PDB-7p0e: Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p0e

タイトル

Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation G1676R

要素

Isoform 2 of Filamin-C

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Ig-like / mechanosensing / muscle protein / heart

機能・相同性

機能・相同性情報

Cell-extracellular matrix interactions / costamere / ankyrin binding / sarcomere organization / sarcoplasm / intercellular bridge / cytoskeletal protein binding / sarcolemma / Z disc / actin filament binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Analysis and prediction of pathogenic missense variants in human filamin C
著者: Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K.

履歴

登録	2021年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p0e.cif.gz	285.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p0e.ent.gz	193.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p0e_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p0e_full_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示
XML形式データ	7p0e_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7p0e_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ouuSC 7ouvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of Filamin-C

B: Isoform 2 of Filamin-C

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.150, 59.460, 180.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2 of Filamin-C / FLN-C / FLNc / ABP-280-like protein / ABP-L / Actin-binding-like protein / Filamin-2 / Gamma-filamin 分子量: 21581.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLNC, ABPL, FLN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): R2pLysS / 参照: UniProt: Q14315
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.0, 26.3 % w/v PEG 3350, 5% w/v Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→38.26 Å / Num. obs: 53624 / % possible obs: 94.02 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 29.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06401 / R_pim(I) all: 0.03494 / R_rim(I) all: 0.0733 / Net I/σ(I): 9.97
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4752 / R_pim(I) all: 1.166 / R_rim(I) all: 2.508 / % possible all: 79.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EDNA	1.19.2_4158	データ収集
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PDB-REDO		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OUU

7ouu

解像度: 1.6→38.26 Å / SU ML: 0.2723 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.6104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	1446	2.71 %
R_work	0.1872	51826	-
obs	0.1881	53272	94.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3000	0	28	320	3348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0153	3122
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2343	4251
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0789	479
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	564
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4065	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.66	0.4443	121	0.3988	4337	X-RAY DIFFRACTION	79.65
1.66-1.72	0.3867	132	0.3409	4814	X-RAY DIFFRACTION	88.75
1.72-1.8	0.3341	139	0.2838	4968	X-RAY DIFFRACTION	91.33
1.8-1.9	0.3068	142	0.2454	5075	X-RAY DIFFRACTION	93.7
1.9-2.02	0.2952	147	0.2152	5251	X-RAY DIFFRACTION	96.12
2.02-2.17	0.2394	149	0.1856	5328	X-RAY DIFFRACTION	96.99
2.17-2.39	0.2193	150	0.1839	5390	X-RAY DIFFRACTION	98.23
2.39-2.74	0.2491	152	0.1913	5413	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.74-3.45	0.2228	154	0.1766	5503	X-RAY DIFFRACTION	98.9
3.45-38.26	0.1733	160	0.1637	5747	X-RAY DIFFRACTION	98.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.50276347385	1.6370348281	-1.60363827281	1.97393289577	-1.56833697463	2.80439593322	-0.248422733705	0.275664675576	0.0581556200932	-0.271970110859	0.236825802522	0.0821125507035	0.268276250168	-0.103750659682	-0.0499159044691	0.267686715509	0.0154727542874	0.00808203059514	0.175914364095	0.00194571309059	0.251995834038	-6.14447871129	-5.66778979163	-3.59426975405
2	1.33999620309	0.24992000737	-0.597680737306	1.65135297359	-0.473378648205	2.22046256722	-0.266580787223	-0.0361171571743	-0.176758029029	0.0291571516766	0.0390690076616	0.0631643626611	0.615015552929	0.17960107413	0.237557595017	0.17279958195	0.0183825981865	0.0185418663943	0.161111431262	0.0460197118215	0.287384948279	-11.7434957656	-7.95330157736	10.3535848213
3	4.47667900333	-1.20592815472	-0.187550601764	3.95334924697	0.608581164488	3.35922625183	0.0134497195762	0.00899380364704	0.185183598738	-0.120366918048	-0.0432879132082	-0.0493723027369	0.0188656164583	0.0309714833009	0.0140056127574	0.239436340476	0.00438899016945	0.0600430753283	0.22935453961	0.0219516796262	0.180576492414	-15.8301902265	-0.28414880664	19.1086657215
4	2.45992691616	-0.670385291999	-1.02912550111	0.983009513022	0.463048297451	4.91318909052	-0.072238445152	-0.0997047805128	0.0398967449584	0.235933481022	0.0292245793196	0.169949318634	-0.0724872105388	-0.308453405657	0.0151509530967	0.260413055703	-0.0196925232797	0.064651978197	0.182170776937	0.0277205169131	0.258102972489	-35.2004826531	-5.50207462351	75.2133718073
5	3.44301415931	-3.98878504457	-2.94918049935	4.71245598816	3.71560737816	3.47574622089	0.488890933045	0.508698536011	0.301630929291	-0.422901204961	-0.313899992645	-0.356756878356	-0.436544757857	-0.323630388776	-0.31601718978	0.39847909881	-0.0628312839631	0.126051254593	0.28602252686	-0.00677932903802	0.34946293706	-30.0928264982	-1.75021546153	67.955610871
6	0.516580399279	-0.230042556335	-0.783804227115	1.53352731275	-0.939130036764	3.40283473458	-0.0250159774698	0.160291135586	0.041437267589	-0.0950847301761	-0.00450612967347	0.0699719908395	0.20684960008	-0.0483830173511	0.0483695578032	0.164663798954	-0.0361404767413	0.0109596609688	0.254447313547	-0.0255665232805	0.271784177953	-31.0404693789	-7.17655037892	58.7522986853
7	2.2564931107	0.110375724184	-0.308479094635	6.64600917774	-2.44591874827	3.85339821524	0.244066686244	0.186868714924	0.41097410971	0.145013924826	-0.270142134088	-0.119539669486	-0.239202241287	0.0924709311267	-0.0668116504621	0.292732920931	-0.0635579516531	0.0255508634368	0.48569789404	-0.0214041158439	0.257002939142	-27.4677398545	-0.511825780452	46.5466727961

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1535 through 1607 )	A	A	1535 - 1607	1 - 73
2	2	chain 'A' and (resid 1608 through 1656 )	A	A	1608 - 1656	74 - 122
3	3	chain 'A' and (resid 1657 through 1736 )	A	A	1657 - 1736	123 - 202
4	4	chain 'B' and (resid 1535 through 1579 )	B	D	1535 - 1579	1 - 45
5	5	chain 'B' and (resid 1580 through 1596 )	B	D	1580 - 1596	46 - 62
6	6	chain 'B' and (resid 1597 through 1656 )	B	D	1597 - 1656	63 - 122
7	7	chain 'B' and (resid 1657 through 1736 )	B	D	1657 - 1736	123 - 202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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