PDB-7oxw: CrabP2 mutant R30DK31D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oxw

タイトル

CrabP2 mutant R30DK31D

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

retinoic acid (レチノイン酸) / CRABP2 /

cyclin (サイクリン) / CDK4/6 /

nuclear hormone receptor (核内受容体) / signalling kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting /

retinoid binding /

retinal binding /

retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process /

retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Pastok, M.W. / Basle, A. / Endicott, J.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural requirements for the specific binding of CRABP2 to cyclin D3
著者: Pastok, M.W. / Tomlinson, C.W.E. / Tatum, N.J. / Basle, A. / Noble, M.E.M. / Pohl, E. / Endicott, J.A.

履歴

登録	2021年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oxw.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oxw.ent.gz	93.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oxxC 2frsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.300, 92.290, 98.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II 分子量: 16068.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.77 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Sodium acetate pH 4.5 and 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→46.15 Å / Num. obs: 71395 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3221 / CC_1/2: 0.946 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MolProbity		モデル構築
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FRS

2frs

解像度: 1.16→46.145 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 0.906 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1737	3459	4.845 %
R_work	0.1624	67935	-
all	0.163	-	-
obs	-	71394	99.321 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.576 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.239 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.233 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→46.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1124	0	24	157	1305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.652	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.516	1.582	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.464	5	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.697	24.237	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.06	15	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.387	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	92
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.411	1.609	589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.405	1.605	587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.685	2.427	738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.687	2.428	739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.692	2.003	613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.432	1.982	598
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.445	2.876	894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.892	2.826	871
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.956	20.104	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.832	19.462	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.225	3	2335

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.16-1.19	0.256	226	0.253	4676	0.253	5283	0.748	0.73	92.7882	0.211
1.19-1.223	0.218	251	0.216	4801	0.216	5116	0.859	0.862	98.749	0.175
1.223-1.258	0.224	206	0.183	4764	0.185	4974	0.89	0.914	99.9196	0.15
1.258-1.297	0.165	244	0.152	4623	0.153	4871	0.95	0.951	99.9179	0.124
1.297-1.339	0.17	228	0.143	4438	0.144	4669	0.957	0.959	99.9357	0.119
1.339-1.386	0.16	242	0.128	4313	0.13	4557	0.962	0.968	99.9561	0.109
1.386-1.439	0.143	209	0.113	4169	0.114	4379	0.972	0.977	99.9772	0.097
1.439-1.497	0.164	228	0.112	4034	0.114	4263	0.966	0.977	99.9765	0.1
1.497-1.564	0.141	172	0.112	3878	0.114	4051	0.974	0.979	99.9753	0.105
1.564-1.64	0.128	215	0.114	3665	0.115	3881	0.979	0.981	99.9742	0.109
1.64-1.729	0.152	182	0.121	3539	0.123	3721	0.975	0.978	100	0.119
1.729-1.833	0.133	180	0.121	3353	0.121	3533	0.979	0.979	100	0.125
1.833-1.96	0.144	152	0.135	3142	0.136	3295	0.974	0.975	99.9697	0.146
1.96-2.116	0.158	144	0.143	2941	0.144	3085	0.976	0.976	100	0.159
2.116-2.318	0.154	130	0.147	2728	0.147	2858	0.971	0.972	100	0.172
2.318-2.591	0.171	138	0.158	2454	0.159	2593	0.966	0.967	99.9614	0.191
2.591-2.99	0.194	99	0.189	2214	0.189	2315	0.951	0.956	99.9136	0.233
2.99-3.658	0.201	104	0.184	1849	0.185	1957	0.95	0.959	99.7956	0.233
3.658-5.157	0.205	68	0.174	1488	0.175	1559	0.968	0.969	99.8076	0.24
5.157-46.145	0.201	41	0.286	866	0.282	920	0.938	0.933	98.587	0.377

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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