PDB-7owp: HsNMT1 in complex with both MyrCoA and ACE-G-(L-ORN)SFSKPR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7owp

タイトル

HsNMT1 in complex with both MyrCoA and ACE-G-(L-ORN)SFSKPR

要素

ACE-GLY-ORN-SER-PHE-SER-LYS-PRO-ARG
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / E-MYRISTOYLATION / NMT / MYRISTOYLTRANSFERASE TYPE1 / ACYLTRANSFERASE / GNAT / GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASES

機能・相同性

機能・相同性情報

myristoyltransferase activity / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / peptidyl-lysine N6-myristoyltransferase activity / Late Phase of HIV Life Cycle / ketone metabolic process / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Dian, C. / Giglione, C. / Meinnel, T.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-20-CE44-0013	フランス
Fondation ARC	ARCPJA32020060002137	フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)	ANR-10-INSB-05-01	フランス

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and Large-scale Analysis Unveil the Intertwined Paths Promoting NMT-catalyzed Lysine and Glycine Myristoylation.
著者: Riviere, F. / Dian, C. / Dutheil, R.F. / Monassa, P. / Giglione, C. / Meinnel, T.

履歴

登録	2021年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7owp.cif.gz	428.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7owp.ent.gz	290.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7owp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/7owp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7owmC 7ownC 7owoC 7owqC 7owrC 7owuC 5o9tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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NCBI

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#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (2)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

E: ACE-GLY-ORN-SER-PHE-SER-LYS-PRO-ARG

D: ACE-GLY-ORN-SER-PHE-SER-LYS-PRO-ARG

ヘテロ分子

96.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

D: ACE-GLY-ORN-SER-PHE-SER-LYS-PRO-ARG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Maldi enzymatic assay
48.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1

E: ACE-GLY-ORN-SER-PHE-SER-LYS-PRO-ARG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.324, 178.199, 58.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-991- HOH

#1: タンパク質	Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase 1 / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N- ...Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase 1 / Type I N-myristoyltransferase / Peptide N-myristoyltransferase 1 分子量: 46465.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NMT1, NMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS 参照: UniProt: P30419, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	ACE-GLY-ORN-SER-PHE-SER-LYS-PRO-ARG 分子量: 920.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA 分子量: 977.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₆₂N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 18% PEG8K, 100mM Sodium Citrate pH 5.6, 100mM MgCl2, 100mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日 / 詳細: KB-mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→48.72 Å / Num. obs: 143724 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 20.87 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.037 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.81→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 4375 / CC_1/2: 0.967 / R_pim(I) all: 0.027 / R_sym value: 0.562 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17_3644	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5O9T

5o9t

解像度: 1.81→47.55 Å / SU ML: 0.1613 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 21.0928
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	7134	4.96 %
R_work	0.1552	136590	-
obs	0.157	143724	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→47.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6337	0	258	790	7385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	6875
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8615	9369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0589	1020
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.9584	2648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.83	0.2477	227	0.214	4472	X-RAY DIFFRACTION	96.81
1.83-1.85	0.2127	223	0.1955	4534	X-RAY DIFFRACTION	98.41
1.85-1.88	0.2289	230	0.185	4504	X-RAY DIFFRACTION	96.85
1.88-1.9	0.2256	246	0.1776	4530	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.9-1.92	0.2023	229	0.1834	4527	X-RAY DIFFRACTION	98.08
1.92-1.95	0.2399	264	0.1784	4454	X-RAY DIFFRACTION	97.97
1.95-1.98	0.2127	193	0.1749	4627	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.98-2.01	0.2172	231	0.1695	4534	X-RAY DIFFRACTION	97.09
2.01-2.04	0.2282	237	0.1671	4522	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.04-2.07	0.1999	231	0.1639	4491	X-RAY DIFFRACTION	97.74
2.07-2.11	0.1916	235	0.1585	4582	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.11-2.15	0.208	235	0.1624	4539	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.15-2.19	0.2461	277	0.1608	4527	X-RAY DIFFRACTION	99.19
2.19-2.23	0.1701	228	0.1515	4554	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.23-2.28	0.2011	239	0.1587	4551	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.28-2.33	0.1887	245	0.1555	4571	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.33-2.39	0.1879	206	0.1538	4576	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.39-2.46	0.2204	244	0.1612	4552	X-RAY DIFFRACTION	98.81
2.46-2.53	0.1849	257	0.1626	4554	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.53-2.61	0.1986	225	0.166	4568	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.61-2.7	0.1927	234	0.1611	4565	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.7-2.81	0.2211	243	0.1668	4585	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.81-2.94	0.1877	236	0.1659	4578	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.94-3.1	0.1975	245	0.1647	4551	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.1-3.29	0.1943	241	0.1581	4614	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.29-3.54	0.1954	260	0.1498	4558	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.54-3.9	0.1948	228	0.138	4631	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.9-4.46	0.1356	249	0.1205	4592	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.46-5.62	0.1584	253	0.1281	4569	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.62-47.55	0.1789	243	0.1661	4578	X-RAY DIFFRACTION	99.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.24126603683	0.528565049903	1.05928570146	1.56926766071	0.536981186038	1.47145428783	0.0208356195669	-0.252676366679	-0.184113356809	0.262592813242	0.0154842029407	0.266356012903	0.481073495029	-0.510735868524	-0.00761780036057	0.375430962873	-0.09312294841	0.043004542864	0.330018067875	0.0342275949409	0.243540699404	8.48484523042	192.147665779	26.6240646348
2	0.773761055679	-0.574662855394	-0.152109788545	0.878557685791	0.195736973055	1.47740042669	0.018699437537	-0.108016646942	-0.00948292846696	0.0328315835456	0.0452800141449	-0.0780706011931	0.1354646993	0.132707324746	-0.0651174469046	0.183630812813	0.018510586094	-0.0177076008547	0.186572168581	-0.00238156706466	0.222311268507	30.3508441138	193.631978996	18.4490903211
3	0.761271326755	0.00532899418655	-0.0850561122021	0.577234580887	0.263720702696	1.48851035924	0.0285675793903	-0.0950811993095	-0.157613414387	0.062748272202	0.0300496523528	0.0198585282921	0.453058517234	-0.0826929488726	-0.0120586194505	0.283445032062	-0.000167604991624	-0.0340679744936	0.155748555551	0.0201922180873	0.204771095263	19.5404779924	186.636028373	14.097598662
4	0.366100740159	-0.521873908825	-0.0374944489882	4.29329415521	-0.785818605239	0.203145843919	0.126699258963	0.229985788451	-0.290271537039	-0.234034529172	-0.0262051481875	-0.0594729840172	0.493586650917	-0.0161505991838	0.020181748922	0.490604050712	0.0449365992416	-0.043750814312	0.225651945757	-0.0752945011673	0.319410993757	22.8421033536	182.678906281	-13.846665438
5	0.378894061063	0.182111828008	-0.143260789788	0.529642924241	-0.353732528384	1.24324503886	0.0886223759403	0.0539545846953	0.0299289797198	-0.112768803112	-0.00408073317865	-0.0169251106462	0.0184228415742	-0.0947160385808	-0.0745501002091	0.186914599488	0.0483161450174	-0.0161651940752	0.184309985933	-0.00789930256976	0.181171986959	19.2289367831	199.294551073	-3.58080593706
6	0.533122686902	-0.0114178971984	-0.132689788026	0.984912862477	0.0736219373523	1.43090107494	0.0452648359687	0.0151254502896	-0.114735458133	-0.05770316406	0.00153146157702	0.0119015980513	0.390049907289	-0.152078332434	-0.0418874588772	0.21836643394	-0.0225786380657	-0.0475200682452	0.156492292332	-0.0036033131174	0.18301064945	16.4993736535	186.052981745	0.98411324906
7	1.98416570523	-0.35615684776	-0.787771685423	1.06744996286	0.19028077563	1.01317386288	0.136568373215	0.280858891914	0.132665583755	-0.222435496099	-0.0696251886737	0.210275404025	-0.336050985663	-0.394749475885	-0.00426941775959	0.223091280699	0.100396867138	0.0177897406858	0.278518572009	0.026545656988	0.252128231251	6.59500761612	229.337404261	1.71968253625
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13	1.90080877444	1.24024591326	0.907331417793	0.820513776502	0.519263809355	2.23784859299	0.0582219783606	0.235669043923	-0.216937504258	0.327466469674	0.0931644832556	-0.0794941403429	-0.194591862479	-0.025692688118	-0.146359413614	1.10560939722	0.243556244141	-0.0982185208392	0.86404928279	-0.147626956717	0.889539043209	17.7159978009	243.68956525	20.0137262384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 105 through 147 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 148 through 235 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 236 through 319 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 320 through 342 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 343 through 407 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 408 through 496 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 105 through 147 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 148 through 291 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 292 through 319 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 320 through 444 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 445 through 496 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 1 through 8 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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