PDB-7ouv: Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ouv

タイトル

Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation S1624L

要素

Isoform 2 of Filamin-C

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Ig-like / mechanosensing / muscle protein / heart

機能・相同性

機能・相同性情報

Cell-extracellular matrix interactions / costamere / ankyrin binding / sarcomere organization / sarcoplasm / intercellular bridge / cytoskeletal protein binding / sarcolemma / Z disc / actin filament binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Analysis and prediction of pathogenic missense variants in human filamin C
著者: Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K.

履歴

登録	2021年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ouv.cif.gz	280.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ouv.ent.gz	192.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ouv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ouv_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ouv_full_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示
XML形式データ	7ouv_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	7ouv_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ouuC 7p0eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of Filamin-C

B: Isoform 2 of Filamin-C

43 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.133, 70.498, 156.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2 of Filamin-C / FLN-C / FLNc / ABP-280-like protein / ABP-L / Actin-binding-like protein / Filamin-2 / Gamma-filamin 分子量: 21507.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLNC, ABPL, FLN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): R2pLysS / 参照: UniProt: Q14315
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M SPG pH 5.0, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39.23 Å / Num. obs: 41232 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.52 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1469 / R_pim(I) all: 0.04388 / R_rim(I) all: 0.1535 / Net I/σ(I): 9.99
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / R_merge(I) obs: 2.913 / Mean I/σ(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 4057 / CC_1/2: 0.478 / R_pim(I) all: 0.8159 / R_rim(I) all: 3.027 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	1.19.2_4158	データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PDB-REDO		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unreleased

解像度: 1.8→39.23 Å / SU ML: 0.2682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.0411
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2402	1416	3.44 %
R_work	0.2126	39719	-
obs	0.2136	41135	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3005	0	0	344	3349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0035	3105
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6754	4243
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0538	483
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0671	444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.86	0.35	140	0.3369	3914	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.86-1.94	0.3274	137	0.2913	3890	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-2.03	0.3046	141	0.2703	3931	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.03-2.13	0.2563	140	0.2252	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.13-2.27	0.2629	140	0.2099	3938	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.27-2.44	0.2606	143	0.1989	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.69	0.2904	141	0.2134	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.69-3.08	0.2244	141	0.2063	3990	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.08-3.88	0.2117	145	0.1913	4037	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.88-39.23	0.2243	148	0.2102	4164	X-RAY DIFFRACTION	98.13

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.697389370847	-0.952748022636	-0.787779755051	1.34363260882	1.21167343961	1.27346666364	0.47245487308	-0.0446953069102	0.423062586733	-0.463056096222	-0.0900344492498	-0.226623414854	-0.893641678672	0.309379065503	-0.015632863937	0.333093541307	-0.0227766190803	0.00264186174508	0.413421916835	-0.0546753339808	0.497887252723	37.1360550658	60.9307301056	77.8221084397
2	0.657075954217	0.192798945806	0.0366294363551	0.336515443006	0.682542135361	1.60503807448	0.08707963696	-0.0380928584768	0.0305612452593	0.0651859851561	-0.0362549108905	0.0120145487957	0.0497940453408	-0.0378662428298	4.59503317668E-6	0.377747020591	0.0116873383599	0.00676655697152	0.367707091544	0.0150064885878	0.411940226745	33.7447431504	54.4565741051	68.1119641523
3	0.911387919897	-0.75577079423	-0.369378202903	1.48279625856	0.138314243976	1.41992042554	-0.0212860389033	0.244042086707	-0.300118954943	-0.271992404152	0.0951332290479	0.129804662478	0.182823975121	-0.0916485952321	-0.000109162582694	0.327520220539	0.00932606546704	-0.0352519355552	0.354184687023	0.0425866123314	0.328858897602	23.310627245	36.7376645092	48.7602359723
4	2.31848221809	-0.41871448439	0.423524312354	2.91544225684	0.0104602719006	0.902268834246	-0.0500937079087	-0.195184446954	0.119091503585	0.134567276346	0.0716589652719	0.0650934805139	0.0567052899106	-0.16661358629	-4.9647193593E-6	0.29809637695	0.0318222284619	-0.0543172341801	0.390645529556	-0.00663982368529	0.248231914655	22.3139329441	39.5433651318	52.1180734855
5	2.55747082013	0.597724078434	0.993128355541	1.33006309934	0.99915784571	0.909160130782	-0.0835089063754	0.383392044086	0.0134600295578	-0.268041345736	0.0962395673068	-0.0102346532693	0.114172804048	0.238457774377	-0.000106748859045	0.384522645033	-0.00958008381476	-0.0151182600667	0.354737700914	0.0188617632459	0.356326840131	9.92036768793	53.4043565884	8.7654120631
6	1.44244393159	-0.392373717236	-0.278181329751	1.03723398309	1.00124498332	0.963135492889	0.0204828768055	0.0624298370748	0.167821214109	0.278738511994	0.117353747606	0.0786068084248	-0.270163450792	0.0587872225758	0.0970444127434	0.239334790956	-0.0339015072667	-0.0838487441522	0.299936327349	-0.0800343505747	0.251867711475	13.8136481123	47.954507166	22.2483052249
7	2.71745685951	1.62068381655	1.22197862464	3.12924080393	0.368732480844	1.67434188763	-0.0942390741217	0.286512008472	-0.259951669956	-0.123966884462	0.159925316264	-0.157606148632	-0.0536304181299	0.247646056668	5.7274683506E-5	0.324961942668	-0.0659876023438	-0.00635875409092	0.357384348827	-0.011269613274	0.246188703129	17.8549244862	35.5948054095	26.7752594245

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 18 )	A	A	2 - 18	1 - 17
2	2	chain 'A' and (resid 19 through 94 )	A	A	19 - 94	18 - 93
3	3	chain 'A' and (resid 95 through 138 )	A	A	95 - 138	94 - 137
4	4	chain 'A' and (resid 139 through 205 )	A	A	139 - 205	138 - 204
5	5	chain 'B' and (resid 4 through 76 )	B	B	4 - 76	1 - 73
6	6	chain 'B' and (resid 77 through 125 )	B	B	77 - 125	74 - 122
7	7	chain 'B' and (resid 126 through 205 )	B	B	126 - 205	123 - 202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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