[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7oze: Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of th... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oze | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota (BT1624-S1_15) | ||||||
![]() | Putative secreted sulfatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Host glycans / sulfation / carbohydrate sulfatases / microbiota | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cartmell, A. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Sulfated glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota. Authors: Luis, A.S. / Basle, A. / Byrne, D.P. / Wright, G.S.A. / London, J.A. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Hansson, G.C. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. / Barbeyron, T. / Yates, E.A. / Martens, E.C. / Cartmell, A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 389.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7oz8C ![]() 7oz9C ![]() 7ozaC ![]() 7ozcC ![]() 7p24C ![]() 7p26C ![]() 6s20S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 29 - 515 / Label seq-ID: 27 - 513
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 56125.184 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / Gene: BT_1624 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q8A7A1 #2: Sugar | ChemComp-G6S / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.01 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 mg/ml BT1624-S1_15 with 10 mM 6S-GalNAc crystallised in 20 % PEG 6000, 0.2 M ammonium chloride and 0.1 M sodium acetate pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50.54 Å / Num. obs: 56316 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.927 / Net I/σ(I): 3 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4596 / CC1/2: 0.662 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6S20 Resolution: 2.7→50.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 17.056 / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.387 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.837 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→50.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|