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万見
- PDB-7p27: NMR solution structure of Chikungunya virus macro domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p27
タイトルNMR solution structure of Chikungunya virus macro domain
要素Polyprotein P1234
キーワードVIRAL PROTEIN / CHIKV / macro domain / viral replication / ADP-ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization ...ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / regulation of cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase ...: / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lykouras, M.V. / Tsika, A.C. / Papageorgiou, N. / Canard, B. / Coutard, B. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
資金援助 ギリシャ, フランス, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)EU FP7 REGPOT CT-2011-285950 SEE-DRUG ギリシャ
European Commission653316 フランス
European Regional Development FundMIS 5002550 ギリシャ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Binding Adaptation of GS-441524 Diversifies Macro Domains and Downregulates SARS-CoV-2 de-MARylation Capacity.
著者: Tsika, A.C. / Gallo, A. / Fourkiotis, N.K. / Argyriou, A.I. / Sreeramulu, S. / Lohr, F. / Rogov, V.V. / Richter, C. / Linhard, V. / Gande, S.L. / Altincekic, N. / Krishnathas, R. / Elamri, I. ...著者: Tsika, A.C. / Gallo, A. / Fourkiotis, N.K. / Argyriou, A.I. / Sreeramulu, S. / Lohr, F. / Rogov, V.V. / Richter, C. / Linhard, V. / Gande, S.L. / Altincekic, N. / Krishnathas, R. / Elamri, I. / Schwalbe, H. / Wollenhaupt, J. / Weiss, M.S. / Spyroulias, G.A.
履歴
登録2021年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref
Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein P1234


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6351
ポリマ－18,6351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 21all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein P1234 / P1234 / Non-structural polyprotein


分子量: 18635.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First 8 residues are not shown and correspond to sequence MKHHHHHH
由来: (組換発現) Chikungunya virus (strain S27-African prototype) (ウイルス)
株: S27-African prototype / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q8JUX6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HBHA(CO)NH
141isotropic13D HNHA
152isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA
162isotropic13D HNCO
1112isotropic13D HN(CA)CO
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1132isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1141isotropic13D 1H-15N NOESY
1153isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.6 mM [U-99% 15N] Chikungunya virus macro domain, 20 mM no sodium chloride, 10 mM no HEPES, 2 mM no DTT, 2 mM no EDTA, 0.25 mM no DSS, 10 % no D2O, 90% H2O/10% D2OCHIKV macro domain, [U-99% 15N], 0.6 mM; soduim chloride 20 mM; Hepes 10 mM15N90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Chikungunya virus macro domain, 20 mM no sodium chloride, 10 mM no HEPES, 2 mM no DTT, 2 mM no EDTA, 0.25 mM no DSS, 10 % no D2O, 90% H2O/10% D2OCHIKV macro domain, [U-99% 13C; U-99% 15N], 0.6 mM; soduim chloride 20 mM; Hepes 10 mM13C-15N90% H2O/10% D2O
solution30.3 mM no Chikungunya virus macro domain, 20 mM no sodium chloride, 2 mM no HEPES, 2 mM no DTT, 2 mM no EDTA, 0.25 mM no DSS, 10 % no D2O, 90% H2O/10% D2Ounlabeled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMChikungunya virus macro domain[U-99% 15N]1
20 mMsodium chlorideno1
10 mMHEPESno1
2 mMDTTno1
2 mMEDTAno1
0.25 mMDSSno1
10 %D2Ono1
0.6 mMChikungunya virus macro domain[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium chlorideno2
10 mMHEPESno2
2 mMDTTno2
2 mMEDTAno2
0.25 mMDSSno2
10 %D2Ono2
0.3 mMChikungunya virus macro domainno3
20 mMsodium chlorideno3
2 mMHEPESno3
2 mMDTTno3
2 mMEDTAno3
0.25 mMDSSno3
10 %D2Ono3
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance HD III H 700 / 製造業者: Bruker / モデル: Avance HD III H 700 / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARAv1.5.5Keller and Wuthrichpeak picking
CARAv1.5.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
DYANAGuntert, Braun and Wuthrichstructure calculation
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpin3.2Bruker Biospin解析
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 21 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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