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万見
- PDB-7p3i: Crystal structure of human CD40/TNFRSF5 in complex with the anti-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p3i
タイトルCrystal structure of human CD40/TNFRSF5 in complex with the anti-CD40 DARPin protein
要素
  • Darpin
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
キーワードUNKNOWN FUNCTION / TNFRSF5 / immune-oncology / CD40
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin ...cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin / positive regulation of protein kinase C signaling / defense response to protozoan / B cell activation / B cell proliferation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / platelet activation / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protein-containing complex assembly / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Malvezzi, F. / Mangold, S. / Hospodarsch, T. / Reichen, C. / Iss, C. / Lammens, A. / Krapp, S. / Domke, C.
引用ジャーナル: Cancer Immunol Res / 年: 2022
タイトル: A Multispecific Anti-CD40 DARPin Construct Induces Tumor-Selective CD40 Activation and Tumor Regression.
著者: Rigamonti, N. / Veitonmaki, N. / Domke, C. / Barsin, S. / Jetzer, S. / Abdelmotaleb, O. / Bessey, R. / Lekishvili, T. / Malvezzi, F. / Gachechiladze, M. / Behe, M. / Levitsky, V. / Trail, P.A.
履歴
登録2021年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
B: Darpin
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
D: Darpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8406
ポリマ－72,7944
非ポリマー462
水3,747208
1
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
B: Darpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4203
ポリマ－36,3972
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
D: Darpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4203
ポリマ－36,3972
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)193.670, 59.564, 81.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAPROPROAA25 - 1885 - 168
21ALAALAPROPROCC25 - 1885 - 168
12ASPASPLYSLYSBB13 - 1673 - 157
22ASPASPLYSLYSDD13 - 1673 - 157

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40


分子量: 19654.049 Da / 分子数: 2 / 断片: >FRAGMENT< / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P25942
#2: タンパク質 Darpin


分子量: 16742.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 29.9999 %w/v PEG 4K, 0.24 M LiSO4, 0.0999 M TRIS, 0.35 M NaBr

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999812 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.286→92.61 Å / Num. obs: 39800 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.286→2.326 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.149 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 8538 / Rsym value: 1.149 / % possible all: 97.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: none

解像度: 2.29→92.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 15.274 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2525 1962 4.9 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.2216 37835 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 192.81 Å2 / Biso mean: 74.955 Å2 / Biso min: 29.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å20 Å20.33 Å2
2---2.33 Å2-0 Å2
3---3.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→92.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4887 0 2 208 5097
Biso mean--54.69 59.57 -
残基数----648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194745
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.9256485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28939730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0915646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.6725.16188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49415664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9461516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021049
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A34160.04
12C34160.04
21B32340.02
22D32340.02
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.345 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 139 -
Rwork0.329 2732 -
obs--96.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.60951.9616-1.72654.6375-1.16232.6295-0.0484-0.0359-0.00170.09030.03020.1172-0.1117-0.02830.01820.2886-0.00790.03020.3571-0.0130.0075-59.896-26.26116.799
29.72185.91870.96284.83940.00790.5361-0.0368-0.41180.01840.2976-0.1908-0.5146-0.1180.2390.22760.3943-0.0040.01610.6557-0.05310.3582-31.987-13.8810.841
39.52072.497-0.16211.7669-0.26861.0944-0.2006-0.0328-0.5076-0.10740.1848-0.1050.20740.12190.01570.4214-0.0193-0.0040.5923-0.00880.34930.796-1.34411.863
41.5842-0.34850.41741.7685-0.59026.4458-0.0893-0.1587-0.29130.096-0.0181-0.03020.32660.33780.10740.3279-0.00680.08470.41110.05450.0773-56.421-42.38422.251
511.9212-0.17191.68893.94390.59761.1929-0.1443-0.64080.7485-0.3218-0.05360.6404-0.3509-0.3560.19790.470.00010.00350.6453-0.07660.4342-15.644-51.74118.361
612.55191.03180.99690.11630.12330.6660.058-0.3630.617-0.0581-0.05460.12860.0719-0.2624-0.00340.458-0.0187-0.02070.6-0.0950.384212.86-46.5623.259
712.62592.5986-0.2681.7118-0.54851.9063-0.0109-0.68751.01630.0324-0.109-0.255-0.34930.3070.11990.4568-0.04070.030.5018-0.14770.355146.938-38.421.606
84.5352-0.52170.98052.5069-0.97255.8634-0.46230.00491.159-0.25240.1585-0.1957-1.7732-0.3850.30391.340.1719-0.15110.9148-0.04561.0531-23.463-35.70415.115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3A142 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4B11 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5C25 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6C101 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7C142 - 189
8X-RAY DIFFRACTION8D13 - 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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