PDB-7oze: Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oze

タイトル

Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota (BT1624-S1_15)

要素

Putative secreted sulfatase

キーワード

HYDROLASE / Host glycans / sulfation / carbohydrate sulfatases / microbiota

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfuric ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Sulfated glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota.
著者: Luis, A.S. / Basle, A. / Byrne, D.P. / Wright, G.S.A. / London, J.A. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Hansson, G.C. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. / Barbeyron, T. / Yates, E.A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.

履歴

登録	2021年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oze.cif.gz	389.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oze.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oze.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oze	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oz8C 7oz9C 7ozaC 7ozcC 7p24C 7p26C 6s20S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Putative secreted sulfatase

EEE: Putative secreted sulfatase

FFF: Putative secreted sulfatase

GGG: Putative secreted sulfatase

ヘテロ分子

226 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Putative secreted sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
56.4 kDa, 1 ポリマー

2

EEE: Putative secreted sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー

3

FFF: Putative secreted sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー

4

GGG: Putative secreted sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.401, 124.715, 97.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.321, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	EEE
3	2	AAA
4	2	FFF
5	3	AAA
6	3	GGG
7	4	EEE
8	4	FFF
9	5	EEE
10	5	GGG
11	6	FFF
12	6	GGG

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 29 - 515 / Label seq-ID: 27 - 513

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	EEE	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	FFF	C
5	5	3	AAA	A
6	6	3	GGG	D
7	7	4	EEE	B
8	8	4	FFF	C
9	9	5	EEE	B
10	10	5	GGG	D
11	11	6	FFF	C
12	12	6	GGG	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質

Putative secreted sulfatase

分子量: 56125.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_1624
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A7A1

#2: 糖

ChemComp-G6S / 6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / D-GALACTOSE-6-SULFATE / 6-O-sulfo-beta-D-galactose / 6-O-sulfo-D-galactose / 6-O-sulfo-galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス6-O-硫酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 mg/ml BT1624-S1_15 with 10 mM 6S-GalNAc crystallised in 20 % PEG 6000, 0.2 M ammonium chloride and 0.1 M sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50.54 Å / Num. obs: 56316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.927 / Net I/σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.7→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4596 / CC_1/2: 0.662

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S20

6s20

解像度: 2.7→50.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.88 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 17.056 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.387 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2635	2741	4.877 %
R_work	0.2287	53456	-
all	0.23	-	-
obs	-	56197	99.709 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.837 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.134 Å²	0 Å²	1.09 Å²
2-	-	2.044 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.094 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14891	0	68	267	15226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	15361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.343	1.648	20894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.138	1.585	32703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.778	5	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.437	23.1	771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.453	15	2403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.396	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	17796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	13469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	7307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	7164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.199	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.712	1.777	7803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.712	1.777	7802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.247	2.664	9752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.247	2.664	9753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.647	1.837	7558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.647	1.837	7558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.147	2.725	11142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.146	2.725	11143
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.756	20.252	16684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.754	20.259	16674
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.045	0.05	15832
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.05	0.05	15791
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.044	0.05	15843
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.051	0.05	15771
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.047	0.05	15796
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.051	0.05	15739

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04514	0.0501
1	2	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04514	0.0501
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04962	0.0501
2	4	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04962	0.0501
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04409	0.0501
3	6	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04409	0.0501
4	7	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05146	0.0501
4	8	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05146	0.0501
5	9	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04667	0.0501
5	10	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04667	0.0501
6	11	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05076	0.0501
6	12	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05076	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.318	199	0.295	3918	X-RAY DIFFRACTION	99.3485
2.77-2.846	0.356	172	0.295	3839	X-RAY DIFFRACTION	99.6769
2.846-2.928	0.322	200	0.279	3745	X-RAY DIFFRACTION	99.7724
2.928-3.018	0.291	183	0.264	3619	X-RAY DIFFRACTION	99.6592
3.018-3.117	0.288	159	0.261	3536	X-RAY DIFFRACTION	99.8379
3.117-3.227	0.319	170	0.249	3422	X-RAY DIFFRACTION	99.8888
3.227-3.348	0.242	179	0.246	3289	X-RAY DIFFRACTION	99.9712
3.348-3.485	0.31	163	0.243	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.8492
3.485-3.64	0.272	158	0.229	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.817	0.253	153	0.205	2909	X-RAY DIFFRACTION	99.9021
3.817-4.024	0.231	133	0.194	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.8971
4.024-4.267	0.189	131	0.181	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.8194
4.267-4.562	0.212	149	0.174	2436	X-RAY DIFFRACTION	99.8455
4.562-4.927	0.216	116	0.175	2279	X-RAY DIFFRACTION	99.8333
4.927-5.396	0.246	94	0.193	2149	X-RAY DIFFRACTION	99.6446
5.396-6.031	0.244	109	0.233	1885	X-RAY DIFFRACTION	99.6502
6.031-6.962	0.316	90	0.247	1689	X-RAY DIFFRACTION	99.6639
6.962-8.52	0.255	76	0.193	1435	X-RAY DIFFRACTION	99.4733
8.52-12.021	0.188	66	0.199	1114	X-RAY DIFFRACTION	99.7464
12.021-50.5	0.208	41	0.29	618	X-RAY DIFFRACTION	98.2116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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