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- PDB-7oy7: Crystal structure of a trapped Pab-AGOG/double-standed DNA covale... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oy7
タイトルCrystal structure of a trapped Pab-AGOG/double-standed DNA covalent intermediate (DNA containing cytosine opposite to lesion)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(PED)P*TP*TP*TP*CP*T)-3')
  • N-glycosylase/DNA lyase
キーワードHYDROLASE / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Pyrococcus abyssi / trapped double-stranded DNA intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair
類似検索 - 分子機能
N-glycosylase/DNA lyase-like / N-glycosylase/DNA lyase / N-glycosylase/DNA lyase / DNA glycosylase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Coste, F. / Goffinont, S. / Flament, D. / Castaing, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional determinants of the archaeal 8-oxoguanine-DNA glycosylase AGOG for DNA damage recognition and processing.
著者: Franck, C. / Stephane, G. / Julien, C. / Virginie, G. / Martine, G. / Norbert, G. / Fabrice, C. / Didier, F. / Josef, S.M. / Bertrand, C.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-glycosylase/DNA lyase
B: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(PED)P*TP*TP*TP*CP*T)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4224
ポリマ－33,3043
非ポリマー1181
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.599, 71.832, 138.535
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase / 8-oxoguanine DNA glycosylase / AGOG / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 27982.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PYRAB10170, PAB1695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UZY0, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(PED)P*TP*TP*TP*CP*T)-3')


分子量: 2555.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2765.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MgCl2, Na acetate pH 5.0, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.18 Å / Num. obs: 33127 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 10787 / CC1/2: 0.722

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OUE

7oue


解像度: 1.7→45.87 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 1657 5.02 %
Rwork0.1663 31373 -
obs0.1683 33030 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.85 Å2 / Biso mean: 32.938 Å2 / Biso min: 18.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→45.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 352 8 280 2584
Biso mean--24.05 39.16 -
残基数----260
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.750.38161220.32592568269099
1.75-1.810.32171490.290325762725100
1.81-1.870.32261440.253725722716100
1.87-1.950.29261360.223825792715100
1.95-2.030.26041350.184225872722100
2.03-2.140.25191370.166326002737100
2.14-2.280.20941340.163725712705100
2.28-2.450.20721380.166426272765100
2.45-2.70.2541380.163526212759100
2.7-3.090.1871380.166426402778100
3.09-3.890.17181410.145926702811100
3.89-45.870.15461450.138727622907100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1858-0.32640.20095.0372-0.46850.56770.06980.045-0.1420.0097-0.06590.14270.0223-0.0488-0.01530.1915-0.00920.01460.2333-0.01780.2276-7.7241-26.3789-28.5077
23.1659-0.6109-0.65761.6909-1.21353.28740.01420.0070.09790.05110.01-0.0471-0.1591-0.0882-0.0360.227-0.0025-0.01870.2029-0.02010.2306-11.5429-7.3879-19.2062
31.0967-0.6907-0.97092.2265-0.47332.73170.0765-0.26770.08110.22830.04210.0247-0.1634-0.2016-0.1040.23820.0025-0.00380.1956-0.00490.1799-10.7264-7.6322-10.7316
40.5404-0.1053-0.06531.05470.19141.63710.0008-0.0776-0.09340.06330.0025-0.15390.06970.07850.00750.2058-0.0188-0.02510.25240.01210.28910.7679-19.5904-17.5758
53.3451.89970.07176.54840.06933.93520.129-0.2529-0.0931-0.2714-0.07460.23030.34-0.1835-0.07880.2749-0.0670.02870.30560.00260.265-15.9641-35.6376-12.0327
64.86120.6637-1.0864.3334-1.02754.69460.173-0.2183-0.14310.1082-0.1286-0.21620.0175-0.0997-0.04450.2218-0.0401-0.01180.2092-0.01460.2166-6.9958-33.7133-18.7764
71.90130.94440.06792.9415-2.01099.3880.0238-0.012-0.0649-0.21470.12160.16150.3866-0.1726-0.15110.1983-0.0305-0.03020.1968-0.01930.274-15.2426-36.3596-32.0756
82.991-1.291-3.5565.1315-0.4195.0622-0.3085-0.2716-0.23070.6940.41450.5673-0.0896-0.1845-0.18260.33430.06580.04230.37540.08840.3063-15.949-18.5338-2.8133
99.7788-2.83052.79156.1154-3.00375.9002-0.1404-0.7672-0.17130.79560.51520.4286-0.3024-0.8076-0.45650.44090.0050.00860.45810.03070.4189-21.2419-15.7917-0.0753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 36 )A-2 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 87 )A37 - 87
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 88 through 111 )A88 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 112 through 174 )A112 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 188 )A175 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 215 )A189 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 216 through 239 )A216 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 9 )B1 - 9
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I' and (resid 1 through 9 )I1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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