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- PDB-7p4r: Ultra High Resolution X-ray Structure of Orthorhombic Bovine Panc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p4r
タイトルUltra High Resolution X-ray Structure of Orthorhombic Bovine Pancreatic Ribonuclease at 100K
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Nucleic acid / RNA / multiple conformations / water structure
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Lisgarten, D.R. / Palmer, R.A. / Cooper, J.B. / Naylor, C.E. / Howlin, B.J. / Lisgarten, J.N. / Najmudin, S. / Lobley, C.M.C.
引用
ジャーナル: BMC Chem / 年: 2023
タイトル: Ultra-high resolution X-ray structure of orthorhombic bovine pancreatic Ribonuclease A at 100K.
著者: Lisgarten, D.R. / Palmer, R.A. / Cooper, J.B. / Naylor, C.E. / Talbert, R.C. / Howlin, B.J. / Lisgarten, J.N. / Konc, J. / Najmudin, S. / Lobley, C.M.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr A / 年: 1989
タイトル: Segmented anisotropic refinement of bovine ribonuclease A by the application of the rigid-body TLS model.
著者: Howlin, B. / Moss, D.S. / Harris, G.W.
履歴
登録2021年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年8月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id ..._atom_site.label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,88819
ポリマ－13,7081
非ポリマー1,17918
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area7790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.998, 45.697, 51.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 変異: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: RNASE1, RNS1 / 器官: Pancreas / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.3 %
解説: The Ribonuclease A crystals were long needles of the order of 0.5 mm long by about 0.05 mm by 0.05 mm.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 100mg of powdered Ribonuclease A in 1ml of distilled water dissolved in 2ml of ice cold absolute ethanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.77 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→51.89 Å / Num. obs: 87934 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 0.85→0.86 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2925 / Rpim(I) all: 0.55 / Rrim(I) all: 0.893 / % possible all: 65.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rn3

3rn3


解像度: 0.85→34.294 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / WRfactor Rfree: 0.122 / WRfactor Rwork: 0.106 / SU B: 0.399 / SU ML: 0.011 / Average fsc free: 0.9674 / Average fsc work: 0.9705 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.016 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1291 4279 5.014 %
Rwork0.1123 81067 -
all0.113 --
obs-85346 92.225 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 7.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.173 Å2-0 Å20 Å2
2--0.379 Å2-0 Å2
3----0.551 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.85→34.294 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 68 293 1312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0131229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4741.6661688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.681.6112766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5035178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72224.51662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53715236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.337155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2220.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1070.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3310.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.3010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3830.249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3440.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3520.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9260.405565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9220.405564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2550.619718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2540.619719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5820.594664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.450.577637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7260.816941
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3480.774900
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.4229.8291585
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.2516.6331427
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.28432414
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
0.85-0.8720.2831920.27339500.27367690.8240.85861.19070.243
0.872-0.8960.2382680.23148660.23166230.9130.91177.51770.202
0.896-0.9220.1772640.18353770.18364140.9530.94887.94820.156
0.922-0.950.1752700.15654460.15762010.9550.96192.17870.129
0.95-0.9810.153000.13653610.13760610.9650.96993.40040.114
0.981-1.0160.1282860.11652490.11758670.9740.97894.34120.098
1.016-1.0540.1132500.09950980.156280.9820.98495.02490.083
1.054-1.0970.12820.08749780.08754760.9850.98896.05550.074
1.097-1.1460.0992440.0848190.08152140.9870.9997.1040.069
1.146-1.2020.0872560.07446520.07550290.990.99297.5940.065
1.202-1.2670.0932400.07844530.07947830.990.99198.11830.07
1.267-1.3430.0982320.08342130.08445200.9880.98998.34070.076
1.343-1.4360.1062130.08240030.08342710.9850.98998.71220.076
1.436-1.5510.1052110.08437240.08539690.9860.98999.14340.08
1.551-1.6980.1091870.0934610.09136760.9860.98899.23830.089
1.698-1.8980.1211570.09731650.09833410.9830.98699.43130.1
1.898-2.1910.1251690.10128080.10229850.9820.98599.7320.108
2.191-2.6810.1411150.11424070.11525250.9770.98399.88120.126
2.681-3.7790.138880.13119120.13120070.980.9899.65120.155
3.779-34.2940.207550.16211250.16411820.9690.97499.83080.232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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