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- PDB-7ozt: Nanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ozt
タイトルNanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumor suppressor protein p16INK4a
要素
  • Camelid nanobody NB09
  • Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A
キーワードCELL CYCLE / nanobody-p16INK4A complex / tumour-suppressor / Checkpoint / pharmacological chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of macrophage apoptotic process / senescence-associated heterochromatin focus / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of nucleocytoplasmic transport / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...positive regulation of macrophage apoptotic process / senescence-associated heterochromatin focus / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of nucleocytoplasmic transport / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / oncogene-induced cell senescence / mammary gland epithelial cell proliferation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / keratinocyte proliferation / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / NF-kappaB binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / keratinocyte differentiation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of cell growth / Cyclin D associated events in G1 / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / glucose homeostasis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Ras protein signal transduction / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat region circular profile. / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Pastok, M.W. / Burbidge, O. / Itzhaki, L. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009738/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumor suppressor protein p16INK4a
著者: Burbidge, O. / Pastok, M.W. / Hodder, S.L. / Zenkeviciute, G. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A. / Itzhaki, L.
履歴
登録2021年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Camelid nanobody NB09
BBB: Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9102
ポリマ－32,9102
非ポリマー00
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.119, 182.931, 65.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-236-

HOH

21BBB-245-

HOH

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要素

#1: 抗体 Camelid nanobody NB09


分子量: 14208.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A / Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor A / CDK4I / Multiple tumor suppressor 1 / MTS-1 / p16-INK4a / ...Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor A / CDK4I / Multiple tumor suppressor 1 / MTS-1 / p16-INK4a / p16-INK4 / p16INK4A


分子量: 18701.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKN2A, CDKN2, MTS1 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: P42771
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen condition G4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→91.47 Å / Num. obs: 26446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.04-91.475.60.0462390.9990.0290.055
1.74-1.776.20.87814120.3610.5821.058

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BI7, 3OGO

1bi7

3ogo


解像度: 1.74→91.465 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.123 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 930 3.519 %Random selection
Rwork0.1798 25497 --
all0.181 ---
obs-26427 99.996 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.175 Å20 Å20 Å2
2---1.038 Å20 Å2
3----0.137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→91.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 0 90 1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131919
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0811.6392608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.411.5794150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8845253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.07919.714105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26915303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6761522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.21699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1580.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1940.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0062.2581006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9792.2541005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1843.371261
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1863.3741262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3822.758913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.382.761914
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4613.9641347
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4593.9681348
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.94626.7852017
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.92726.7132006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc work% reflection obs (%)WRfactor RworkFsc free
1.74-1.78500.32719110.32719110.7741000.324
1.785-1.83400.29718850.29718850.7991000.292
1.834-1.88700.28418220.28418220.8191000.277
1.887-1.94500.27517660.27517660.8441000.261
1.945-2.0090.259130.22817270.22817400.8881000.2090.879
2.009-2.080.239830.22115760.22216590.9041000.2020.894
2.08-2.1580.226840.20515140.20615980.9181000.1840.923
2.158-2.2460.185980.19414640.19415620.931000.1710.925
2.246-2.3460.226690.17414360.17715050.9411000.1550.93
2.346-2.460.197550.16913510.1714060.951000.1520.946
2.46-2.5930.205890.16312960.16613850.9541000.1490.941
2.593-2.7510.209590.16712190.16912780.9581000.1590.948
2.751-2.940.224640.17911560.18112200.9561000.170.951
2.94-3.1760.189680.17110730.17211420.96399.91240.1680.965
3.176-3.4780.178570.15410070.15510640.9731000.1580.968
3.478-3.8880.201660.1428910.1469570.9781000.1520.966
3.888-4.4880.225340.128100.1248440.9821000.1340.957
4.488-5.4940.212250.1417190.1437440.9781000.1580.965
5.494-7.7550.293400.1845430.1915830.9621000.2050.925
7.755-91.4650.147260.1653300.1643560.9671000.1940.981
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16240.0131-0.25451.8680.02230.4043-0.0025-0.04310.01520.00690.03510.10770.00570.0552-0.03260.00150.00620.00510.05270.03830.0476-8.24912.42382.5774
20.7638-0.1098-0.27440.7590.03690.2977-0.0197-0.02740.02990.1160.0424-0.0309-0.02060.0377-0.02260.02170.0004-0.00170.0392-0.01840.01864.37335.3509-2.7296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA1 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2ALLBBB10 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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