PDB-7ozc: Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ozc

タイトル

Sulfated host glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota (BT3109_S1_15)

要素

Arylsulfatase A

キーワード

HYDROLASE / Host glycans / sulfation / carbohydrate sulfatases / microbiota

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Sulfated glycan recognition by carbohydrate sulfatases of the human gut microbiota.
著者: Luis, A.S. / Basle, A. / Byrne, D.P. / Wright, G.S.A. / London, J.A. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Hansson, G.C. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. / Barbeyron, T. / Yates, E.A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.

履歴

登録	2021年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ozc.cif.gz	120.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ozc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ozc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oz8C 7oz9C 7ozaC 7ozeC 7p24C 7p26C 6s20S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Arylsulfatase A

ヘテロ分子

57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.150, 91.760, 52.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Arylsulfatase A

分子量: 57141.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3109
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A346

#2: 糖

ChemComp-G6S / 6-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / D-GALACTOSE-6-SULFATE / 6-O-sulfo-beta-D-galactose / 6-O-sulfo-D-galactose / 6-O-sulfo-galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス6-O-硫酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mg/ml of BT3109S1_15 with 10 mM 6S-Gal was crystallised in 30 % PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate and sodium citrate pH 5.6.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→47.136 Å / Num. obs: 44392 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2410 / CC_1/2: 0.493

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S20

6s20

解像度: 1.75→47.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.793 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.217	2071	4.668 %
R_work	0.1836	42295	-
all	0.185	-	-
obs	-	44366	99.308 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.325 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.142 Å²	-0 Å²	0.242 Å²
2-	-	0.213 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.122 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→47.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3731	0	17	186	3934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.65	5454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.317	1.586	8461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.113	5	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.428	22.843	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.505	15	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.537	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	925
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.567	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.101	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.094	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.854	2.772	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.853	2.772	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.496	4.155	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.496	4.155	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.415	3.018	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.417	3.019	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.703	4.425	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.704	4.426	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.721	32.504	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.711	32.445	4420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.335	131	0.336	3126	X-RAY DIFFRACTION	98.8767
1.795-1.845	0.302	135	0.302	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.3099
1.845-1.898	0.305	142	0.281	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.392
1.898-1.956	0.279	163	0.248	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.2768
1.956-2.021	0.272	128	0.235	2782	X-RAY DIFFRACTION	99.2835
2.021-2.091	0.24	104	0.213	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.5785
2.091-2.17	0.248	132	0.203	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.5257
2.17-2.259	0.22	155	0.178	2458	X-RAY DIFFRACTION	99.809
2.259-2.359	0.237	137	0.175	2417	X-RAY DIFFRACTION	99.7656
2.359-2.474	0.217	102	0.178	2308	X-RAY DIFFRACTION	99.6691
2.474-2.608	0.265	120	0.19	2202	X-RAY DIFFRACTION	99.871
2.608-2.766	0.215	124	0.177	2040	X-RAY DIFFRACTION	99.6317
2.766-2.957	0.228	124	0.174	1908	X-RAY DIFFRACTION	99.559
2.957-3.194	0.189	58	0.166	1850	X-RAY DIFFRACTION	99.4786
3.194-3.498	0.176	56	0.163	1706	X-RAY DIFFRACTION	98.9888
3.498-3.91	0.158	68	0.145	1493	X-RAY DIFFRACTION	98.548
3.91-4.514	0.136	72	0.136	1312	X-RAY DIFFRACTION	98.5755
4.514-5.525	0.206	57	0.144	1127	X-RAY DIFFRACTION	98.4206
5.525-7.799	0.219	35	0.169	890	X-RAY DIFFRACTION	99.1425
7.799-47.09	0.213	28	0.179	497	X-RAY DIFFRACTION	98.8701

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関連情報:EMDBヘッダ

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