登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p0w |
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タイトル | Crystal structure of a trapped Pab-AGOG/double-standed DNA covalent intermediate (DNA containing thymine opposite to lesion) |
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要素 | - DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*A)-3')
- DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(PED)P*TP*TP*TP*CP*T)-3')
- N-glycosylase/DNA lyase
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キーワード | HYDROLASE / 8-oxoguanine DNA glycosylase / AGOG / Pyrococcus abyssi / trapped double-stranded DNA intermediate |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair類似検索 - 分子機能 N-glycosylase/DNA lyase-like / N-glycosylase/DNA lyase / N-glycosylase/DNA lyase / DNA glycosylase類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | ![](img/tx_archaea.gif) Pyrococcus abyssi (古細菌) synthetic construct (人工物) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å |
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データ登録者 | Coste, F. / Goffinont, S. / Flament, D. / Castaing, B. |
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 タイトル: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing. 著者: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C. |
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履歴 | 登録 | 2021年6月30日 | 登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE |
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改定 1.0 | 2022年7月13日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2023年1月11日 | Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year |
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改定 1.2 | 2024年1月31日 | Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model |
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