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- PDB-7p5u: Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p5u
タイトルNeuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide
要素
  • MGC0122
  • Neuropilin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neuropilin / VEGFB / Complex / peptide-lipidation
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / dorsal root ganglion morphogenesis ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / neurofilament / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / renal artery morphogenesis / postsynapse organization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / axonogenesis involved in innervation / CHL1 interactions / vascular endothelial growth factor receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / semaphorin receptor complex / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / coronary artery morphogenesis / substrate-dependent cell migration, cell extension / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling / commissural neuron axon guidance / axonal fasciculation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of Cdc42 protein signal transduction / motor neuron axon guidance / sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching involved in blood vessel morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / cytokine binding / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / Signal transduction by L1 / axon guidance / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / animal organ morphogenesis / mitochondrial membrane / neuron migration / response to wounding / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell signaling / heparin binding / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Attachment and Entry / early endosome / receptor complex / neuron projection
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Fotinou, C. / Rhana, R. / Yelland, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart FoundationPG/10/52/28448 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Neuropilin-b1 in a complex with a VEGFB-derived peptide
著者: Fotinou, C. / Rhana, R. / Yelland, T.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Neuropilin-1
BBB: Neuropilin-1
CCC: MGC0122
EEE: MGC0122


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9224
ポリマ－38,9224
非ポリマー00
水3,369187
1
AAA: Neuropilin-1
CCC: MGC0122


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
  • 19.5 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4612
ポリマ－19,4612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
2
BBB: Neuropilin-1
EEE: MGC0122


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
  • 19.5 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4612
ポリマ－19,4612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area590 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.496, 74.350, 91.426
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 275 - 426 / Label seq-ID: 6 - 157

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 17917.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First five residues of this chain are not visible in the electron density maps
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14786
#2: タンパク質・ペプチド MGC0122


分子量: 1543.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Only the last three C-terminal residues of the peptide are visible in the electron density maps. Other residues are disordered.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10 to 30% PEG 3350 + 0.2 M ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→57.684 Å / Num. obs: 50849 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Num. unique obs: 4924 / CC1/2: 0.73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KEX

1kex


解像度: 1.6→57.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.292 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2139 2189 4.963 %
Rwork0.1882 41919 -
all0.189 --
obs-44108 99.36 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.547 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.034 Å20 Å2-0 Å2
2---0.029 Å20 Å2
3----0.004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→57.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2536 0 0 187 2723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132657
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9441.6573617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.511.5835758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9035331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35622.19137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11815465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.081517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.22331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21364
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2110.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2770.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2070.214
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1740.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8621.5931282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8611.5931281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7992.3811600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7992.3821601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7781.9251375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7781.9241375
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2192.7612008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2192.7612008
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.5818.6172914
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.57918.6152915
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1190.054945
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.119170.05008
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.119170.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.6-1.6420.2861690.29129610.2932250.8540.84597.05430.263
1.642-1.6860.3071660.27529520.27631580.8490.86698.73340.244
1.686-1.7350.2681530.23829050.23930930.8850.89798.86840.206
1.735-1.7890.2371530.21427840.21529630.9210.92599.12250.183
1.789-1.8470.2561510.20127280.20429010.9020.92899.24160.172
1.847-1.9120.2091300.18626410.18727900.9360.94299.3190.157
1.912-1.9840.2311270.18725590.18926950.9340.94599.6660.16
1.984-2.0650.2191350.17724790.17926250.940.95199.58090.157
2.065-2.1570.21200.17923830.1825140.9550.95499.56240.156
2.157-2.2620.2291120.17322740.17623950.9380.95499.62420.152
2.262-2.3840.204990.17121840.17322860.9520.95799.86880.152
2.384-2.5280.1921120.17320730.17421870.9530.95299.90850.152
2.528-2.7030.221090.17219350.17420450.9440.95699.95110.153
2.703-2.9190.184750.17918170.1818930.9430.9599.94720.163
2.919-3.1960.206730.19317070.19317800.9510.9511000.177
3.196-3.5720.22930.19215230.19416160.9480.9551000.181
3.572-4.1220.181750.16913620.1714370.9660.9671000.164
4.122-5.0420.186670.15811520.15912190.970.9771000.155
5.042-7.1040.206430.1929380.1939810.9670.9661000.182
7.104-57.6840.225270.245620.2395890.9530.9441000.226
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.061 Å / Origin y: 12.294 Å / Origin z: 26.195 Å
111213212223313233
T0.0297 Å2-0.0008 Å2-0.0095 Å2-0.0253 Å2-0.0034 Å2--0.0226 Å2
L1.0804 °20.341 °20.4175 °2-0.6283 °20.2384 °2--0.9499 °2
S-0.0542 Å °-0.0663 Å °-0.0814 Å °0.0443 Å °0.0333 Å °-0.0598 Å °-0.1314 Å °0.0509 Å °0.0209 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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