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- PDB-7ow3: Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS peptide (VV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ow3
タイトルCrystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS peptide (VVVGAGGVGK)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • KRAS peptide (VVVGAGGVGK)
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / KRAS
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling ...myoblast differentiation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / tertiary granule membrane / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR2 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / GRB2 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / Signaling by FGFR1 in disease / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / small monomeric GTPase / VEGFR2 mediated cell proliferation / negative regulation of receptor binding / G protein activity / DAP12 interactions / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / cellular response to iron(III) ion / Constitutive Signaling by EGFRvIII / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by SCF-KIT / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / Signaling by ERBB2 KD Mutants / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / sensory perception of smell / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of cellular senescence / Regulation of RAS by GAPs / recycling endosome membrane
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / Rab subfamily of small GTPases / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / GTPase NRas / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Coles, C.H. / Karuppiah, V. / Robinson, R.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Therapeutic high affinity T cell receptor targeting a KRASG12D cancer neoantigen
著者: Poole, A. / Karuppiah, V. / Hartt, A. / Haidar, J.N. / Moureau, S. / Dobrzycki, T. / Hayes, C. / Rowley, C. / Dias, J. / Harper, S. / Barnbrook, K. / Hock, M. / Coles, C. / Yang, W. / ...著者: Poole, A. / Karuppiah, V. / Hartt, A. / Haidar, J.N. / Moureau, S. / Dobrzycki, T. / Hayes, C. / Rowley, C. / Dias, J. / Harper, S. / Barnbrook, K. / Hock, M. / Coles, C. / Yang, W. / Aleksic, M. / Lin, A.B. / Robinson, R. / Dukes, J.D. / Liddy, N. / Van der Kamp, M. / Plowman, G.D. / Vuidepot, A. / Cole, D.K. / Whale, A.D. / Chillakuri, C.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)
J: MHC class I antigen
K: Beta-2-microglobulin
L: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,31012
ポリマ－178,31012
非ポリマー00
水3,369187
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5773
ポリマ－44,5773
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5773
ポリマ－44,5773
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
3
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5773
ポリマ－44,5773
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
4
J: MHC class I antigen
K: Beta-2-microglobulin
L: KRAS peptide (VVVGAGGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5773
ポリマ－44,5773
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.854, 117.028, 110.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22G
13A
23J
14B
24E
15B
25H
16B
26K
17D
27G
18D
28J
19E
29H
110E
210K
111G
211J
112H
212K

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLUAA2 - 2752 - 275
21SERSERGLUGLUDD2 - 2752 - 275
12SERSERGLUGLUAA2 - 2752 - 275
22SERSERGLUGLUGG2 - 2752 - 275
13SERSERTRPTRPAA2 - 2742 - 274
23SERSERTRPTRPJJ2 - 2742 - 274
14METMETMETMETBB0 - 991 - 100
24METMETMETMETEE0 - 991 - 100
15METMETMETMETBB0 - 991 - 100
25METMETMETMETHH0 - 991 - 100
16METMETMETMETBB0 - 991 - 100
26METMETMETMETKK0 - 991 - 100
17SERSERGLUGLUDD2 - 2752 - 275
27SERSERGLUGLUGG2 - 2752 - 275
18SERSERTRPTRPDD2 - 2742 - 274
28SERSERTRPTRPJJ2 - 2742 - 274
19METMETMETMETEE0 - 991 - 100
29METMETMETMETHH0 - 991 - 100
110METMETMETMETEE0 - 991 - 100
210METMETMETMETKK0 - 991 - 100
111SERSERTRPTRPGG2 - 2742 - 274
211SERSERTRPTRPJJ2 - 2742 - 274
112METMETMETMETHH0 - 991 - 100
212METMETMETMETKK0 - 991 - 100

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
MHC class I antigen


分子量: 31855.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A583ZB34
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
KRAS peptide (VVVGAGGVGK) / Transforming protein N-Ras / GTPase NRas


分子量: 843.003 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01111, small monomeric GTPase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→79.96 Å / Num. obs: 65854 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.147 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3282 / CC1/2: 0.562 / Rpim(I) all: 0.44 / Rrim(I) all: 1.231 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HN7

2hn7


解像度: 2.46→79.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 22.902 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25954 3237 4.9 %RANDOM
Rwork0.22804 ---
obs0.2296 62612 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å2-0 Å2-2.75 Å2
2--0.3 Å2-0 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.46→79.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12518 0 0 187 12705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01312860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01511498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6861.65817444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.58726470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.58551516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.74621.456824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.026152108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.83115120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.3926106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7711.3926105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3532.0867608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3532.0867609
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8521.486754
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8521.486754
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4652.1779836
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.92915.12413456
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.92615.11513452
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A85920.08
12D85920.08
21A87590.07
22G87590.07
31A85700.08
32J85700.08
41B29880.07
42E29880.07
51B30500.06
52H30500.06
61B29960.07
62K29960.07
71D86180.08
72G86180.08
81D87060.06
82J87060.06
91E29760.08
92H29760.08
101E30240.07
102K30240.07
111G86010.07
112J86010.07
121H30080.06
122K30080.06
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.52 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 234 -
Rwork0.315 4582 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1631-0.07-0.27591.5086-0.50592.2144-0.0274-0.036-0.10950.11160.04660.0940.0965-0.1032-0.01920.0196-0.01270.02990.0889-0.0520.2319-2.423620.0979-49.1949
22.2045-0.24310.50033.938-1.79222.9615-0.03280.02370.24130.1295-0.0133-0.2901-0.15680.09170.04620.0267-0.00230.01130.1574-0.04560.206211.05533.968-50.5514
30.5124-1.45631.5984.2803-4.70885.2008-0.1777-0.3014-0.12540.21590.70170.4008-0.1884-0.7883-0.5240.5510.2516-0.0450.468-0.10740.4865-7.644612.6284-32.1391
41.2923-0.06520.57621.2412-0.10971.3006-0.1329-0.10980.09990.07370.0864-0.0556-0.0292-0.03040.04650.18670.03040.05920.1845-0.06590.1504-28.265448.0202-17.9513
51.233-0.13371.77081.912-0.40975.1222-0.08210.0791-0.08790.02730.130.01640.1354-0.0605-0.0480.0938-0.00950.07370.141-0.00520.2201-36.320736.7682-31.4406
61.2029-0.71441.43840.4258-0.86071.7986-0.2584-0.00110.11730.1694-0.0014-0.0842-0.31380.12160.25980.32490.0084-0.02810.39320.00310.3524-12.401943.3258-9.597
71.85610.55730.42881.7960.4971.5261-0.04890.0740.0320.12170.1379-0.3674-0.19120.2036-0.0890.24940.01580.01610.14880.00240.2308-24.463983.1283-6.069
81.98571.39750.65813.93911.5163.05420.0025-0.0367-0.19510.62830.05520.04020.3603-0.0127-0.05770.27050.05930.01180.1873-0.0020.1867-33.871469.3163.8353
91.02121.84412.24695.41357.17559.6142-0.3035-0.1595-0.0885-0.29020.6926-0.3114-0.31291.1232-0.38910.52220.0787-0.04640.5086-0.01020.4753-8.796890.4070.0453
100.6821-0.00510.08141.136-0.04771.7169-0.04990.0060.0180.00440.08370.05810.10630.0808-0.03380.01390.00610.02230.17540.03990.2406-10.009655.3208-59.3177
111.90280.30262.04412.02720.74953.8951-0.07690.13330.0757-0.27240.11970.1509-0.1175-0.0508-0.04280.1057-0.03260.02820.15960.05760.2511-16.199966.2951-74.0043
120.00150.0020.00220.00310.00290.0039-0.0037-0.02020.01550.0073-0.03120.0197-0.004-0.02220.03490.273-0.018-0.00340.3888-0.04680.4291-13.030960.3367-41.1411
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 99
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 10
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 275
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 99
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 275
11X-RAY DIFFRACTION11K0 - 99
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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