PDB-7p1m: Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p1m

タイトル

Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with benzimidazole D-galactal ligand

要素

Galectin-8

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor / complex / Galectin / Lectin / D-galactal

機能・相同性

機能・相同性情報

lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Hassan, M. / Hakansson, M. / Nilsson, J.U. / Kovacic, R.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Structure-Guided Design of d-Galactal Derivatives with High Affinity and Selectivity for the Galectin-8 N-Terminal Domain.
著者: Hassan, M. / Baussiere, F. / Guzelj, S. / Sundin, A.P. / Hakansson, M. / Kovacic, R. / Leffler, H. / Tomasic, T. / Anderluh, M. / Jakopin, Z. / Nilsson, U.J.

履歴

登録	2021年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p1m.cif.gz	154.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p1m.ent.gz	121.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p1m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p1m_validation.pdf.gz	961 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p1m_full_validation.pdf.gz	963.4 KB	表示
XML形式データ	7p1m_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7p1m_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p11C 5gzdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7aen-d 7als-d 7p11-d 4bme-d 4hpe-3 6r0g-d 3zz5-1 2yow-d 4tt8-d 4jmk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-8

B: Galectin-8

ヘテロ分子

34.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.360, 61.820, 84.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	14 - 160
2	0	1	0	B	14 - 160

#1: タンパク質	Galectin-8 / Gal-8 / Po66 carbohydrate-binding protein / Po66-CBP / Prostate carcinoma tumor antigen 1 / PCTA-1 分子量: 17081.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214
#2: 化合物	ChemComp-4IU / 2-[[(2R,3R,4R)-2-(hydroxymethyl)-3-oxidanyl-3,4-dihydro-2H-pyran-4-yl]oxymethyl]-3-methyl-benzimidazole-5-carboxylic acid 分子量: 334.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.85 %
結晶化	温度: 293.5 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8 詳細: Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 ...詳細: Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before).

結晶

マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.85 %

結晶化

温度: 293.5 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8
詳細: Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.5 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→49.91 Å / Num. obs: 3108 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / R_merge(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GZD

5gzd

解像度: 1.52→49.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 6.574 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20737	2175	4.9 %	RANDOM
R_work	0.14528	-	-	-
obs	0.14837	42412	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.956 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.52→49.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2386	0	49	283	2718

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2599
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.756	1.672	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.398	1.597	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.28	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.521	21.831	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.286	15	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.615	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.574	2.106	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.573	2.106	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.427	3.166	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.428	3.167	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.271	2.486	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.271	2.486	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.086	3.584	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.867	25.613	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.689	24.998	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.305	3	5019
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4590 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.52→1.559 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	163	-
R_work	0.319	3108	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6224	-0.1684	-0.3312	1.8225	0.061	0.8798	0.0476	0.0337	0.0524	0.2065	-0.1048	-0.0384	0.0769	-0.0454	0.0572	0.0953	-0.034	-0.0267	0.0143	0.0079	0.1012	15.342	-0.082	-1.5883
2	1.2902	0.2126	-0.7516	1.3067	-0.1064	1.5585	-0.0435	0.1407	0.0352	-0.2294	0.0172	0.0545	0.0985	-0.0568	0.0263	0.0856	0.0055	-0.0035	0.0179	0.0115	0.0802	41.48	2.0748	-20.9326
3	1.0293	0.2644	-0.5463	0.4862	-0.048	0.8091	0.0204	0.0752	0.0107	-0.0284	-0.0182	-0.0105	0.0943	-0.0374	-0.0022	0.0819	0.0067	-0.0375	0.0091	0.0039	0.1026	28.5919	-0.5621	-10.8886
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1128	-0.0169	-0.0415	0.0118	0.0512	0.2319	31.389	-5.534	-7.316
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0974	0	0	0.0974	0	0.0974	0	0	0
6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0974	0	0	0.0974	0	0.0974	0	0	0
7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0974	0	0	0.0974	0	0.0974	0	0	0
8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0974	0	0	0.0974	0	0.0974	0	0	0
9	2.4276	-0.9355	3.4401	2.3842	-2.9016	6.1857	0.0693	-0.2674	-0.1115	0.2413	0.0674	0.0614	0.0067	-0.328	-0.1367	0.2403	-0.0184	0.0414	0.0795	0.0094	0.115	9.6509	-4.6438	8.3219
10	1.3416	-0.5706	0.2002	0.5385	-0.1744	1.3998	0.0132	0.1542	0.0316	-0.0957	-0.0011	-0.0051	0.1421	-0.1457	-0.0122	0.1434	-0.0137	-0.003	0.0925	-0.0116	0.0933	38.7287	-7.8793	-27.7157
11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0974	0	0	0.0974	0	0.0974	0	0	0
12	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0974	0	0	0.0974	0	0.0974	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 156
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	301 - 436
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	201
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	7 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	6 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	301 - 436
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	201
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	14 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	13 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	301 - 436
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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