PDB-7ova: Crystal structure of an AA9 LPMO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ova

タイトル

Crystal structure of an AA9 LPMO

要素

Endoglucanase, putative

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LPMO / copper-dependent / monooxygenase

機能・相同性

Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / extracellular region / COPPER (II) ION / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / Endoglucanase, putative

機能・相同性情報

生物種

Neosartorya fischeri (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Males, A. / Correa, T.L.R. / Murakami, M.T. / Walton, P.H. / Davies, G.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an AA9 LPMO
著者: Correa, T.L.R. / Males, A. / Offen, W.A. / Murakami, M.T. / Walton, P.H. / Davies, G.J.

履歴

登録	2021年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ova.cif.gz	345.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ova.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ova.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ova_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ova_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	7ova_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	7ova_validation.cif.gz	58.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ova ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ova	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zudS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Endoglucanase, putative

BBB: Endoglucanase, putative

CCC: Endoglucanase, putative

DDD: Endoglucanase, putative

ヘテロ分子

100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Endoglucanase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Endoglucanase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 1 ポリマー

3

CCC: Endoglucanase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー

4

DDD: Endoglucanase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.510, 66.407, 86.700
Angle α, β, γ (deg.)	83.711, 80.835, 89.995
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Endoglucanase, putative 分子量: 24950.387 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fischeri (strain ATCC 1020 / DSM 3700 / CBS 544.65 / FGSC A1164 / JCM 1740 / NRRL 181 / WB 181) (カビ) 株: ATCC 1020 / DSM 3700 / CBS 544.65 / FGSC A1164 / JCM 1740 / NRRL 181 / WB 181 遺伝子: NFIA_012990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1D2G7
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 150 mM DL-Malic acid pH 7.0, 20% polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→49.55 Å / Num. obs: 80700 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.11 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4427 / CC_1/2: 0.523 / R_pim(I) all: 0.555 / R_rim(I) all: 1.048 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZUD

3zud

解像度: 1.75→49.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.147 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	3981	4.933 %
R_work	0.1836	76718	-
all	0.186	-	-
obs	-	80699	97.445 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.339 Å²	0.064 Å²	0.086 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0.45 Å²
3-	-	-	1.195 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6819	0	31	663	7513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	7066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6200
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.628	9651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.381	1.576	14369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.492	5	922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.818	25.526	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.728	15	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.202	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	5942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.06	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.369	1.756	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.369	1.755	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.069	2.626	4576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.069	2.628	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.782	1.877	3402
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.781	1.876	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.732	2.751	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.731	2.751	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.022	21.059	8041
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.022	21.062	8042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.795	0.292	296	0.257	5619	X-RAY DIFFRACTION	96.0851
1.795-1.845	0.256	283	0.246	5458	X-RAY DIFFRACTION	96.0998
1.845-1.898	0.261	274	0.228	5296	X-RAY DIFFRACTION	96.1837
1.898-1.956	0.271	246	0.214	5225	X-RAY DIFFRACTION	96.6096
1.956-2.021	0.248	252	0.197	5012	X-RAY DIFFRACTION	96.8894
2.021-2.091	0.236	245	0.182	4913	X-RAY DIFFRACTION	97.1375
2.091-2.17	0.226	215	0.182	4716	X-RAY DIFFRACTION	97.1052
2.17-2.259	0.242	237	0.179	4522	X-RAY DIFFRACTION	97.4406
2.259-2.359	0.222	236	0.17	4367	X-RAY DIFFRACTION	97.418
2.359-2.474	0.229	244	0.173	4157	X-RAY DIFFRACTION	97.3242
2.474-2.608	0.245	196	0.179	3983	X-RAY DIFFRACTION	98.0986
2.608-2.766	0.207	201	0.172	3785	X-RAY DIFFRACTION	98.2257
2.766-2.957	0.214	192	0.179	3529	X-RAY DIFFRACTION	98.4913
2.957-3.193	0.227	156	0.181	3346	X-RAY DIFFRACTION	98.5369
3.193-3.498	0.23	163	0.182	3050	X-RAY DIFFRACTION	98.892
3.498-3.91	0.204	159	0.165	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.0129
3.91-4.513	0.183	125	0.157	2452	X-RAY DIFFRACTION	98.5845
4.513-5.523	0.186	119	0.157	2069	X-RAY DIFFRACTION	99.229
5.523-7.795	0.213	77	0.185	1603	X-RAY DIFFRACTION	99.7033
7.795-49.55	0.279	65	0.203	866	X-RAY DIFFRACTION	99.2537

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関連情報:EMDBヘッダ

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