[日本語] English
万見
- PDB-7oyk: DNA-binding domain of CggR in complex with the DNA operator -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oyk
タイトルDNA-binding domain of CggR in complex with the DNA operator
要素
  • (DNA operator - strand ...) x 2
  • Central glycolytic genes regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional repressor / Glycolysis / Helix-turn-helix domain / Bacillus subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / CggR N-terminal DNA binding domain / Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / NagB/RpiA transferase-like / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Central glycolytic genes regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Novakova, M. / Rezacova, P. / Skerlova, J. / Brynda, J.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LO1304 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729 チェコ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insight into DNA recognition by bacterial transcriptional regulators of the SorC/DeoR family.
著者: Soltysova, M. / Sieglova, I. / Fabry, M. / Brynda, J. / Skerlova, J. / Rezacova, P.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_seq_map_depositor_info / Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Central glycolytic genes regulator
DDD: Central glycolytic genes regulator
CCC: Central glycolytic genes regulator
BBB: Central glycolytic genes regulator
EEE: DNA operator - strand 1
FFF: DNA operator - strand 2
LLL: DNA operator - strand 1
KKK: DNA operator - strand 2
HHH: DNA operator - strand 2
GGG: DNA operator - strand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,20615
ポリマ－73,87410
非ポリマー3325
水2,504139
1
AAA: Central glycolytic genes regulator
BBB: Central glycolytic genes regulator
EEE: DNA operator - strand 1
FFF: DNA operator - strand 2
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Two biological units binding the DNA duplex are present in the asymmetric unit. The first biological unit: protein chains A and B that bind DNA strands (chains) E and F. The ...根拠: gel filtration, Two biological units binding the DNA duplex are present in the asymmetric unit. The first biological unit: protein chains A and B that bind DNA strands (chains) E and F. The second biological unit comprises two alternative conformers of the DNA duplex that differ only in the direction. Thus, this moiety contains: protein chains C and D and DNA chains K and L (dsDNA conformer A) and chains G and H (dsDNA conformer B).
  • 32.2 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1746
ポリマ－32,0394
非ポリマー1352
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
DDD: Central glycolytic genes regulator
CCC: Central glycolytic genes regulator
LLL: DNA operator - strand 1
KKK: DNA operator - strand 2
HHH: DNA operator - strand 2
GGG: DNA operator - strand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0329
ポリマ－41,8356
非ポリマー1973
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.972, 103.141, 51.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.537, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAADDDCCCBBB

#1: タンパク質
Central glycolytic genes regulator


分子量: 11121.280 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first amino-acid residues "SNAAS" are remnants after the cleavage of the His-tag by TEV protease.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: cggR, yvbQ, BSU33950 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O32253

-
DNA operator - strand ... , 2種, 6分子 EEELLLGGGFFFKKKHHH

#2: DNA鎖 DNA operator - strand 1


分子量: 4885.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#3: DNA鎖 DNA operator - strand 2


分子量: 4911.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

-
非ポリマー , 4種, 144分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 3350, 100mM MES, pH 6.5, 100mM calcium chloride, 13% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月3日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 34417 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10673 / CC1/2: 0.514 / Rrim(I) all: 1.111 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.101→45.837 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.183 / Average fsc free: 0.844 / Average fsc work: 0.8563 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 1726 5.015 %
Rwork0.208 32691 -
all0.21 --
obs-32691 98.169 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 43.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.001 Å2-0 Å2-0.007 Å2
2---0.002 Å2-0 Å2
3---0.003 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→45.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 1950 16 139 5150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0125288
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0280.0184275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.4367534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1921.9499909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.355387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5423.086162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22615603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.051524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2290.23198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21820
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.21762
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0120.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1580.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.210.232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3560.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2330.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3144.3281542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3144.3261541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7056.4561925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7046.4581926
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2344.5393746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2334.5393747
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3516.6895607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.356.695608
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.28143.1955989
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.2843.2015990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.101-2.1550.4041220.3972333X-RAY DIFFRACTION94.8243
2.155-2.2140.3431250.3362366X-RAY DIFFRACTION98.5364
2.214-2.2780.3421190.2982255X-RAY DIFFRACTION98.2616
2.278-2.3480.2711190.2882250X-RAY DIFFRACTION98.7495
2.348-2.4250.3031140.2642173X-RAY DIFFRACTION99.1761
2.425-2.510.2881100.252074X-RAY DIFFRACTION98.6896
2.51-2.6050.3181050.2591976X-RAY DIFFRACTION97.6995
2.605-2.7110.3051030.2421941X-RAY DIFFRACTION98.6963
2.711-2.8310.291990.2161869X-RAY DIFFRACTION98.4492
2.831-2.9690.261950.2071788X-RAY DIFFRACTION98.7415
2.969-3.1290.298890.2131699X-RAY DIFFRACTION99.1131
3.129-3.3180.256850.1871601X-RAY DIFFRACTION98.2517
3.318-3.5470.215780.1661482X-RAY DIFFRACTION96.5944
3.547-3.830.249750.1721418X-RAY DIFFRACTION99.2686
3.83-4.1930.207670.1621299X-RAY DIFFRACTION99.2012
4.193-4.6850.195620.1511181X-RAY DIFFRACTION98.6508
4.685-5.4040.241550.1731022X-RAY DIFFRACTION97.3779
5.404-6.6040.261470.219883X-RAY DIFFRACTION98.4127
6.604-9.280.175360.202688X-RAY DIFFRACTION98.2361
9.28-45.8370.21210.187393X-RAY DIFFRACTION96.2791

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る