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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p20 | ||||||
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タイトル | High resolution structure of the Juniperus ashei allergen - Jun a 3 | ||||||
要素 | Pathogenesis-related 5 protein Jun a 3.0101 | ||||||
キーワード | ALLERGEN / Thaumatin-like protein / Juniperus Ashei | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Juniperus ashei (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Eder, M. / Hofer, G. / Keller, W. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the allergen Jun a 3 the Thaumatin-like protein of Juniperus ashei 著者: Eder, M. / Hofer, G. / Keller, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p20.cif.gz | 103.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p20.ent.gz | 77.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p20.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p20_validation.pdf.gz | 413.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p20_full_validation.pdf.gz | 414.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p20_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p20_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p20 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ahnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22021.402 Da / 分子数: 1 / 変異: N133Q, N188Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Juniperus ashei (植物) / プラスミド: pcDNA3.4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Kidney (Embryonic) / 参照: UniProt: P81295 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.31 % / 解説: big leaflets |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 詳細: Index condition F5 (0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, and 17% w/v Polyethylene glycol 10,000) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.2543 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2543 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→35.34 Å / Num. obs: 34665 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.09554 / Rpim(I) all: 0.04089 / Rrim(I) all: 0.1041 / Net I/σ(I): 18.44 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1447 / Mean I/σ(I) obs: 11.95 / Num. unique obs: 3393 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.06866 / Rrim(I) all: 0.1608 / % possible all: 97.67 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ahn 解像度: 1.4→35.34 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 16.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.15 Å2 / Biso mean: 17.2939 Å2 / Biso min: 5.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→35.34 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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