli DERA variant with 12 mutations 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain ATCC 8739 / DSM 1576 / NBRC 3972 / NCIMB 8545 / WDCM 00012 / Crooks) (大腸菌) 株: ATCC 8739 / DSM 1576 / NBRC 3972 / NCIMB 8545 / WDCM 00012 / Crooks 遺伝子: deoC, EcolC_3675 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1IS38, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase

分子量: 28683.738 Da / 分子数: 2
変異: T18S D22G D24Y C47S F52S T142S K172L T197S P202V A203T V206A S239G
由来タイプ: 組換発現
詳細: Engineered Escherichia coli DERA variant with 12 mutations
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain ATCC 8739 / DSM 1576 / NBRC 3972 / NCIMB 8545 / WDCM 00012 / Crooks) (大腸菌)
株: ATCC 8739 / DSM 1576 / NBRC 3972 / NCIMB 8545 / WDCM 00012 / Crooks
遺伝子: deoC, EcolC_3675 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1IS38, deoxyribose-phosphate aldolase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein was concentrated to 16 mg/ml in 10 mM potassium phosphate. Crystals grew from hanging-drop vapour diffusion experiments using 13% PEG 3350, 10% isopropanol and 0.1 M HEPES pH 7.5 as reservoir solution.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9655 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.229→47 Å / Num. obs: 128757 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
6.73-47	2.4	0.026	816	0.969	0.026	0.037	96.1
1.23-1.25	2.2	0.629	5862	0.539	0.617	0.882

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20210205	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.5	モデル構築
REFMAC	5.8.0267	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1P1X

1p1x

解像度: 1.23→47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.954 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1714	6430	4.996 %
R_work	0.1477	122274	-
all	0.149	-	-
obs	-	128704	96.803 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.444 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.342 Å²	-0 Å²	1.091 Å²
2-	-	-1.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3761	0	0	513	4274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.634	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.486	1.582	8799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.88	5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.728	22.229	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.039	15	688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.763	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	810
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.28	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.274	1.589	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.269	1.588	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.733	2.392	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.734	2.393	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.624	1.864	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.624	1.866	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.952	2.689	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.952	2.691	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.972	21.065	4522
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.502	20.121	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.014	3	7673
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.075	0.05	8171

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07517	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07517	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.23-1.261	0.29	407	0.272	8540	X-RAY DIFFRACTION	91.9149
1.261-1.295	0.272	463	0.251	8692	X-RAY DIFFRACTION	95.5936
1.295-1.333	0.253	441	0.236	8440	X-RAY DIFFRACTION	95.7107
1.333-1.374	0.227	459	0.218	8324	X-RAY DIFFRACTION	96.8464
1.374-1.419	0.22	401	0.197	8058	X-RAY DIFFRACTION	97.2187
1.419-1.469	0.208	439	0.171	7781	X-RAY DIFFRACTION	97.1172
1.469-1.524	0.183	430	0.153	7515	X-RAY DIFFRACTION	97.3652
1.524-1.586	0.162	367	0.141	7371	X-RAY DIFFRACTION	97.6034
1.586-1.657	0.17	385	0.125	6943	X-RAY DIFFRACTION	97.4727
1.657-1.737	0.167	335	0.126	6677	X-RAY DIFFRACTION	97.0385
1.737-1.831	0.167	338	0.118	6346	X-RAY DIFFRACTION	97.236
1.831-1.942	0.17	312	0.121	6059	X-RAY DIFFRACTION	97.8047
1.942-2.076	0.142	292	0.114	5706	X-RAY DIFFRACTION	98.4893
2.076-2.243	0.146	295	0.112	5311	X-RAY DIFFRACTION	98.3164
2.243-2.456	0.166	256	0.122	4876	X-RAY DIFFRACTION	97.9763
2.456-2.746	0.145	246	0.131	4423	X-RAY DIFFRACTION	97.9031
2.746-3.17	0.135	212	0.143	3864	X-RAY DIFFRACTION	96.9553
3.17-3.881	0.149	172	0.145	3312	X-RAY DIFFRACTION	97.7279
3.881-5.48	0.19	125	0.153	2578	X-RAY DIFFRACTION	97.6165
5.48-47	0.184	55	0.192	1458	X-RAY DIFFRACTION	96.2468

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関連情報:EMDBヘッダ

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