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- PDB-7p3y: Homology model of the full-length AP-3 complex in an intermediate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p3y
タイトルHomology model of the full-length AP-3 complex in an intermediate open conformation
要素
  • AP complex subunit sigma
  • AP-3 complex subunit delta
  • AP-3 complex subunit mu
  • Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / adaptor protein / vesicle transport / AP-3 / homology model
機能・相同性
機能・相同性情報


AP-3 adaptor complex / clathrin adaptor complex / Golgi to vacuole transport / protein targeting to vacuole / membrane coat / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis / cytoplasmic vesicle / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
AP-3 complex subunit beta / Adaptor protein complex AP-3, delta subunit / Adaptor protein complex, sigma subunit / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. ...AP-3 complex subunit beta / Adaptor protein complex AP-3, delta subunit / Adaptor protein complex, sigma subunit / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Longin-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AP complex subunit sigma / Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1 / AP-3 complex subunit delta / AP-3 complex subunit mu
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.1 Å
データ登録者Schubert, E. / Raunser, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)RA1781/2-4 ドイツ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2021
タイトル: Flexible open conformation of the AP-3 complex explains its role in cargo recruitment at the Golgi.
著者: Jannis Schoppe / Evelyn Schubert / Amir Apelbaum / Erdal Yavavli / Oliver Birkholz / Heike Stephanowitz / Yaping Han / Angela Perz / Oliver Hofnagel / Fan Liu / Jacob Piehler / Stefan Raunser ...著者: Jannis Schoppe / Evelyn Schubert / Amir Apelbaum / Erdal Yavavli / Oliver Birkholz / Heike Stephanowitz / Yaping Han / Angela Perz / Oliver Hofnagel / Fan Liu / Jacob Piehler / Stefan Raunser / Christian Ungermann /
要旨: Vesicle formation at endomembranes requires the selective concentration of cargo by coat proteins. Conserved adapter protein complexes at the Golgi (AP-3), the endosome (AP-1), or the plasma membrane ...Vesicle formation at endomembranes requires the selective concentration of cargo by coat proteins. Conserved adapter protein complexes at the Golgi (AP-3), the endosome (AP-1), or the plasma membrane (AP-2) with their conserved core domain and flexible ear domains mediate this function. These complexes also rely on the small GTPase Arf1 and/or specific phosphoinositides for membrane binding. The structural details that influence these processes, however, are still poorly understood. Here we present cryo-EM structures of the full-length stable 300 kDa yeast AP-3 complex. The structures reveal that AP-3 adopts an open conformation in solution, comparable to the membrane-bound conformations of AP-1 or AP-2. This open conformation appears to be far more flexible than AP-1 or AP-2, resulting in compact, intermediate, and stretched subconformations. Mass spectrometrical analysis of the cross-linked AP-3 complex further indicates that the ear domains are flexibly attached to the surface of the complex. Using biochemical reconstitution assays, we also show that efficient AP-3 recruitment to the membrane depends primarily on cargo binding. Once bound to cargo, AP-3 clustered and immobilized cargo molecules, as revealed by single-molecule imaging on polymer-supported membranes. We conclude that its flexible open state may enable AP-3 to bind and collect cargo at the Golgi and could thus allow coordinated vesicle formation at the trans-Golgi upon Arf1 activation.
履歴
登録2021年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.32021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13188
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-3 complex subunit delta
B: Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1
M: AP-3 complex subunit mu
S: AP complex subunit sigma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,4664
ポリマ－279,4664
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area75510 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 AP-3 complex subunit delta


分子量: 110903.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS5975 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: A0A7I9C4X2
#2: タンパク質 Y55_G0035830.mRNA.1.CDS.1


分子量: 91712.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS2762 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: A0A7I9BYB9
#3: タンパク質 AP-3 complex subunit mu / AP-3 adaptor complex mu3A subunit / Adaptor-related protein complex 3 subunit mu / Mu-adaptin 3A / Mu3-adaptin


分子量: 54899.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: APM3, YKS6, YBR288C, YBR2035 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38153
#4: タンパク質 AP complex subunit sigma


分子量: 21951.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3239, PACBIOSEQ_LOCUS3310, SCNYR20_0009016500, SCP684_0009016000
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: A0A6L1B7P9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Full-length AP-3 complex from Saccharomyces cerevisiae
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Hepes pH 7.4 150 mM NaCl 1.5 mM MgCl2
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: The sample was blotted using a 2.5 s blotting time and 0 blotting force with 100% humidity at 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 81 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLOv1.2.2粒子像選択
4SPHIRE1.3CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティングRigid body Fitting (FitToMap)
8iMODFITv1.51モデルフィッティングFlexible fitting of homology models
11SPHIRE1.3初期オイラー角割当
12SPHIRE1.3最終オイラー角割当MERIDIEN
14SPHIRE1.3３次元再構成MERIDIEN
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 958892
3次元再構成解像度: 10.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 19300 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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