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- PDB-7p4t: Tetrameric structure of murine SapA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p4t
タイトルTetrameric structure of murine SapA
要素Saposin-A
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Saposin / disulfide / lipid transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


corneocyte development / membrane lipid metabolic process / glycolipid metabolic process / glucosylceramide metabolic process / inclusion body assembly / cornified envelope assembly / walking behavior / lipid antigen binding / Glycosphingolipid catabolism / galactosylceramide catabolic process ...corneocyte development / membrane lipid metabolic process / glycolipid metabolic process / glucosylceramide metabolic process / inclusion body assembly / cornified envelope assembly / walking behavior / lipid antigen binding / Glycosphingolipid catabolism / galactosylceramide catabolic process / Peptide ligand-binding receptors / cerebellar Purkinje cell differentiation / micturition / lysosomal protein catabolic process / ceramide metabolic process / G alpha (i) signalling events / NK T cell differentiation / Platelet degranulation / sphingolipid metabolic process / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / nervous system process / aggresome / lysosomal transport / cochlea development / antigen processing and presentation / regulation of MAPK cascade / neuromuscular process controlling balance / regulation of lipid metabolic process / protein secretion / developmental growth / myelination / Neutrophil degranulation / cellular response to reactive oxygen species / intracellular protein transport / sensory perception of sound / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / late endosome / protease binding / gene expression / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Saposin, chordata / Saposin A-type domain / Saposin / : / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 ...Saposin, chordata / Saposin A-type domain / Saposin / : / Saposin A-type domain / Saposin A-type domain profile. / Saposin/surfactant protein-B A-type DOMAIN / Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin (B) Domains / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Shamin, M. / Deane, J.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Contact / 年: 2021
タイトル: A Tetrameric Assembly of Saposin A: Increasing Structural Diversity in Lipid Transfer Proteins.
著者: Shamin, M. / Spratley, S.J. / Graham, S.C. / Deane, J.E.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Saposin-A
B: Saposin-A
C: Saposin-A
D: Saposin-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4944
ポリマ－36,4944
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.489, 48.489, 314.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Saposin-A


分子量: 9123.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Psap, Sgp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61207
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 23.25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→52.4 Å / Num. obs: 5576 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3.17→3.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 372 / Rpim(I) all: 0.585

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ収集
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DDJ

4ddj


解像度: 3.17→52.4 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 --
Rwork0.272 --
obs-5571 79.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 113.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→52.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 0 0 2432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00342464
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77363344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0458408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.68671564

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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