PDB-7oy9: Crystal structure of GMP reductase from mycobacterium smegmatis.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oy9

タイトル

Crystal structure of GMP reductase from mycobacterium smegmatis.

要素

Guanosine 5'-monophosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMP reductase GMPR oxidoreductase GuaB1 octamer CBS domain Bateman domain Mycobacterium smegmatis

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Dolezal, M. / Klima, M. / Pichova, I.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The mycobacterial guaB1 gene encodes a guanosine 5'-monophosphate reductase with a cystathionine-beta-synthase domain.
著者: Knejzlik, Z. / Dolezal, M. / Herkommerova, K. / Clarova, K. / Klima, M. / Dedola, M. / Zbornikova, E. / Rejman, D. / Pichova, I.

履歴

登録	2021年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oy9.cif.gz	782.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oy9.ent.gz	523.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oy9_validation.pdf.gz	507.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oy9_full_validation.pdf.gz	545.8 KB	表示
XML形式データ	7oy9_validation.xml.gz	114.6 KB	表示
CIF形式データ	7oy9_validation.cif.gz	156.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/7oy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7r50C 1zfjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Guanosine 5'-monophosphate reductase

B: Guanosine 5'-monophosphate reductase

C: Guanosine 5'-monophosphate reductase

D: Guanosine 5'-monophosphate reductase

E: Guanosine 5'-monophosphate reductase

F: Guanosine 5'-monophosphate reductase

G: Guanosine 5'-monophosphate reductase

H: Guanosine 5'-monophosphate reductase

414 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Guanosine 5'-monophosphate reductase

B: Guanosine 5'-monophosphate reductase

C: Guanosine 5'-monophosphate reductase

D: Guanosine 5'-monophosphate reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Guanosine 5'-monophosphate reductase

F: Guanosine 5'-monophosphate reductase

G: Guanosine 5'-monophosphate reductase

H: Guanosine 5'-monophosphate reductase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
207 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	253.06, 109.83, 200.82
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 119.429, 90.0
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLY	GLY	chain 'A'	A	A	1 - 386	1 - 386
1	2	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	400 - 412	400 - 412
1	3	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'A'	A	A	419 - 469	419 - 469
2	4	MET	MET	GLY	GLY	chain 'B'	B	B	1 - 386	1 - 386
2	5	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'B'	B	B	400 - 412	400 - 412
2	6	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'B'	B	B	419 - 469	419 - 469
3	7	MET	MET	GLY	GLY	chain 'C'	C	C	1 - 386	1 - 386
3	8	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'C'	C	C	400 - 412	400 - 412
3	9	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'C'	C	C	419 - 469	419 - 469
4	10	MET	MET	GLY	GLY	chain 'D'	D	D	1 - 386	1 - 386
4	11	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'D'	D	D	400 - 412	400 - 412
4	12	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'D'	D	D	419 - 469	419 - 469
5	13	MET	MET	GLY	GLY	chain 'E'	E	E	1 - 386	1 - 386
5	14	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'E'	E	E	400 - 412	400 - 412
5	15	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'E'	E	E	419 - 469	419 - 469
6	16	MET	MET	GLY	GLY	chain 'F'	F	F	1 - 386	1 - 386
6	17	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'F'	F	F	400 - 412	400 - 412
6	18	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'F'	F	F	419 - 469	419 - 469
7	19	MET	MET	GLY	GLY	chain 'G'	G	G	1 - 386	1 - 386
7	20	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'G'	G	G	400 - 412	400 - 412
7	21	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'G'	G	G	419 - 469	419 - 469
8	22	MET	MET	GLY	GLY	chain 'H'	H	H	1 - 386	1 - 386
8	23	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'H'	H	H	400 - 412	400 - 412
8	24	ARG	ARG	PHE	PHE	chain 'H'	H	H	419 - 469	419 - 469

#1: タンパク質	Guanosine 5'-monophosphate reductase / Guanosine 5'-monophosphate reductase 分子量: 51782.434 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Guanosine 5'-monophosphate reductase 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: guaB_2, ERS451418_03599 / プラスミド: pTriex / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6IET0, GMP reductase

#1: タンパク質

Guanosine 5'-monophosphate reductase / Guanosine 5'-monophosphate reductase

分子量: 51782.434 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Guanosine 5'-monophosphate reductase
由来: (組換発現)

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: guaB_2, ERS451418_03599 / プラスミド: pTriex / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6IET0, GMP reductase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.93	58.07
2
3

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	詳細
291	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	0.03 M Magnesium chloride 0.03 M Calcium chloride 20% (v/v) Ethylene glycol 10.0% (v/v) PEG 8000 0.1 M Tris/BICINE, pH 8.5
291	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	0.03 M Magnesium chloride 0.03 M Calcium chloride 20% (v/v) Ethylene glycol 10.0% (v/v) PEG 8000 0.1 M Tris/BICINE, pH 8.5
291	3	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	0.03 M Magnesium chloride 0.03 M Calcium chloride 20% (v/v) Ethylene glycol 11.5% (v/v) PEG 8000 0.1 M Tris/BICINE, pH 8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→43.73 Å / Num. obs: 118145 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 39.7 % / B_iso Wilson estimate: 94.66 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1555 / R_pim(I) all: 0.02519 / R_rim(I) all: 0.1575 / Net I/σ(I): 17.77
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 40.9 % / R_merge(I) obs: 3.968 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 11722 / CC_1/2: 0.662 / CC star: 0.892 / R_pim(I) all: 0.6261 / R_rim(I) all: 4.018 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot	0.9	モデル構築
XDS	February 5, 2021	データ削減
XSCALE	February 5, 2021	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1zfj

1zfj

解像度: 2.8→43.7268094132 Å / SU ML: 0.505527372014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33786841327 / 位相誤差: 36.2922566505

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274950470775	5903	5.00004235171 %	random selection
R_work	0.234286072604	112156	-	-
obs	0.236369725587	118059	99.9212878326 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 114.339674134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.7268094132 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25837	0	0	0	25837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00991484754362	26263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.22104371939	35895
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0539937513943	4380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00964722368175	4738
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3840003748	8962

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8318	0.442668444525	196	0.410030982195	3723	X-RAY DIFFRACTION	99.9489926039
2.8318-2.8651	0.4577474313	197	0.383084303344	3750	X-RAY DIFFRACTION	99.9746707194
2.8651-2.9001	0.411105218795	193	0.395066842587	3659	X-RAY DIFFRACTION	99.8962655602
2.9001-2.9368	0.43299801193	198	0.376466772452	3754	X-RAY DIFFRACTION	99.9494183106
2.9368-2.9754	0.426855862233	195	0.345521513753	3700	X-RAY DIFFRACTION	99.9743326489
2.9754-3.0161	0.429921408693	195	0.365422786286	3716	X-RAY DIFFRACTION	99.9744376278
3.0161-3.0592	0.411093000902	197	0.361632855322	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0592-3.1049	0.402933305713	196	0.324197276026	3712	X-RAY DIFFRACTION	99.9744180097
3.1049-3.1534	0.344725050219	195	0.30972119167	3708	X-RAY DIFFRACTION	99.9231950845
3.1534-3.2051	0.376355497284	197	0.301511234581	3740	X-RAY DIFFRACTION	99.9492256918
3.2051-3.2603	0.327343677017	196	0.308386300881	3735	X-RAY DIFFRACTION	99.9491482329
3.2603-3.3196	0.37873736131	195	0.29661027003	3696	X-RAY DIFFRACTION	99.9743062693
3.3196-3.3834	0.368447804189	196	0.300479795772	3732	X-RAY DIFFRACTION	99.9745482311
3.3834-3.4524	0.338681916274	197	0.293705309783	3745	X-RAY DIFFRACTION	99.8986315256
3.4524-3.5275	0.369604147436	197	0.299706234605	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5275-3.6095	0.344672872681	194	0.292768591906	3690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6095-3.6997	0.284474832733	197	0.282431554667	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6997-3.7997	0.351803993358	197	0.262263838759	3736	X-RAY DIFFRACTION	99.9745805796
3.7997-3.9114	0.276599314271	197	0.251308973978	3745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9114-4.0376	0.269452513691	198	0.237610686609	3765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0376-4.1818	0.273408450678	196	0.237220293124	3724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1818-4.3491	0.256945745464	196	0.230625570775	3716	X-RAY DIFFRACTION	99.9233716475
4.3491-4.5468	0.236173942887	197	0.217362177963	3750	X-RAY DIFFRACTION	99.9746707194
4.5468-4.7863	0.25046664448	199	0.20057504142	3783	X-RAY DIFFRACTION	99.9247176913
4.7863-5.0857	0.247138463625	197	0.208357213341	3737	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0857-5.4777	0.267107899559	198	0.220466445343	3769	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4777-6.0277	0.23463392449	198	0.216610550279	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0277-6.897	0.244537366861	199	0.194890749875	3786	X-RAY DIFFRACTION	99.9498369702
6.897-8.6783	0.207291511546	200	0.174362991949	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
8.6783-43.7268094132	0.220399127685	200	0.184442329191	3830	X-RAY DIFFRACTION	98.5812133072

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