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万見
- PDB-7ovq: Immature HIV-1 matrix structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ovq
タイトルImmature HIV-1 matrix structure
要素Gag polyprotein
キーワードVIRUS / HIV-1 / Gag / matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal ...: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Qu, K. / Ke, Z.L. / Zila, V. / Anders-Oesswein, M. / Glass, B. / Muecksch, F. / Mueller, R. / Schultz, C. / Mueller, B. / Kraeusslich, H.G. / Briggs, J.A.G.
資金援助 ドイツ, 8件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 ドイツ
German Research Foundation (DFG)112927078 - TRR 83 ドイツ
German Research Foundation (DFG)240245660 - SFB1129 project 5 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MU885-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)240245660 - SFB1129 project 6 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM127631 ドイツ
German Research Foundation (DFG)278001972 - TRR186 project Z1 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Maturation of the matrix and viral membrane of HIV-1.
著者: Kun Qu / Zunlong Ke / Vojtech Zila / Maria Anders-Össwein / Bärbel Glass / Frauke Mücksch / Rainer Müller / Carsten Schultz / Barbara Müller / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
要旨: Gag, the primary structural protein of HIV-1, is recruited to the plasma membrane for virus assembly by its matrix (MA) domain. Gag is subsequently cleaved into its component domains, causing ...Gag, the primary structural protein of HIV-1, is recruited to the plasma membrane for virus assembly by its matrix (MA) domain. Gag is subsequently cleaved into its component domains, causing structural maturation to repurpose the virion for cell entry. We determined the structure and arrangement of MA within immature and mature HIV-1 through cryo-electron tomography. We found that MA rearranges between two different hexameric lattices upon maturation. In mature HIV-1, a lipid extends out of the membrane to bind with a pocket in MA. Our data suggest that proteolytic maturation of HIV-1 not only assembles the viral capsid surrounding the genome but also repurposes the membrane-bound MA lattice for an entry or postentry function and results in the partial removal of up to 2500 lipids from the viral membrane.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-13087
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13087
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
B: Gag polyprotein
C: Gag polyprotein
D: Gag polyprotein
P: Gag polyprotein
b: Gag polyprotein
E: Gag polyprotein
Q: Gag polyprotein
c: Gag polyprotein
F: Gag polyprotein
R: Gag polyprotein
d: Gag polyprotein
S: Gag polyprotein
f: Gag polyprotein
I: Gag polyprotein
h: Gag polyprotein
K: Gag polyprotein
X: Gag polyprotein
M: Gag polyprotein
Y: Gag polyprotein
Z: Gag polyprotein
l: Gag polyprotein
O: Gag polyprotein
m: Gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,52048
ポリマ－314,04024
非ポリマー5,48124
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Gag polyprotein


分子量: 13084.983 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B6DRA0
#2: 化合物...
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: VIRUS
詳細: HIV-1 NL4-3 protease defective (D25A) virus particles purified from HEK293T cells.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: HIV-1 NL4-3 protease defective (D25A) virus particles purified from HEK293T cells.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
詳細: Number of frames ranged from 10-12.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MATLABvolume selection
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
5NOVACTFCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
14AV3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22417 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 74 / Num. of volumes extracted: 251207
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: Only the backbone of the protein model was fitted as a rigid body.
原子モデル構築PDB-ID: 2H3Q

2h3q


Accession code: 2H3Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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