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- PDB-7p0u: ORF virus encoded Bcl-2 homolog ORFV125 in complex with Puma BH3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p0u
タイトルORF virus encoded Bcl-2 homolog ORFV125 in complex with Puma BH3 peptide
要素
  • Activator of apoptosis harakiri
  • Apoptosis inhibitor
キーワードAPOPTOSIS / ORF virus / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Activator of apoptosis harakiri / Activator of apoptosis harakiri / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis inhibitor / Activator of apoptosis harakiri
類似検索 - 構成要素
生物種Orf virus (オルフウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99374263399 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: Structural Investigation of Orf Virus Bcl-2 Homolog ORFV125 Interactions with BH3-Motifs from BH3-Only Proteins Puma and Hrk.
著者: Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2021年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis inhibitor
U: Activator of apoptosis harakiri
B: Apoptosis inhibitor
C: Activator of apoptosis harakiri
D: Apoptosis inhibitor
E: Activator of apoptosis harakiri
F: Apoptosis inhibitor
G: Activator of apoptosis harakiri
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,12116
ポリマ－76,5358
非ポリマー5878
水1,26170
1
A: Apoptosis inhibitor
U: Activator of apoptosis harakiri
ヘテロ分子

D: Apoptosis inhibitor
E: Activator of apoptosis harakiri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6389
ポリマ－38,2674
非ポリマー3705
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
2
B: Apoptosis inhibitor
C: Activator of apoptosis harakiri
F: Apoptosis inhibitor
G: Activator of apoptosis harakiri
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4847
ポリマ－38,2674
非ポリマー2163
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area13990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.405, 57.697, 65.063
Angle α, β, γ (deg.)71.884, 76.607, 75.085
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Apoptosis inhibitor


分子量: 16160.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 遺伝子: ORFV125, ORF125 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0R8HV90
#2: タンパク質・ペプチド
Activator of apoptosis harakiri / BH3-interacting domain-containing protein 3 / Neuronal death protein DP5


分子量: 2973.417 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00198
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 % / 解説: single thick cuboid like crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99374263399→38.5694114058 Å / Num. obs: 40304 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 47.6239163241 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.11
反射 シェル解像度: 1.99374263399→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2890 / CC1/2: 0.251

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
DIALSデータ削減
Aimless7.1.007データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ADT

7adt


解像度: 1.99374263399→38.5694114058 Å / SU ML: 0.364402590205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95836316789 / 位相誤差: 37.5324817813
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274397099057 1959 4.90166641645 %
Rwork0.224860913952 38007 -
obs0.22733238878 39966 95.8762144656 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99374263399→38.5694114058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4771 0 28 70 4869
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00593448708034854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7081239636096560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0369864202284765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00445132159011851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.97361254252991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99374263399-2.04360.463100590876930.4353135592932423X-RAY DIFFRACTION85.2592341579
2.0436-2.09880.3881792441341590.3881792441342715X-RAY DIFFRACTION95.9279038718
2.0988-2.16060.4176615033271320.3730964142452729X-RAY DIFFRACTION96.8189509306
2.1606-2.23030.3901659395691440.3415146870232745X-RAY DIFFRACTION96.5897693079
2.2303-2.310.3644825576251340.3084699416352759X-RAY DIFFRACTION96.8854655057
2.31-2.40250.3161228855351540.2856683747642743X-RAY DIFFRACTION96.9544846051
2.4025-2.51180.3438844121921540.2656637051782752X-RAY DIFFRACTION97.3208305425
2.5118-2.64420.3300090786461410.2524453547052729X-RAY DIFFRACTION97.7520435967
2.6442-2.80990.3095565812241410.2477844453522765X-RAY DIFFRACTION97.4187060007
2.8099-3.02670.3202790209621380.2447840400222783X-RAY DIFFRACTION97.2046589018
3.0267-3.33120.2983130202911350.2443579193542743X-RAY DIFFRACTION96.9676549865
3.3312-3.81280.2746201742361360.2035626042322759X-RAY DIFFRACTION96.6288384513
3.8128-4.80230.2034218070921400.1737469564882673X-RAY DIFFRACTION94.7457056248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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