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- PDB-7p3l: Isopenicillin N synthase in complex with Fe and the substrate ana... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p3l
タイトルIsopenicillin N synthase in complex with Fe and the substrate analogue AadCyshomoCys
要素Isopenicillin N synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / substrate analogues
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / : / D-homocysteine / 2-AMINOHEXANEDIOIC ACID / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Rabe, P. / Clifton, I. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)106244/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust210734/Z/18/Z 英国
Royal SocietyRSWF/R2/182017 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Isopenicillin N synthase in complex with Fe and the substrate analogue AadCyshomoCys
著者: Rabe, P. / Clifton, I. / Schofield, C.J.
履歴
登録2021年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopenicillin N synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,51010
ポリマ－37,5641
非ポリマー9469
水7,728429
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.980, 71.420, 101.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isopenicillin N synthase / IPNS


分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans FGSC A4 (カビ) / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

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非ポリマー , 7種, 438分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-UN1 / 2-AMINOHEXANEDIOIC ACID / L-α-アミノアジピン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 161.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-KCY / D-homocysteine / D-ホモシステイン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 % / 解説: plate, 250 um length
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.8 M Li2SO4, 0.1 M TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→58.33 Å / Num. obs: 80679 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.32-1.3412.82.355262840980.5070.6722.4461.299.8
7.11-58.3310.80.04166376150.9990.0120.0434099.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BLZ

1blz


解像度: 1.32→58.33 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1732 1999 2.48 %
Rwork0.1513 78587 -
obs0.1519 80586 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.66 Å2 / Biso mean: 19.9576 Å2 / Biso min: 8.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→58.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2627 0 87 435 3149
Biso mean--39.07 30.06 -
残基数----329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.32-1.350.31021400.304855345674
1.35-1.390.27561420.282255565698
1.39-1.430.28291410.265855305671
1.43-1.480.28361420.236455725714
1.48-1.530.25331410.207455465687
1.53-1.590.19071410.176455655706
1.59-1.660.19851430.155355845727
1.66-1.750.18041410.145955695710
1.75-1.860.19241430.141956015744
1.86-20.1621420.131656005742
2-2.210.16681440.121256335777
2.21-2.520.14461430.124856565799
2.53-3.180.16011460.138957125858
3.18-58.330.13711500.134559296079
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2457-0.5973-1.21742.4420.85893.4908-0.06320.1930.0279-0.0925-0.00890.0128-0.0146-0.2860.09070.1154-0.0025-0.03660.14450.00720.07754.978733.446-17.7598
20.98260.25550.30412.0258-0.77612.8653-0.0045-0.0124-0.05040.01070.04390.08540.1645-0.137-0.06760.0827-0.00290.00970.1295-0.00910.12324.301525.4849-0.0471
30.9304-0.3773-1.38180.67560.99032.86480.0031-0.16510.05570.05940.0334-0.04840.00560.1329-0.04410.11070.0063-0.01760.12060.00150.105217.090231.67215.4729
44.41463.0053-1.25693.8534-0.63031.46030.1109-0.24990.01930.2139-0.0899-0.03250.10890.18760.00170.12490.0239-0.02610.1491-0.01130.095723.732225.981610.8912
50.655-0.1620.28591.1725-1.06722.664-0.02820.10210.0017-0.1189-0.0008-0.04270.08320.11260.04150.09660.00840.00460.1064-0.00470.097318.699528.9962-8.588
60.79340.0788-0.27941.9427-0.58331.79170.0339-0.07730.1510.22990.02430.187-0.2297-0.1715-0.06690.11380.0135-0.00420.1231-0.02340.11180.281640.927810.8888
71.96680.0478-0.58641.04470.34031.46270.05670.10370.143-0.1059-0.04940.076-0.1542-0.1526-0.01650.11980.0231-0.01870.11290.00920.0995.76339.9185-5.4538
80.5401-0.0677-0.76560.7923-0.10881.6052-0.0003-0.00260.00840.0134-0.01890.1183-0.0046-0.09930.02150.0967-0.0052-0.01210.1187-0.01540.11752.330335.8595.0002
91.8181-0.2541.18944.1585-2.7977.01780.020.32550.344-0.2236-0.0959-0.1404-0.64090.33640.09460.2041-0.01150.04390.18380.02660.178923.130246.7582-13.629
104.9998-3.0155-5.55792.75233.20239.40490.0884-0.3280.34590.05730.1281-0.1996-0.24690.3172-0.26630.1848-0.0244-0.02590.1358-0.010.179817.917344.6745.4692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 37 )A3 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 64 )A38 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 114 )A65 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 115 through 137 )A115 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 138 through 182 )A138 - 182
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 214 )A183 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 215 through 269 )A215 - 269
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 270 through 286 )A270 - 286
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 287 through 312 )A287 - 312
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 313 through 331 )A313 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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