PDB-7p4a: Non-canonical Staphylococcus aureus pathogenicity island repression.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p4a

タイトル

Non-canonical Staphylococcus aureus pathogenicity island repression.

要素

Sri
Stl

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Mobile Genetic Element / Repressor / SaPI / HTH domain

機能・相同性

Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Uncharacterized protein / Orf22

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.901 Å

データ登録者

Miguel-Romero, L. / Alqasmi, M. / Bacarizo, J. / Tan, J.A. / Cogdell, R.J. / Chen, J. / Byron, O. / Christie, G.E. / Marina, A. / Penades, J.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Non-canonical Staphylococcus aureus pathogenicity island repression.
著者: Miguel-Romero, L. / Alqasmi, M. / Bacarizo, J. / Tan, J.A. / Cogdell, R.J. / Chen, J. / Byron, O. / Christie, G.E. / Marina, A. / Penades, J.R.

履歴

登録	2021年7月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p4a.cif.gz	211.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p4a.ent.gz	171 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p4a_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p4a_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	7p4a_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	7p4a_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zviC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Stl

E: Sri

B: Stl

D: Sri

72.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Stl

E: Sri

B: Stl

D: Sri

A: Stl

E: Sri

B: Stl

D: Sri

登録者が定義した集合体
144 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.211, 100.211, 298.688
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Stl 分子量: 29751.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pPROEX-Hta / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O54475
#2: タンパク質	Sri 分子量: 6279.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: E4U00_01835, G6X37_04850, G6Y24_00280, GO782_16265, GO810_08430, SAMEA103891454_02805 プラスミド: pPROEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A659I9D5
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.4M Ammonium phosphate, 25% PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→86.76 Å / Num. obs: 20492 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.846 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / R_merge(I) obs: 0.049 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3215 / CC_1/2: 0.951

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
Coot		モデル構築
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.901→83.478 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / WR_factor R_free: 0.338 / WR_factor R_work: 0.295 / SU B: 24.585 / SU ML: 0.467 / Average fsc free: 0.7994 / Average fsc work: 0.8208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.13 / ESU R Free: 0.472 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3428	1063	5.19 %	RANDOM
R_work	0.2985	19419	-	-
all	0.301	-	-	-
obs	-	20482	99.432 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 94.994 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.692 Å²	1.346 Å²	0 Å²
2-	-	2.692 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.732 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.901→83.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4204	0	0	8	4212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.65	5758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.199	1.595	9192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.061	5	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.665	25.046	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.708	15	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.081	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	3605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.758	10.365	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.758	10.361	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.003	15.518	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12	15.523	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.852	10.501	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.853	10.492	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.059	15.571	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.06	15.571	3183
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.051	118.661	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.051	118.593	4786

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.901-2.976	0.392	87	0.37	1384	X-RAY DIFFRACTION	99.2578
2.976-3.057	0.376	67	0.332	1366	X-RAY DIFFRACTION	99.3759
3.057-3.146	0.408	66	0.339	1339	X-RAY DIFFRACTION	99.3635
3.146-3.243	0.388	56	0.318	1304	X-RAY DIFFRACTION	99.5608
3.243-3.349	0.357	72	0.3	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.3994
3.349-3.466	0.399	75	0.314	1200	X-RAY DIFFRACTION	99.5316
3.466-3.597	0.346	63	0.326	1176	X-RAY DIFFRACTION	99.5981
3.597-3.743	0.388	57	0.301	1128	X-RAY DIFFRACTION	99.6636
3.743-3.91	0.34	63	0.293	1094	X-RAY DIFFRACTION	99.7414
3.91-4.1	0.314	63	0.274	1035	X-RAY DIFFRACTION	99.637
4.1-4.321	0.421	56	0.266	1009	X-RAY DIFFRACTION	99.5327
4.321-4.583	0.266	53	0.275	955	X-RAY DIFFRACTION	99.4083
4.583-4.898	0.25	54	0.249	878	X-RAY DIFFRACTION	99.5726
4.898-5.289	0.303	48	0.272	852	X-RAY DIFFRACTION	99.3378
5.289-5.792	0.402	41	0.363	788	X-RAY DIFFRACTION	99.5198
5.792-6.472	0.404	38	0.361	715	X-RAY DIFFRACTION	99.6032
6.472-7.466	0.457	29	0.331	648	X-RAY DIFFRACTION	99.1215
7.466-9.127	0.378	27	0.253	567	X-RAY DIFFRACTION	99
9.127-12.837	0.234	30	0.214	446	X-RAY DIFFRACTION	98.9605
12.837-83.478	0.422	18	0.456	283	X-RAY DIFFRACTION	97.7273

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関連情報:EMDBヘッダ

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