PDB-7zvi: Non-canonical Staphylococcus aureus pathogenicity island repression

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zvi

タイトル

Non-canonical Staphylococcus aureus pathogenicity island repression

要素

Orf22
Sri

キーワード

GENE REGULATION / Mobile Genetic Element / Repressor / SaPI / HTH domain / DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Staphylococcus phage 80alpha (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.973 Å

データ登録者

Miguel-Romero, L. / Alqasmi, M. / Bacarizo, J. / Marina, A. / Penades, J.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Non-canonical Staphylococcus aureus pathogenicity island repression.
著者: Miguel-Romero, L. / Alqasmi, M. / Bacarizo, J. / Tan, J.A. / Cogdell, R.J. / Chen, J. / Byron, O. / Christie, G.E. / Marina, A. / Penades, J.R.

履歴

登録	2022年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zvi.cif.gz	130.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zvi.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p4aSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Orf22

E: Sri

36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Orf22

E: Sri

A: Orf22

E: Sri

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
72.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.218, 88.218, 110.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Orf22 分子量: 29533.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pPROEX Hta / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O54475
#2: タンパク質	Sri 分子量: 6657.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage 80alpha (ファージ) プラスミド: pPROEX-Hta / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4ZF88
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 22 % PEG350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 288 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.915 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.973→62.919 Å / Num. obs: 8900 / % possible obs: 83.7 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.973→3.167 Å / Num. unique obs: 794 / CC_1/2: 0.487

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
AutoProcess		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7P4A

7p4a

解像度: 2.973→62.919 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / WR_factor R_free: 0.285 / WR_factor R_work: 0.231 / SU B: 23.428 / SU ML: 0.418 / Average fsc free: 0.858 / Average fsc work: 0.8748 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.507 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	415	4.663 %
R_work	0.2488	8485	-
all	0.251	-	-
obs	-	8900	83.623 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.022 Å²	0.011 Å²	0 Å²
2-	-	0.022 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.072 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.973→62.919 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2424	0	0	2	2426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.154	1.646	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.036	1.59	5473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.308	5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.623	25.111	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.361	15	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.276	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.037	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.726	10.291	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.702	10.286	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.654	15.417	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.656	15.425	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.225	10.52	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.224	10.525	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.98	15.681	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.979	15.686	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.689	118.267	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.688	118.27	2841

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.973-3.05	0.545	7	0.359	99	X-RAY DIFFRACTION	13.6247
3.05-3.133	0.467	11	0.324	205	X-RAY DIFFRACTION	29.1892
3.133-3.224	0.281	18	0.352	346	X-RAY DIFFRACTION	49.5913
3.224-3.323	0.346	26	0.346	522	X-RAY DIFFRACTION	77.7305
3.323-3.432	0.358	35	0.303	643	X-RAY DIFFRACTION	97.4138
3.432-3.552	0.255	28	0.289	646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.552-3.686	0.317	35	0.266	610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.686-3.836	0.284	20	0.269	611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.836-4.006	0.207	25	0.262	568	X-RAY DIFFRACTION	100
4.006-4.201	0.437	19	0.247	552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.201-4.428	0.26	24	0.238	526	X-RAY DIFFRACTION	100
4.428-4.695	0.28	28	0.214	489	X-RAY DIFFRACTION	100
4.695-5.018	0.288	23	0.225	462	X-RAY DIFFRACTION	100
5.018-5.418	0.18	20	0.235	445	X-RAY DIFFRACTION	100
5.418-5.932	0.424	28	0.251	399	X-RAY DIFFRACTION	100
5.932-6.627	0.291	21	0.261	366	X-RAY DIFFRACTION	100
6.627-7.643	0.302	18	0.272	330	X-RAY DIFFRACTION	100
7.643-9.338	0.273	13	0.216	287	X-RAY DIFFRACTION	100
9.338-13.108	0.223	12	0.17	232	X-RAY DIFFRACTION	100
13.108-62.919	0.379	4	0.28	147	X-RAY DIFFRACTION	98.6928

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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