PDB-7p07: Structure of the maltase BaAG2 from Blastobotrys adeninivorans in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p07

タイトル

Structure of the maltase BaAG2 from Blastobotrys adeninivorans in complex with glucose

要素

BaAG2

キーワード

HYDROLASE / Maltase / glucose / GH13 / alpha-glucosidase

機能・相同性

alpha-D-glucopyranose / 1-methylpyrrolidin-2-one

機能・相同性情報

生物種

Blastobotrys adeninivorans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Ernits, K. / Visnapuu, T. / Persson, K.

資金援助

スウェーデン,

Estonia, 3件

引用

ジャーナル: J Fungi (Basel) / 年: 2021
タイトル: Structural Insight into a Yeast Maltase-The Ba AG2 from Blastobotrys adeninivorans with Transglycosylating Activity.
著者: Ernits, K. / Kjeldsen, C. / Persson, K. / Grigor, E. / Alamae, T. / Visnapuu, T.

履歴

登録	2021年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p07.cif.gz	743.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p07.ent.gz	575.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p07_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p07_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7p07_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	7p07_validation.cif.gz	63.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/7p07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p01SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7p07-2 7p01-1 3axi-d 7p01-2 5brp-3 6zy1-1 3axh-d 3a4a-d 5brp-2 6ib5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BaAG2

B: BaAG2

ヘテロ分子

136 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BaAG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: BaAG2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.880, 77.730, 121.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

BaAG2

分子量: 67831.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Blastobotrys adeninivorans (菌類) / プラスミド: pURI3 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: alpha-glucosidase

#2: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-MB3 / 1-methylpyrrolidin-2-one / N-メチルピロリドン

分子量: 99.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES (pH 5.5) 12% polyvinylpyrrolidone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.979965 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979965 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→47.73 Å / Num. obs: 134791 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.55 % / B_iso Wilson estimate: 42.14 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8.61
反射シェル	解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 3.58 % / Mean I/σ(I) obs: 1.19 / Num. unique obs: 10026 / CC_1/2: 0.7 / R_sym value: 1.204 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7P01

7p01

解像度: 2.13→47.73 Å / SU ML: 0.2945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 30.0735
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2318	2016	2.9 %
R_work	0.215	130659	-
obs	0.2154	134563	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→47.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9355	0	40	375	9770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0167	9654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.8899	13099
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1693	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	1700
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.477	3539

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.16	0.3889	142	0.4096	4742	X-RAY DIFFRACTION	99.15
2.16-2.18	0.3531	136	0.3802	4639	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.18-2.21	0.3661	142	0.3718	4659	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.21-2.24	0.3925	140	0.3521	4632	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.24-2.27	0.3592	140	0.3433	4645	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.27-2.31	0.3012	138	0.3405	4704	X-RAY DIFFRACTION	98.88
2.31-2.34	0.3665	135	0.3214	4643	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.34-2.38	0.3715	143	0.3125	4728	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.38-2.42	0.3529	141	0.3028	4649	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.42-2.47	0.2761	140	0.2984	4709	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.47-2.52	0.2886	139	0.2898	4647	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.52-2.57	0.3098	140	0.2896	4749	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.57-2.62	0.3065	142	0.2895	4587	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.62-2.68	0.2754	141	0.2787	4670	X-RAY DIFFRACTION	98.08
2.68-2.75	0.2774	137	0.2686	4597	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.75-2.83	0.2121	141	0.256	4716	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.83-2.91	0.2705	134	0.2552	4607	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.91-3	0.2386	141	0.2489	4679	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3-3.11	0.2904	138	0.2426	4660	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.11-3.23	0.2688	139	0.2386	4641	X-RAY DIFFRACTION	98.62
3.23-3.38	0.2509	142	0.2225	4683	X-RAY DIFFRACTION	98.83
3.38-3.56	0.2529	139	0.1985	4695	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.56-3.78	0.2265	138	0.1818	4668	X-RAY DIFFRACTION	98.85
3.78-4.07	0.2058	141	0.1689	4641	X-RAY DIFFRACTION	98.68
4.07-4.48	0.1598	143	0.1503	4711	X-RAY DIFFRACTION	98.76
4.48-5.13	0.1621	138	0.143	4653	X-RAY DIFFRACTION	98.4
5.13-6.46	0.1573	135	0.1677	4638	X-RAY DIFFRACTION	98.84
6.46-47.73	0.178	139	0.1642	4667	X-RAY DIFFRACTION	98.83

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.21369827651 Å / Origin y: -28.8525112479 Å / Origin z: -26.6536625654 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.424601395726 Å²	-0.0213212729293 Å²	-0.201683468018 Å²	-	0.281473447778 Å²	0.0178679972803 Å²	-	-	0.429714618773 Å²
L	0.728675905911 °²	-0.085745367087 °²	-0.0217187523549 °²	-	0.312513507328 °²	0.24818101996 °²	-	-	0.705692526697 °²
S	-0.0206863211526 Å °	0.236324281632 Å °	0.0353927735139 Å °	-0.125114198059 Å °	-0.0659774873526 Å °	0.103438590227 Å °	-0.12806340871 Å °	-0.037025996548 Å °	0.0718161845281 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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