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- PDB-7p26: Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p26
タイトルSulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota (BT4631_S1_15)
要素Putative arylsulfatase
キーワードHYDROLASE / Host glycans / sulfation / carbohydrate sulfatases / microbiota
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
polyethylene glycol / Arylsulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Cartmell, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Sulfated glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota.
著者: Luis, A.S. / Basle, A. / Byrne, D.P. / Wright, G.S.A. / London, J.A. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Hansson, G.C. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. / Barbeyron, T. / Yates, E.A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.
履歴
登録2021年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Putative arylsulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5326
ポリマ－57,2541
非ポリマー2,2795
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.924, 109.572, 117.531
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-1077-

HOH

21AAA-1124-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Putative arylsulfatase


分子量: 57253.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_4631
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q89YV0

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非ポリマー , 5種, 604分子

#2: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol


分子量: 662.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H62O15
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 80 mg/ml BT4631 with 10 mM 6S-Gal was crystallised in 20 % PEG 10K and 0.1 M Bicine pH8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→109.57 Å / Num. obs: 140145 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 6050 / CC1/2: 0.955

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OZE

7oze


解像度: 1.35→80.274 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.139 / WRfactor Rwork: 0.123 / SU B: 1.011 / SU ML: 0.019 / Average fsc free: 0.9798 / Average fsc work: 0.9824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1391 7206 5.145 %
Rwork0.1233 132849 -
all0.124 --
obs-140055 98.612 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.928 Å2-0 Å20 Å2
2---0.247 Å2-0 Å2
3----0.681 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→80.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3780 0 31 599 4410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4821.6475759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4741.5849146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8695552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.77422.573206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54315713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3931524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024938
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.23631
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21990
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21740
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0140.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4280.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3020.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.190.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9811.2142111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9311.2112109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1761.8322694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1751.8322694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3741.4842106
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3741.4852107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6392.1043065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6392.1053066
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.71916.3414963
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.21315.4754810
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20238155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.3850.1614580.1448795X-RAY DIFFRACTION89.0139
1.385-1.4230.1385140.1219226X-RAY DIFFRACTION96.2641
1.423-1.4640.1245040.1079178X-RAY DIFFRACTION98.3244
1.464-1.5090.1234920.1029006X-RAY DIFFRACTION99.258
1.509-1.5590.1224990.0948792X-RAY DIFFRACTION99.5287
1.559-1.6130.1184550.098481X-RAY DIFFRACTION99.4768
1.613-1.6740.1074320.0878212X-RAY DIFFRACTION99.6656
1.674-1.7430.1083920.0917943X-RAY DIFFRACTION99.7487
1.743-1.820.1133880.0967619X-RAY DIFFRACTION99.8379
1.82-1.9090.1243890.1057338X-RAY DIFFRACTION99.9483
1.909-2.0120.1213750.1146936X-RAY DIFFRACTION99.9727
2.012-2.1340.1353490.1196586X-RAY DIFFRACTION99.9856
2.134-2.2820.1243500.1156224X-RAY DIFFRACTION99.9848
2.282-2.4640.1353650.1115734X-RAY DIFFRACTION99.9836
2.464-2.6990.1222990.1145331X-RAY DIFFRACTION100
2.699-3.0180.1572740.1324848X-RAY DIFFRACTION99.9805
3.018-3.4840.1722570.1484290X-RAY DIFFRACTION99.978
3.484-4.2660.1531810.143701X-RAY DIFFRACTION100
4.266-6.030.1861470.1722920X-RAY DIFFRACTION100
6.03-80.2740.201860.211689X-RAY DIFFRACTION99.2174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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